| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,295,759 | T→G | 10.9% | V427G (GTG→GGG) | gltP → | glutamate/aspartate:proton symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,295,759 | 0 | T | G | 10.9% | 350.2 / 2.6 | 136 | V427G (GTG→GGG) | gltP | glutamate/aspartate:proton symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/65); new base G (14/6); total (65/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.89e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
CCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATT‑GCCAAGTGGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACG‑CTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTT‑AGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACA > NC_000913/4295528‑4295991 | ccTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGCGCTGGCGATT‑GCCAAGTGGGAACACAAAATTGACCGGAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGGGTGACGGGCTGGGc > 1:937520/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |