| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,782,507 | A→C | 17.8% | V73G (GTA→GGA) | ypjA ← | adhesin‑like autotransporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,782,507 | 0 | A | C | 17.8% | 176.2 / 2.8 | 81 | V73G (GTA→GGA) | ypjA | adhesin‑like autotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/25); new base C (2/16); total (39/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.25e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCC‑TGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATT‑GACTGTCTGCCACCGTTAAT‑GGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGAC‑TTCCATTAGATACCCCGCCATGAACATTCTGCTGGCCATGGTTGATAATATGAGTGTTATTTGTTGTACCTCGTTCATCCACTTTTTGGTTGCCATCTACAGTCTCATCGTTTACCACACCAATAACATTAGTAGTGAAGGCAGCCATCCCGGGCGGGGCATATATCAAGGCAGATATCAATAAGGAAAGTACTGAGCGGCGACAATAATAGGGACTGGTCCTGTTCATAAATTTCATCCTCTGAAAAGT > NC_000913/2782275‑2782745 | cGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCC‑TGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATT‑GACTGTCTGCCACCGTTAAT‑GGTTGTCTTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTTTGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAAATTCAAAAAAAC‑TTCCATTTAATCcccccc > 2:660935/1‑237 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |