| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 2,747,957 | A→C | 12.7% | intergenic (‑164/‑3) | ffh ← / → ypjD | Signal Recognition Particle (SRP) component with 4.5S RNA (ffs)/cytochrome c assembly protein family inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,747,957 | 0 | A | C | 12.7% | 307.5 / 3.9 | 119 | intergenic (‑164/‑3) | ffh/ypjD | Signal Recognition Particle (SRP) component with 4.5S RNA (ffs)/cytochrome c assembly protein family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (69/31); new base C (6/12); total (75/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.63e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
TTCAGTGAGGCGTCCACGGCCACTGATATTGCGCAGCGTGCGCGACAAACGATCGGTTAAATTATCAAACATTGTCTCTCGCCTGGGGTGGAAACGGTTGGCCGCAATCGCGACACATCATCAGTATTTTGCCGCAGTATAACATGAAGGCGTCTTTGTTGTTATGCAACGGTTGGAGCAGCGTTCACCTGACGCTATACTGCTTCTCTTTCTTATTGCTCAAACTGTCGACATCACTATGCCCGTTTTTGCTCTGCTCGCGCTTGTCGCCTACTCCGTCAGTCTTGCGC‑TGATTGTTCCCGGTCTGCTGCAAAAAAACGGCGGCTGGCGGCGCATGGCTATTATTTCTGCGGTCATTGCGCTGGTCTGCCACGCAATCGCTCTGGAAGCCCGCATCCTGCCCGACGGTGATAGCGGACAAAACCTCAGCCTGCTGAACGTTGGTTCATTGGTCAGTTTGATGATCTGTA > NC_000913/2747722‑2748191 | ttCAGTGAGGCGTCCACGGCCACTGATATTGCGCAGCGTGCGCGACAAACGATCGGTTAAATTATCAAACATTGTCTCTCGCCTGGGGTGGAAACGGTTGGCCGCAATCGCGACACATCATCAGTATTTTGCCGCAGTATAACATGAAGGCGTCTTTGTTGTTATGCAACGGTTGGAGCAGCGTTCACCTGACGCTATAATGCTTCTCTTTCTTTTTGCTCAAACTGTCGACATCCCtt > 1:1020614/1‑238 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |