| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,430,346 | A→G | 17.7% | E161G (GAG→GGG) | cycA → | D‑alanine/D‑serine/glycine transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,430,346 | 0 | A | G | 17.7% | 165.6 / 3.8 | 83 | E161G (GAG→GGG) | cycA | D‑alanine/D‑serine/glycine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/38); new base G (14/3); total (41/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.33e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAATACAAATCTTTTAGTGACTTCGCTTCCGATTTACTCGGGCCGTGGGCAGGATATTTCACCGGCTGGACTTACTGGTTCTGCTGGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTG‑CTGCTGCTGACGCTCAATCT‑CGCCACCGTG‑AAAATGTTCGGTGAGATGGAGTTCTGGTTTGCGATGAT‑CAAAATCGTCGCCATTGTGTCGCTGATTGTCGTCGGCCTGGTCATGGTGGCGATGCACTTTCAGTCACCG‑AC‑TGGTGTGGAAGCGTCATTCGCGCATTTGTGGAATGACGGCGGCT‑GGTTCCCGAAAGGTTTAAGTGGCTTCTTTGCCGGATTCCAGATAGCGGTTTTCGCTTTCGTGGGGATTGAGCTGGTAGGTACAACAGCTGCGGAAACCA > NC_000913/4430111‑4430579 | gattACAAATTTTTTAGGGACTTCGCTTCCGATTTTCTCGGGCCGTGGGCAGGATATTTCACCGGCTGGACTTACTGGTTCTGCTGGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTG‑CTGCTGCTGACGCTCAATCT‑CGCCACCGTG‑AAAATGTTCGGTGAGATGGAGtt < 2:786454/236‑1 (MQ=255)gaatgcaaagctttttggtcgctCGCTTCCGGTTTTCCGGGGCCGGGGGCAGGATTGTTCACCGGCTGGGCGTTCTGGTTCTGCGTGGTTGTAACCGGTATGGCAGACTTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTG‑CTGCTGCTGACGCTCAATCT‑CGCCACCGTG‑AAAATGTTCGGTGAGATGGAGtt < 2:780038/217‑1 (MQ=255) ttttttttgtcttgtcttcttgtttACTTGGGCCGGGGGACGGATTTTTCACCGGCTGGACTTACTGGTTCTGCTGGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTG‑CTGCTGCTGACGCTCAATCT‑CGCCACCGTG‑AAAATGTTCGGTGAGATGGAGTTCTGGTTTGCg < 2:602794/217‑1 (MQ=255) cTTTTAGTGACTTCGTTTCCGATTTACTCGGGCCGTGGGCAGGATATTTCACCGGCTGGACTTACTGGTTCTGCTGGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTG‑CTGCTGCTGACGCTCAATCT‑CGCCACCGTG‑AAAATGTTCGGTGAGATGGAGTTCTGGTTTGCg < 1:49592/239‑1 (MQ=255) ttAGTGACTTCGCTTCCGATTTACTCGGGCCGTGGGCAGGATATTTCACCGGCTGGACTTACTGGTTCTGCTGGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGCGGTAGTG‑CTGCTGCTGACGCTCAATCT‑CGCCCCCCTGCAAAATG‑TCGGTGAGATGGAGATCTGGTTTGCgctt > 1:171723/1‑236 (MQ=255) gtttcggtttttCTGGGGGCGTGGGCAGGATATTTCCCCGGCTGGGCTTACTTGTTCTGCTGGGTTGTAACGGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTATGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTG‑CTGCTGCTGACGCTCAATCT‑CGCCACCGTG‑AAAATGTTCGGTGAGATGGAGTTCTGGTTTGCGATGAT‑CAAAAtcgt < 2:577549/231‑1 (MQ=255) gcctctgATTTGCTCGGGCCGTGGGCAGGATATTTCACCGGCTGGACTTACTGGTTCTGCTGGGTTGGAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTG‑CTGCTGCTGACGCTCAATCT‑CGCCACCGTG‑AAAATGTTCGGTGAGATGGAGTTCTGGTTTGCGATGAT‑CAAAAtcgt < 1:1035868/233‑1 (MQ=255) 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acaggTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTG‑CTGCTGCTGACGCTCAATCT‑CGCCACCGTG‑AAAATGTTCGGTGAGATGGAGTTCTGGTTTGCGATGAT‑CAAAATCGTCGCCATTGTGTCGCTGATTGTCGTCGGCCTGGTCATGGTGGCGATGCACTTTCAGTCa < 1:64296/235‑1 (MQ=255) gTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTG‑CTGCTGCTGACGCTCAATCT‑CGCCACCGTG‑AAAATGTTCGGTGAGATGGAGTTCTGGTTTGCGATGAT‑CAAAAACGTCGCCATTGTGTCGCTGATTGTCGTCGGCCTGGTCATGGTGGCGGTGGACTTTCAGTCACCG‑Ac > 1:687327/1‑239 (MQ=255) tAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTG‑CTGATGCTGACGCCCAATCT‑CGCCCCCGTG‑AAAATGTTCGGTGAGTTGGGGGTCTGGGTTGCGATGAT‑CAAAATGGTCGCCCTTGTTGCGCGGTCTTTGGCAGGCCGGGGTATGGGGGGGGAGCACTTTCAGTCACCG‑AC‑gggg > 2:105589/1‑238 (MQ=255) 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GAATACAAATCTTTTAGTGACTTCGCTTCCGATTTACTCGGGCCGTGGGCAGGATATTTCACCGGCTGGACTTACTGGTTCTGCTGGGTTGTAACCGGTATGGCAGACGTGGTGGCGATCACGGCTTATGCTCAGTTCTGGTTCCCCGATCTCTCCGACTGGGTCGCCTCGCTGGCGGTGATAGTG‑CTGCTGCTGACGCTCAATCT‑CGCCACCGTG‑AAAATGTTCGGTGAGATGGAGTTCTGGTTTGCGATGAT‑CAAAATCGTCGCCATTGTGTCGCTGATTGTCGTCGGCCTGGTCATGGTGGCGATGCACTTTCAGTCACCG‑AC‑TGGTGTGGAAGCGTCATTCGCGCATTTGTGGAATGACGGCGGCT‑GGTTCCCGAAAGGTTTAAGTGGCTTCTTTGCCGGATTCCAGATAGCGGTTTTCGCTTTCGTGGGGATTGAGCTGGTAGGTACAACAGCTGCGGAAACCA > NC_000913/4430111‑4430579 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |