| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,461,970 | A→C | 10.0% | V231G (GTG→GGG) | nrdD ← | anaerobic ribonucleoside‑triphosphate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,461,970 | 0 | A | C | 10.0% | 276.6 / 2.2 | 110 | V231G (GTG→GGG) | nrdD | anaerobic ribonucleoside‑triphosphate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (52/44); new base C (2/11); total (54/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.53e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
GATCGATTCCTGAATCAGGCGCGATTCCCAGCTGGTGCCCAGGCCAAAACCAAAGGTTACAAACGGCGTCTGACCGTTGGCGGTGTGCAGGGTGTTTACTTCGTACTCCAGTGACTGGAAGGCATCGTAGCACTCTTTGATGGTTCGAGAGTTAGCGTAGCCTTCGGCGTCCGGGATGTT‑CCACTCTTCTGCGGTCTTGCGATGTTTGTTGTAGCTGGCAGTGACAAACGGTGCCAGCACTTCATCGATACGGTTAATGGTGGTGCCGCCATAAATATGGCTGGCAACCTGAGCAATAATCTGCGCAGTTACCGCGGTTGCCGTAGAGATCGACTTCGGC‑GGTTCA‑ATC‑TC‑GGCGTTCCCCATTTTAAAGCCCTGGGTCAGCATGCCTTTCAGGTCGATCAACATGCAGTTGAACATCGGGAAGAACGGTGAGTAATCGAGATCGTGATAGTGAATATCGCCA > NC_000913/4461732‑4462194 | gATCGATTCCTGAATCAGGCGCGATTCCCAGCTGGTGCCCAGGCCAAAACCAAAGGTTACAAACGGCGTCTGACCGTTGGCGGTGTGCAGGGTGTTTACTTCGTACTCCAGTGACTGGAAGGCATCGTAGCACTCTTTGATGGTTCGAGAGTTAGCGTAGCCTTCGGCGCCCGGGATGTT‑CCACTCTTCTGCGGTCTTGCGATGTTTGTTGTAGCTGGCAGTGCCAAACGGTGCCAGCa > 1:311623/1‑239 (MQ=255) tCGATTCCTGAATCAGGCGCGATTCCCAGCTGGTGCCCAGGCCAAAACCAAAGGTTACAAACGGCGTCTGACCGTTGGCGGTGTGCAGGGTGTTTACTTCGTACTCCAGTGACTGGAAGGCATCGTAGCACTCTTTGATGGTTCGAGAGTTAGCGTAGCCTTCGGCGTCCGGGAGGTT‑CCACTCTTCTGCGGTCTTGCGATGTTTGTTGTAGCTGGCAGGGAAAAACGGGGCCAGCAc > 2:388347/1‑238 (MQ=255) gATTCCTGAATCAGGCGCGATTCCCAGCTGGTGCCCAGGCCAAAACCAAAGGTTACAAACGGCGTCTGACCGTTGGCGGTGTGCAGGGTGTTTACTTCGTACTCCAGTGACTGGAAGGCATCGTAGCACTCTTTGATGGTTCGAGAGTTAGCGTAGCCTTCGGCGTCCGGGATGTT‑CCACTCTTCTGCGGTCTTGCGATGTTTGTTGTAGCTGGCAGTGACAAACGGTGCCAGCACTTc < 1:578381/239‑1 (MQ=255) cataaacAGGCGCTATTCCCGGCGTGTGCCAGGGCCAAAGCCAAAGGTTACAAACGTCGTCTGGCCGTTGGCGGTGTTCAGGGTGTTTCATTCGTTCTCCAGTGACTTGAAGGCATCGGAGCACTCTTTGATGGTTCGAGAGTTAGCGTAGCCTTCGGCGTCCGGGATGTT‑CCACTCTTCTGCGGTCTTGCGATGTTTGTTGTAGCTGGCAGTGACAAACGGTGCCAGCACTTCATCGa < 2:320326/233‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |