| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 629,732 | A→G | 9.8% | intergenic (+19/‑162) | entH → / → cstA | enterobactin synthesis proofreading thioesterase/carbon starvation protein involved in peptide utilization, APC peptide transporter family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 629,732 | 0 | A | G | 9.8% | 330.3 / 2.1 | 115 | intergenic (+19/‑162) | entH/cstA | enterobactin synthesis proofreading thioesterase/carbon starvation protein involved in peptide utilization, APC peptide transporter family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/73); new base G (11/2); total (40/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.40e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
CGATGGCCGGATTTATGATGACCCGCGACGGACAGTGTGTGGTAGGCACAGAACTTAATGCAACACACCATCGCCCGGTGT‑CTGAGGGAAAGGTACGCGGCGTCTGCCAGCCGCTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAATCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCGACAGAATTAGATGAGATTGCAGGAAAACTCGGTTAACGGAGTGATCGAGTTAACATTGTTAAGTTAAATATTGGTTTCAACTCCGATTTACATGGTTGCTGTGTTGTTAAATTGTACAAAGATGTTATAGAAACAAAATGTAACATCTCTATGGACACGCACACGGATAACAACTATGAACAAATCAGGGAAATACCTCG‑TCTGGACAGTGCTCTCTGTAATGGGAGCATTTGCTCTGGGATACATTG > NC_000913/629499‑629966 | tgggggCGGGTTTTAGGATGCCCCCCGCCGGAACGTGGTGGGGAGGCACAGAACTTAATCCAACACACCA‑CGCCCCGGGTGCGGAGGCAAAGGTACGCGGCGCCGGCCAGCCGGTGCATCTTGGTCGGCAAAATCAGAGCTGGGAAAGCGTCGTTTTCGATGAACAGGGGCGGCGTTGCTGCACTTGTCGGCTGGGTACGGCAGTTTTGGGATGAACCCGACAGAATTAGATgagact < 2:702126/234‑3 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |