| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,978,861 | A→C | 15.8% | T88P (ACC→CCC) | wzyE → | putative ECA polysaccharide chain elongation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,978,861 | 0 | A | C | 15.8% | 183.5 / 4.0 | 96 | T88P (ACC→CCC) | wzyE | putative ECA polysaccharide chain elongation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (47/30); new base C (6/13); total (53/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.74e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGTTTGTTGTCTGGCTGCTCTGCACGCTGTTTATTGCCACGCTGACCTGGTTTGAGTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTT‑CATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTG‑CTGGTATTTCGCTTTGATGTTGGTGTCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGAGACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTAACTCCTAC‑AGTCAGATCTTTTCCAGTGAAGTCTCCGGCGTGGCGTTAAAACGCTTCTTTTACTTTTTCATCC > NC_000913/3978624‑3979098 | cTGTTTGTTGTCTGGCTGCTCTGCACGCTGTTTATTGCCACGCTGCACTGGTTTGAGTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTT‑CATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTG‑CTGGTATTTCGCTGTGATGTTGGTGTCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCa < 1:620097/238‑1 (MQ=255) tgtttgttGTCTGGCTGCTCTGCACGCTGTTTATTGCCACGCTGACCTGGTTTGAGTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTT‑CATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTG‑CTGGTATTTCGCTTTGATGTTGGTGTCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCAcc > 1:473306/1‑239 (MQ=255) tttgttGTCTGGCTGCTCTGCACGCTGTTTATTGCCACGCTGACCTGGTTTGAGTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTT‑CATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTG‑CTGGGATTTCGCTTTGATGTTGGTGTCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTa > 1:891817/1‑239 (MQ=255) gttgtCTGGCTGCTCTGCACGCTGTTTATTGCCACGCTGACCTGGTTTGAGTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTT‑CATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTG‑CTGGTATTTCGCTTTGATGTTGGTGTCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTCCGGGCTGCTTCTACCCGGTTTACTATTTCCCCTACaa > 2:906169/1‑239 (MQ=255) ggCTGCTCTGCACGCTGTTTATTGCCACGCTGACCTGGTTTGAGTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTT‑CATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTG‑CTGGTATTTCGCTTTGATGTTGGTGTCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTTCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTACCCTACAAAACCCg > 1:699193/1‑238 (MQ=255) ggCTGCTCTGCACGCTGTTTATTGCCACGCTGACCTGGTTTGAGTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTT‑CATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTG‑CTGGTATTTCGCTTTGATGTTGGTGTCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTCCCAAAc > 1:709690/1‑235 (MQ=255) ggCTGCTCTGCACGCTGTTTATTGCCACGCTGACCTGGTTTGAGTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTT‑CATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTG‑CTGGTATTTCGCTTTGATGTTGGTGTCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCg > 1:754334/1‑238 (MQ=255) 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cGCTGACCTGGTTTGAGTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTT‑CATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTG‑CTGGTATTTCGCTTTGATGTTGGTGTCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCATTCGTTGCTTTTTTCGGGGTCGTTCTACGCGGTTTATTATGTACCCTACCAAACCCGCCTCAGCAAACCCGTGGTTGATTTAcc > 1:1055213/1‑238 (MQ=255) cGCTGACCTGGTTTGAGTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTT‑CATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTG‑CTGGTATTTCGCTTTGATGTTGGTGTCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCCCCTACAAAACCCGCCTCCGCAAACCCGTTCCTGGTGTCCcg > 2:577441/1‑239 (MQ=255) cGCTGACCTGGTTTGAGTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTT‑CATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTG‑CTGGTATTTCGCTTTGATGTTGGTGTCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTCCAAAACCCGCCTACGCAAACGACTTGcggtgttaccg > 1:300774/1‑229 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |