| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,027,729 | A→G | 16.4% | E204G (GAG→GGG) | ghxQ → | guanine/hypoxanthine permease, high affinity, guanine/hypoxanthine:H+ symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,027,729 | 0 | A | G | 16.4% | 245.2 / 11.6 | 111 | E204G (GAG→GGG) | ghxQ | guanine/hypoxanthine permease, high affinity, guanine/hypoxanthine:H+ symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (34/56); new base G (18/2); total (53/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.87e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
GTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGTATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTGGCGCTCGGTGCGTTTACCTCCTTCCCGGTGATGATGAGCTTGCTGGGGCTG‑GCGGTCATCTTCGGCCTGGAGAAGTGTCGCGTACCCGGCGGGATCT‑TGTTGGTGA‑TTATTGCAATTTCGATCATCGGCTTAATCTTTGACCCAGCGGTGAAATACCACGGTCTGGTGGCGATGCCAAGCCTGACTGGCGAAGATGGTAAGTCTCTGATTTTCAGCCTCGATATTATGGGTG‑CACTCCAGCCAACTGTAC‑TTCCGAGTGTACTGGCATTGGTGATGACCGCAGTGTTCGACGCTACTGGCACCATCCG > NC_000913/3027512‑3027966 | gTAACCGGTGTGCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGGATCGGTATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTATCGGTGTGGGAATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTGGGGCCCGGTGCGTTTCCCTCCTTCCCGGTGATGATGGGCTTGCTGGGGCTGCGGGGTC‑TCTTTGGCCTCGGGAGGGGGGCCGTACCcggggg > 2:230898/1‑239 (MQ=255) tgtgCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGTATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTGGCGCTCGGTGCGTTTACCTCCTTCCCGGTGATGATGAGCTTGCTGGGGCTG‑GCGGTCATTTTCGGCCTGGAGAAGGGTCGCGTACCCGGCGGGGTCt‑ttt > 1:653859/1‑237 (MQ=255) gtgCGTACCTGGATCTTACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGTATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTGGCGCTCGGTGCGTTTACCTCCTTCCCGGTGATGATGGGCTTGCTGGGGCTG‑GCGGTCATCTTCGGCCTGGGGAAGTGTCGCGTACCCGGCGGGATCt‑tgtt > 1:724303/1‑239 (MQ=255) tACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGTATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTGGCGCTCGGTGCGTTTACCTCCTTCCCGGTGATGATGAGCTTGCTGGGGCTG‑GCGGTCATCTTCGGCCTGGGGAAGGGTCGCGTTCCCGGGGGGGTTT‑TTTTGGGGG‑TTTTTGGAAtt > 2:602122/1‑239 (MQ=255) tACGTAATTTGCCGATGGGTATCGCTCACGGTACAGGTATCGGTATCGGGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTGGCGCTCGGTGCGTTTACCTCCTTCCCGGTGATGATGAGCTTGCTGGGGCTG‑CCGGTCATCTTCGTCCCGGGGAAGTGTCGAGCACCCGCCGGGATGt‑tttgtgggtttttttgaaat > 2:813158/1‑220 (MQ=255) 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tcggtatcggGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTGGCGCTCGGTGCGTTTACCTCCTTCCCGGTGATGATGGGCGTGCTGGGGCTG‑GCGGTCATCTTCGGCCTCGGGCAGTGTCGCGTACCCGCCGGGAGCT‑TGTT‑GTGAGGTATTTGAACTTCGATCTTCGCCTTAAATTTTGACCCacgggggaataaa > 2:26006/1‑227 (MQ=255) tcggtatcggGCTGTTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTGTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTGGCGCTCGGTGCGTTTACCTCCTTCCCGGTGATGATGAGCTTGCTGGGGCTG‑GCGGTCATCTTCGGCCTGGAGAAGTGTCGCGTACCCGGCGGGATCT‑TGTTGGTGA‑TTATTGCAATTTCGATCATCGGCTTAATCTTTGACCCACCGGTGAAATa > 1:717124/1‑238 (MQ=255) cggtatcggGCTGGTTCTGCTGCTGATTGCTGCTAACGGTTTGGGTATGGTTATCAAAAACCCGATTGAAGGCTTGCCAGTGGCGCTCGGTGCGTTTACCTCCTTCCCGGTTATGATGAGCTTGCTGGGGCTG‑GCGGTCATCTTCGGCCTGGAGAAGTGTCGCGTACCCGGCGGGATCT‑TGTTGGTGA‑TTATTGCAATTTCGATCATCGGCTTAATCTTTGACCCAGCGGTGAAATAcc < 1:815469/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |