| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,882,354 | A→C | 8.3% | S94R (AGT→AGG) | casB ← | CRISP RNA (crRNA) containing Cascade antiviral complex protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,882,354 | 0 | A | C | 8.3% | 341.1 / 2.8 | 124 | S94R (AGT→AGG) | casB | CRISP RNA (crRNA) containing Cascade antiviral complex protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (52/57); new base C (7/7); total (60/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
GAATATTGATAAAGTTAGACATAGAAAGGTTTCCTTACGCATTTTTGTTTGTGGTCAATACAAAATCTTCCAGAAGTTGCTGGCGTTCGCGCTTTCCCCACCAGGTCAACATCCTGGCCATTAATGGCCAGTCAAGTACGGGTTCGGCGTGAGTAAGTAATCGACGTAACTGGACCATATCGGCT‑GTTCTGTCAGCCCGAATTAA‑TTGAAAGATAC‑GGCGCTCGTTAATTCTTCCAC‑TATTGGCTAAAGCTCTTCCCAA‑CGAGATACCTGTTGTT‑TGCTCCGATTTTTTGTCCTGATGTCGGATGACATTCTTTCCTGCGCTCAGGCAAAACACCATGCGCAAAAGAG‑CCTGCTGGTGACGTGGGTTTTCCCAACCAAAAGGTTGCACCAGCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGCACATGATCCATTATCCAGTTG > NC_000913/2882119‑2882590 | taaTTTTGATAAAGGTAAAAATAGAAAGGTTTCCTTACGCATTTTTGTTTGTGGTCAATTAAAAATCTTCCAGAAGTTGCGGGCGTTCGCGCTTTCCCCACCAGGTCAACATCCTGGCCATTAATGGCCAGTCAAGTACGGGTTCGGCGTGAGTAAGTAATCGACGTAACTGGACCATATCGGCT‑GTTCTGACAGCCCGAATTAA‑TTGAAAGATAC‑GGCGCTCGTTAATTCTTCCAC‑Ta < 2:1253529/238‑1 (MQ=255)gAATATTGATAAAGTTAGACATAGAAAGGTTTCCTTACGCATTTTTGTTTGTGGTCAATACAAAATCTTCCAGAAGTTGCTGGCGTTCGCGCTTTCCCCACCAGGTCAACATCCTGGCCATTAATGGCCAGTCAAGTACGGGTTCGGCGTGAGTAAGTAATCGACGTAACTGGACCATATCGGCT‑GTTCTGTCAGCCCGAATTAA‑TTGAAAGATAC‑GGCGCTCGTTAATTCTTCCAC‑Ta < 1:788267/239‑1 (MQ=255) ttGATAAAGTTAGACATAGAAAGGTTTCCTTACGCATTTTTGTTTGTGGTCAATACAAAATCTTCCAGAAGTTGCTGGCGTTCGCGCTTTCCCCACCAGGTCAACATCCTGGCCATTAATGGCCAGTCAAGTACGGGTTCGGCGTGAGTAAGTAATCGACGTAACTGGACCATATCGGCT‑GTTCTGTCAGCCCGAATTAA‑TTTGAAACTAC‑GGGGCTCGTTAATTCTTCCCC‑TATTg > 1:1367848/1‑237 (MQ=255) aTAAAGTTAGACATAGAAAGGTTTCCTTACGCATTTTTGTTTGTGGTCAATACAAAATCTTCCAGAAGTTGCTGGCGTTCGCGCTTTCCCCACCAGGTCAACATCCTGGCCATTAATGGCCAGTCAAGTACGGGTTCGGCGTGAGTAAGTAATCGACGTAACTGGACCATATCGGCTGGTTTTGTC‑GCCCGAATTAA‑TTTAAAGAAAA‑CGCGCTCGTTAATTTTTTCCA‑TATTGGCTaa > 2:1036676/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |