| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,462,860 | Δ1 bp | 5.1% | intergenic (‑199/+195) | nrdD ← / ← treC | anaerobic ribonucleoside‑triphosphate reductase/trehalose‑6‑P hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,462,860 | 0 | T | . | 5.1% | 278.2 / 6.4 | 79 | intergenic (‑199/+195) | nrdD/treC | anaerobic ribonucleoside‑triphosphate reductase/trehalose‑6‑P hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (46/29); new base . (2/2); total (48/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.68e-01 | |||||||||||
CACTTTGCAGCCGTCTCGTTTCATCACATGCGGTGTCATGAT‑CGCTCCATATTTTTAAGAACAGGTTATCCACAGAAATTGGGAAAGGCGTTTTCCGGTTTTTTCGTTTCGTTTTCCGGTGCTTTCCGCAATCGCCATCCGCTTATCCACAACGCCGCACCTTTTTCGTGGGGAGCTGTAGTAGCAATTATAGTCGATTAAT‑ACAACATATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAGCTTTTTTTGATGTAGCTCAAAGTAAAAAGCAGAGCGTACGGATGACGGGCGCTACAGCGATATGTAAATTTTTTAATGAATTTGCTGGTTGAAAAATCAACAAAAACAACATACTGACAGACAAAACCCCGGAATGACCGGCATTACCGGGGCTTAGGGAAGATTTACTTCTGTAACCACCAGACAGCCTCAAAAGGCCGTAAATTCA > NC_000913/4462623‑4463098 | cACTTTGCCGCCGTCTCGTTTCATCACATGCGGTGTCATGAT‑CGCTCCATATTTTTAAGAACAGGTTATCCGCAGAAATTGGGAAAGGCGTTTTCCGGTTTTTTCGTTTCGTTTTCCGGTGCTTTCCGCAATCGCCATCCGCTTATCCACAACGCCGCACCTTTTTCGGTGGGAGCTGTAGTAGAAATTTTAGACTCTTAATCAAAACAT‑TGGGGTGGGGAGGCATTTTAAAGGTtata > 2:498694/1‑239 (MQ=255)cACTTTGCAGCCGTCTCGTTTCATCACATGCGGTGTCATGAT‑CGCTCCATATTTTTAAGAACAGGTTATCCACAGAAATTGGGAAAGGCGTTTTCCGGTTTTTTCGTTTCGTTTTCCGGTGCTTTCCGCAATCGCCATCCGCTTATCCACAACGCCGCACCTTTTTCGTGGGGAGCTGTAGTAGCAATTATAGTCGATTAAA‑AAAACAAATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCtatt > 1:120519/1‑238 (MQ=255) tttGCAGCCGTCTCGTTTCATCACATGCGGTGTCATGAT‑CGCTCCATATTTTTAAGAACAGGTTATCCACAGAAATTGGGAAAGGCGTTTTCCGG‑TTTTTCGTTTCGTTTTCCGGTGCTTTCCGCAATCGCCATCCGCTTATCCACAACGCCGCACCTTTTTCGTGGGGAGCTGTAGTAGCAATTATAGTCGATTAAT‑ACAACATATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCtatatata < 1:720387/239‑1 (MQ=255) ttgtctgctttctgTTTGATCATTTGCGGTGTCAGTATGCGCTCC‑TTTTTTTAAGGACAGGTTATCCACAGAAATTGGGAAGGGCGTTTTCAGGGTTTTTCGTTTCGTTTTCCGGTGCTTTCCGCAATCGCCATCCGCTTATCCACAACGCCGCACCTTTTTCGTGGGGAGCTGTAGTAGCAATTATAGTCGATTAAT‑ACAACATATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCtatatata < 2:311014/226‑1 (MQ=255) 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cTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAGCTTTTTTTGATGTAGCTCAAAGTAAAAAGCAGAGCGTACGGATGACGGGCGCTACAGCGATATGTAAATTTTTTAATGAATTTGCTGGTTGAAAAATCAACAAAAACAACATACTGACAGACAAAACCCCGGACTGACCGGCATTACCGGGCCTTAGGGAAGATTTACTTCTGTACCAACCCAAAAACCCCAAAAGGCCGCAAAt > 2:687361/1‑239 (MQ=255) cTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAGCTTTTTTTGATGTAGCTCAAAGTAAAAAGCAGAGCGTACGGATGACGGGCGCTACAGCGATATGTAAATTTTTTAATGAATTTGCTGGTTGAAAAATCAACAAAAACAACATACTGACAGACAAAACCCCGGAATGACCGGCATTACCGGGGCTTAGGGAAAATTTACTTCTGTAACCACCAGACAGCCCCAAAAGGCCGTAAAt > 2:757917/1‑239 (MQ=255) tatatataGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAGCTTTTTTTGATGTAGCTCAAAGTAAAAAGCAGAGCGTACGGATGACGGGCGCTACAGCGATATGTAAATTTTTTAATGAATTTGCTGGTTGAAAAATCAACAAAAACAACATACTGACAGACAAAACCCCGGAATGACCGGCATTACCGGGGCTTAGGGAAGATTTACTTCTGTAACCACCAGACAGCCTCAAAAGGCCGTAAAtt > 1:221550/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |