| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 665,104 | A→C | 15.3% | S29R (AGT→AGG) | rlpA ← | septal ring protein, suppressor of prc, minor lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 665,104 | 0 | A | C | 15.3% | 178.9 / 4.3 | 82 | S29R (AGT→AGG) | rlpA | septal ring protein, suppressor of prc, minor lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (34/32); new base C (4/11); total (38/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.46e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
CGTCAGCTGTGTCGGATCGAATGCTTCGCCAGAGG‑CCGTCAGGTTACTG‑CCGGGTTCGGCAT‑CATAGATTGCCGCCAGTCCCGCCTG‑GCTAAATCGAGACGGATCCTGCACGATTTTGT‑AGCTTTTACCGTCGCGCTGGTAATCCTGATTTGCCGTCGCGTTCAGTGGTTCGAAACGCGGGTCCGCCCCGCTAATTTCAACTATAGGGCCGTTACATACCGCAGGCTGCGGTACACTTACCGTCTGTTGCTGACCATCATCGCTTGTACATGCCGCGAGCATTCCT‑GCCGCGATGCAGATCCCGAGCCACTGCTTACGCATTGCGCA‑CCTCTTACACGCTTTTCGACAACATTTTCCTGTGGGTGTGGATTGACATTACAATCCCGAACCCAGCCATCAGCACAATTAGCGCCGATCCTCCATAACTGACCAGTGGGAGCGGAACCCCTACAACCGGCAGAATACCGCT > NC_000913/664870‑665338 | cgtacggtgttttggtgcGAATGTTTC‑CCCGAGGCCCGGCAGGTTACGG‑CCGTGTTGCGCAT‑CATAGATTGCCGCCAGTCCCGCCTG‑GCTAAATCGAGACGGATCCTGCACGATTTTGT‑AGCTTTTACCGTCGCGCTGGTAATCCTGATTTGCCGTCGCGTTCAGTGGTTCGAAACGCGGGTCCGCCCCGCTAATTTCAACTATAGGGCCGTTACATACCGCAGGCTGCGGTACACTTa < 1:785242/222‑1 (MQ=255) aGCTGTGTCGGATCGAATGCTTCGCCAGAGG‑CCGTCAGGTTACTG‑CCGGGTTCGGCAT‑CATAGATTGCCGCCAGTCCCGCCTG‑GCTAAATCGAGACGGATCCTGCACGATTTTGT‑AGCTTTTACCGTCGCGCTGGTAATCCTGATTTGCCGTCGCGTTCAGTGGTTCGAAACGCGGGTCCGCCCCGCTAATTTCAACTATAGGGCCGTTACATACCGCAGGCTGCGGTACACTTACCg > 1:1009171/1‑238 (MQ=255) tgtCGGATCGAATGCTTCGCCAGAGG‑CCGTCAGGTTACTG‑CCGGGTTCGGCAT‑CATAGATTGCCGCCAGTCCCGCCTG‑GCTAAATCGAGACGGATCCTGCACGATTTTGT‑AGCTTTTACCGTCGCGCTGGTAATCCTGATTTGCCGTCGCGTTCAGTGGTTCGAAACGCGGGTCCGCCCCGCTAATTTCAACTATAGGGCCGTTCCATACCGCAGGCTGCGGTACACTTACCGTCTGtt > 1:558833/1‑239 (MQ=255) tgtCGGATCGAATGCTTCGCCAGAGG‑CCGTCAGGTTACTG‑CCGGGTTCGGCAT‑CATAGATTGCCGCCAGTCCCGCCTG‑GCTAAATCGAGACGGATCCTGCACGATTTTGT‑AGCTTTTACCGTCGCGCTGGTAATCCTGATTTGCCGTCGCGTTCAGTGGTTCGAAACGCGGGTCCGCCCCGCTAATTTCAACTATAGGGCCGTTACATACCGCAGGCTGCGGTACACTTACCGTCTGtt > 1:306225/1‑239 (MQ=255) tgtCGGATCGAATGCTTCGCCAGAGG‑CCGTCAGGTTACTG‑CCGGGTTCGGCAT‑CATAGATTGCCGCCAGTCCCGCCTG‑GCTAAATCGAGACGGATCCTGCACGATTTTGT‑AGCTTTTACCGTCGCGCTGGTAATCCTGATTTGCCGTCGCGTTCAGTGGTTCGAAACGCGGGGCCGCCCCGCTAATTTCAACTTTAGGGCCGTTACATACCCCAGGCGGCGGGACCCTTACCGCCTGtt > 2:854159/1‑239 (MQ=255) tgtCGGATCGAATGCTTCGCCAGAGG‑CCGTCAGGTTACTG‑CCGGGTTCGGCAT‑CATAGATTGCCGCCAGTCCCGCCTG‑GCTAAATCGAGACGGATCCTGCACGATTTTGT‑AGCTTTTACCGTCGCGCTGGTAATCCTGATTTGCCGTCGCGTTCAGAGGTTCGAAACGCGGGTCAGCCCCGCTAATTTCAACTCTAGGGCCGTTAAAGACCCCAAGCTGCGGGACACTTACCGCTTGtt > 2:266204/1‑239 (MQ=255) tCGGAGCGAATGCTTCCCCAGAGG‑CCGTGAGGTTGCGG‑CCGGGTTCGGCAT‑CATAGATTGCCGCCAGTCCCGCCTG‑GCTAAATCGAGACGGATCCTGCACGATTTTGT‑AGCTTTTACCGTCGCGCTGGTAATCCTGATTTGCCGTCGCGTTCAGTGGTTCGAAACGCGGGTCCGCCCCGCTAATTTCAACTATAGGGCCGTTACATACCGCAGGCTGCGGTACACTTACCGTCTGTTg < 1:10206/238‑1 (MQ=255) 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cat‑catAGTTGGCCCCAAGTCCCGCCTG‑GCTAAATCGAGACGGATCCTGCACGATTTTGT‑AGCTTTTACCGTCGCGCTGGTAATCCTGATTTGCCGTCGCGTTCAGTGGTTCGAAACGCGGGTCCGCCCCGCTAATTTCAACTATAGGGCCGTTACATACCGCAGGCTGCGGTACACTTACCGTCTGTTGCTGACCATCATCGCTTGTACATGCCGCGAGCATTCCT‑GCCGCGATGCa < 1:854159/238‑1 (MQ=255) tGCCGCCAGTCCCGCCTG‑GCTAAATCGAGACGGATCCTGCACGATTTTGT‑AGCTTTTACCGTCGCGCTGGTAATCCTGATTTGCCGTCGCGTTCAGTGGTTCGAAACGCGGGTCCGCCCCGCTAATTTCAACTATAGTGCCGTTACATACCGCAGGCTGCGGTACACTTACCGTCTGTTGCTGACCATCATCGCTTGTACATGCCGCGAGCATTCCT‑GCCGCGATGCGGATCCCGAGc > 1:1084573/1‑238 (MQ=255) tGCCGCCAGTCCCGCCTG‑GCTAAATCGAGACGGATCCTGCACGATTTTGT‑AGCTTTTACCGTCGCGCTGGTAATCCTGATTTGCCGTCGCGTTCAGTGGTTCGAAACGCGGGTCCGCCCCGCTAATTTCAACTATAGGGCCGTTACATACCGCAGGCTGCGGTACCCTTACCGTCTGTTGCTGACCATCATCGCTTGTACATGCCGCGAg > 2:831643/1‑210 (MQ=255) tGCCGCCAGTCCCGCCTG‑GCTAAATCGAGACGGATCCTGCACGATTTTGT‑AGCTTTTACCGTCGCGCTGGTAATCCTGATTTGCCGTCGCGTTCAGTGGTTCGAAACGCGGGTCCGCCCCGCTAATTTCAACTATAGGGCCGTTACATACCGCAGGCTGCGGTACACTTACCGTCTGTTGCTGACCATCATCGCTTGTACATGCCGCGAg < 1:831643/210‑1 (MQ=255) tGCCGCCAGTCCCGCCTG‑GCTAAATCGAGACGGATCCTGCACGATTTTGT‑AGCTTTTACCGTCGCGCTGGTAATCCTGATTTGCCGTCGCGTTCAGTGGTTCGAAACGCGGGTCCGCCCCGCTAATTTCAACTATAGGGCCGTTACATACCGCAGGCTGCGGTACACTTACCGTCTGTTGCTGACCATCATCGCTTGGACATGCCCCGGGCATTCCT‑CCCGCGGTGCAAATCCCGGGcc > 2:719857/1‑239 (MQ=255) gccccccAGTCCCCCCTG‑GTTAAATCGAGACGGGTCCGGCCCGATTTTGT‑AGCTTTTACCGTCGCGCTGGTAATCCTGATTTGCCGTCGCGTTCAGTGGTCCGAAACGCGGGTCCGCCCCGCTAATTTCAACTATAGGGCCGTTACATACCGCAGGCTGCGGTACACTTACCGTCTGTTGCTGACCATCATCGCTTGTACATGCCGCGAGCATTCCT‑GCCGCGATGCAGATCCCGAGcc < 2:197657/234‑1 (MQ=255) ccgccAGTCCCGCCTG‑GCTAAATCGAGACGGATCCTGCCCGATTTTGT‑AGCTTTTCCCGTCGCGCTGGTAATCCTGATTTGCCGTCGCGTTCAGTGGTTCGAAACGCGGGTCCGCCCCGCTAATTTCAACTATAGGGCCGTTACATACCGCAGGCTGCGGTACACTTACCGTCTGTTGCTGACCATCATCGCTTGTACATGCCGCGAGCATTCCT‑GCCGCGATGCAGATCCCGAGCCAc < 1:719857/239‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cAGGCTGCGGTACACTTACCGTCTGTTGCTGACCATCATCGCTTGTACATGCCGCGAGCATTCCT‑GCCGCGATGCAGATCCCGAGCCACTGCTTACGCATTGCGCA‑CCTCTTACACGCTTTTCGACAACATTTTCCTGTGGGTGTGGATTGACATTACAATCCCGAACCCa < 1:59643/171‑1 (MQ=255) cAGGCTGCGGTACACTTACCGTCTGTTGCTGACCATCATCGCTTGTACATGCCGCGAGCATTCCT‑GCCGCGATGCAGATCCCGAGCCACTGCTTACGCATTGCGCA‑CCTCTTACACGCTTTTCGACAACATTTTCCTGTGGGTGTGGATTGACATTACAATCCCGAACCCAGCCATCCGCCCACTTAGCGCCGATCCTCCATAACTGACCAGGGGGCGCGGAACCCCTAAAACCGGAAg > 2:726346/1‑239 (MQ=255) cAGGCTGCGGTACACTTACCGTCTGTTGCTGACCATCATCGCTTGTACATGCCGCGAGCATTCCT‑GCCGCGATGCAGATCCCGAGCCACTGCTTACGCATTGCGCA‑CCTCTTACACGCTTTTCGACAACATTTTCCTGTGGGTGTGGATTGACATTACAATCCCGAACCCAGCCATCAGCACAATTAGCGCCGATCCTCCATAACTGACCAGTGGGAGCGGAAACCCTACAACCGGccg > 1:582347/1‑237 (MQ=255) tgcctcGGTACCCTTACCGTCGTGTGCTGACCATCACCGCTTGTACATGCCGCGATCTTTCCT‑GCCGTGATGCAGATCCCGAGCCACTGCTTACGCATTGCGCA‑CCTCTTACACGCTTTTCGACAACATTTTCCTGTGGGTGTGGATTGACATTACAATCCCGAACCCAGCCATCAGCACAATTAGCGCCGATCCTCCATAACTGACCAGTGGGAGCGGAACCCCTACAACCGGCAGaa < 1:902022/234‑1 (MQ=255) ggCTGGGTTACACTTCCCGTTTTGTGCGGCCCATTCTCGCTTTGCCATGCCGCGAGCATTCCG‑GCCGCGATGCAGATCCCGAGCCACTGCTTACGCATTGCGCA‑CCTCGTACCCGCTTTTCGACAACATTTTCCTGGGGGTGTGGATTGACATTACAATCCCGAACCCAGCCATCAGCACAATTAGCGCCGATCCTCCATAACTGACCAGTGGGAGCGGAACCCCTACAACCGGCAGaa < 2:306225/239‑1 (MQ=255) gctgggttccacTTGCCTTCTGTTGCTGACCAGCATCGCTTGTACATGCCCGGGACATTCCT‑GCCGCGATGCAGATCCCGAGCCACTGCTTACGCATTGCGCA‑CCGCTTACACGCTTTTCGACAACATTTTCCTGTGGGTGTGGATTGACATTACAATCCCGAACCCAGCCATCAGCACAATTAGCGCCGATCCTCCATAACTGACCAGTGGGAGCGGAACCCCTACAACCGGCAGaa < 1:319664/229‑1 (MQ=255) tACCCTTACCTTCTGTTGCTGACCATCATCGCTTGTACATGCCGCGAGCATTCCT‑GCCGGGATGCAGATCCCGAGCCACTGCTTACGCATTGCGCA‑CCTCTTACACGCTTTTCGACAACATTTTCCTGTGGGTGTGGATTGACATTACAATCCCGAACCCAGCCATCAGCACAATTAGCGCCGATCCTCCATAACTGACCAGTGGGAGCGGAACCCCTACAACCGGCAGAATACCGCt < 1:774192/238‑1 (MQ=255) | CGTCAGCTGTGTCGGATCGAATGCTTCGCCAGAGG‑CCGTCAGGTTACTG‑CCGGGTTCGGCAT‑CATAGATTGCCGCCAGTCCCGCCTG‑GCTAAATCGAGACGGATCCTGCACGATTTTGT‑AGCTTTTACCGTCGCGCTGGTAATCCTGATTTGCCGTCGCGTTCAGTGGTTCGAAACGCGGGTCCGCCCCGCTAATTTCAACTATAGGGCCGTTACATACCGCAGGCTGCGGTACACTTACCGTCTGTTGCTGACCATCATCGCTTGTACATGCCGCGAGCATTCCT‑GCCGCGATGCAGATCCCGAGCCACTGCTTACGCATTGCGCA‑CCTCTTACACGCTTTTCGACAACATTTTCCTGTGGGTGTGGATTGACATTACAATCCCGAACCCAGCCATCAGCACAATTAGCGCCGATCCTCCATAACTGACCAGTGGGAGCGGAACCCCTACAACCGGCAGAATACCGCT > NC_000913/664870‑665338 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |