| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,876,557 | G→T | 20.6% | intergenic (‑230/‑22) | cysD ← / → iap | sulfate adenylyltransferase, subunit 2/aminopeptidase in alkaline phosphatase isozyme conversion |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,876,557 | 0 | G | T | 20.6% | 221.2 / 10.0 | 98 | intergenic (‑230/‑22) | cysD/iap | sulfate adenylyltransferase, subunit 2/aminopeptidase in alkaline phosphatase isozyme conversion |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (11/62); new base T (20/2); total (34/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.44e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GATCCATAACCGTTCCTTTGCAATACCGCTATTTTCTTGCCATCAGATGTTTCGACTATAGGGAGCGTAAGAGAACGAATGAAATTACCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGGGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGGCAGTTTCATACTATGGC‑GGTAAAAAAA‑TTTGC‑ATGGTATTTAAGGACTCACTATGTTTTCCGCATTGCGCCACCGTACCGCTGCCCT‑GGCGCTCGGCGTATGCTTTATTCTCCCCGTACACGCCTCGTCACCTAAACCTGGCGATTTTGCTAATACTCAGGCACGACATATTGCTACTTTCTTTCCGGGACGCATGACCGGAACTCCTGCAGAAATGTTATCTGCCGATTATATTCGCCAACAGTTTCAGCAAATGGGTTAT > NC_000913/2876321‑2876788 | tattcttAACCCTTCCTTTTCAATACCGTTTTTTTCATGGCATCATATGTTTCGACTATAGAGAGCCTAAGAGAACGAATGAAAATTCCAATTAGAATGAGTAGTTCCTTAACGGAATAACGATTTGGCAAAGCTAATATCAAAAAGTGCTTAAGGCACCGGATTTCGTGCGTTTAGGAAGATTTGAAATTGTTTTAGCGCAGCGACAGTTTCATAATATGGC‑GGTAAAAAAA‑TTTGC‑a < 2:474834/233‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |