| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 249,538 | T→G | 28.1% | pseudogene (533/1713 nt) | lfhA ← | pseudogene, flagellar system protein, promoterless fragment, flagellar biosynthesis |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 249,538 | 0 | T | G | 28.1% | 51.7 / 2.3 | 59 | pseudogene (533/1713 nt) | lfhA | pseudogene, flagellar system protein, promoterless fragment, flagellar biosynthesis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/19); new base G (16/5); total (35/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.11e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACT‑GACCTGCTGCTCGC‑TGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTT‑C‑GAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCG‑CCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGG‑CA‑TTCC‑CGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACG‑CACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCA‑GCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATCGGCGCTCAGGT > NC_000913/249305‑249772 | tGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACT‑GACCTGCTGCTCGC‑TGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTT‑C‑GAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCG‑CCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGggcgg‑c > 1:768603/1‑239 (MQ=255) gAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCCCCAGCGCCACCAGTTTGTACCCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACT‑GACCTGCTGCTCGC‑TGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTT‑C‑GAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCG‑CCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGG‑c < 1:39038/238‑1 (MQ=255) aGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACT‑GACCTGCTGCTCGC‑TGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTT‑C‑GAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCG‑CCAGCGGCTGTTTGCTCCTCCGCCCGCCGGTCAAACACAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACCGCCGGGGCgggc > 2:985931/1‑236 (MQ=255) ttACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACT‑GACCTGCTGCTCGC‑TGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTT‑C‑GAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCG‑CCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGG‑GC‑TTCC‑Cgg > 1:831184/1‑239 (MQ=255) ttACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACT‑GACCTGCTGCTCGC‑TGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTT‑C‑GAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCG‑CCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGG‑CA‑TTCC‑Cgg > 1:920833/1‑239 (MQ=255) aCCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACT‑GACCTGCTGCTCGC‑TGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTT‑C‑GAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCG‑CCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGTACAGCCAAAACGGCGGGTGCGG‑CA‑CTCC‑Cggg > 1:792529/1‑237 (MQ=255) tgCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACT‑GACCTGCTGCTCGC‑TGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTT‑C‑GAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCG‑CCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCACGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCCGGGGCGG‑CA‑TTCC‑CGGAacccac > 1:482206/1‑235 (MQ=255) 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acccAAGCAGGGCGCAGAACAGCAAACACGGCAGGTGCGG‑CA‑TTCC‑CGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACG‑CACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCA‑GCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGcaca < 1:192823/237‑1 (MQ=255) aaCCAAGCAGGGCCATGAACAGGAAAAGCGGCAGGTGCGG‑CC‑TTCC‑CGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACG‑CACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCA‑GCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGcaca < 1:23376/239‑1 (MQ=255) ggCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGGGCGG‑CA‑TTCC‑CGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGAGTAGAGCACCGACGGGCCTGCCCGCAGCTGGTTACG‑CCCGGCCAGGGCGCAATCGCCGGTGTCGCGTACGCGGGGAGCGAGAAATCCCGCCACGGGGGAGGGAA‑GCAGGGAAGGGAGTTGGGCCCCCCGGCCGTCGCCGGTggggacaagcacaaaccaccggg > 2:348583/1‑218 (MQ=255) cgcTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGG‑CA‑TTCC‑CGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACG‑CACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCA‑GCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAg > 1:878615/1‑239 (MQ=255) aaaaCGGCCGCGTCGG‑CA‑TTCC‑CGTTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACG‑CACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCA‑GCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATCGgcg < 1:725209/239‑1 (MQ=255) aagggCAGGTGCGG‑CA‑TCCC‑CGTTCCCCCCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACG‑CACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCA‑GCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATCGGCGCt < 1:793886/236‑1 (MQ=255) cgggTGCGG‑TC‑TCCC‑CGGTCCCCCCCCCAGCCATGACCTAATCCCGGTGGCGGTGGAGGGAACCGGCGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACG‑CACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCA‑GCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATCGGCGCTCAGGt < 2:523245/237‑1 (MQ=255) gggTGGGG‑CT‑TTCC‑GGGCCCCACCGCCAGCCCGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGGGCACCGGCGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACG‑CACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCA‑GCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATCGGCGCTCAGGt < 2:430293/237‑1 (MQ=255) | TGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACT‑GACCTGCTGCTCGC‑TGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGCGTTT‑C‑GAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCG‑CCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGG‑CA‑TTCC‑CGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACG‑CACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCA‑GCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATCGGCGCTCAGGT > NC_000913/249305‑249772 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |