| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,022,862 | A→C | 9.3% | H43P (CAC→CCC) | tatC → | TatABCE protein translocation system subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,022,862 | 0 | A | C | 9.3% | 437.3 / 4.7 | 148 | H43P (CAC→CCC) | tatC | TatABCE protein translocation system subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (79/49); new base C (3/16); total (82/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.83e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 148 total aligned reads displayed.
TCGCCGGAACAGAAGCCAGAAACCACGCCAGAGCCGGTGGTAAAACCTGCTGCGGACGCTGAACCGAAAACCGCTGCACCTTCCCCTTCGTCGAGTGATAAACCGTAAACATGTCTGTAGAAGATACTCAACCGCTTATCACGCATCTGATTGAGCTGCGTAAGCGTCTGCTGAACTGCATTATCGCGGTGATCGTGATATTCCTGTGTCTGGTCTATTTCGCCAATGACATCTATCACCTGGTATCCGCGCCATTGATCAAGCAGTTGCCGCAAGGTTCAAC‑GATGATCGCCACCGACGTGGCCTCGCCGTTCTTTACGCCGATCAAGCTGACCTTTATGGTGTCGCTGATTCTGTCAGCGCCGGTGATTCTCTATCAGGTGTGGGCATTTATCGCCCCAGCGCTGTATAAGCATGAACGTCGCCTGGTGGTGCCGCTGCTGGTTTCCAGCTCTCTGCTGTTTTATA > NC_000913/4022625‑4023092 | tccccGGAACAGAACCCAAAAACCACGCCAGAGCCGGTGGTAAAACCTGCTGCGGACGCTGAACCGAAAACCGCTGCCCCTTCCCCTTCGTCGAGTGATAAACCGTAAACATGTCTGTAGAAGATACTCAACCGCTTATCCCGCATCTGATTGAGCTGCGTAAGCGTCTGCTGAACTGCATTATCGCGGTGATCGTGATATTCCTGTGTCTGGTCTATTTCGCCAATGACATCTATCAc < 2:1020617/236‑1 (MQ=255) 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TCGCCGGAACAGAAGCCAGAAACCACGCCAGAGCCGGTGGTAAAACCTGCTGCGGACGCTGAACCGAAAACCGCTGCACCTTCCCCTTCGTCGAGTGATAAACCGTAAACATGTCTGTAGAAGATACTCAACCGCTTATCACGCATCTGATTGAGCTGCGTAAGCGTCTGCTGAACTGCATTATCGCGGTGATCGTGATATTCCTGTGTCTGGTCTATTTCGCCAATGACATCTATCACCTGGTATCCGCGCCATTGATCAAGCAGTTGCCGCAAGGTTCAAC‑GATGATCGCCACCGACGTGGCCTCGCCGTTCTTTACGCCGATCAAGCTGACCTTTATGGTGTCGCTGATTCTGTCAGCGCCGGTGATTCTCTATCAGGTGTGGGCATTTATCGCCCCAGCGCTGTATAAGCATGAACGTCGCCTGGTGGTGCCGCTGCTGGTTTCCAGCTCTCTGCTGTTTTATA > NC_000913/4022625‑4023092 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |