| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 830,872 | A→T | 12.3% | M1M (ATG→TTG) † | rhlE → | ATP‑dependent RNA helicase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 830,872 | 0 | A | T | 12.3% | 254.9 / 3.1 | 108 | M1M (ATG→TTG) † | rhlE | ATP‑dependent RNA helicase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (49/44); new base T (12/3); total (61/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.45e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
ATTATTCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCA‑GTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGTTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTCGGGGCGGTTCGGAGTAGTTATGTCTTTCGA‑TTCTTTGGGTTTAAGCCCTGATATCC‑TGCGCGCCGTTGCCGAGCAGGGTTACC‑GTGAACCCACCCCTATTCAGCAGCAGGCGATCCCTGCGGTGCTGGAAGGCCGCGACCTGATGGCTAGCGCCCAGACCGGCACCGGCAAAACA‑GCGGGCTTTACGCTGCCGCTGTTGCAACACCTGATCACTCGCCAGCCGCACG‑CCAAAGGGCGTCGTCCGGTACGTGCGCTC > NC_000913/830635‑831108 | attattCATCGCACAGTCCATTCTTAATCAAATGATTGATTAAGATTATGACTCCATAGGGGAGTTGTCCA‑GTATGGCTAAGAATTTTAGCAACGCCAGTCACAGGGATAATTTATGCGCTGCGTCACAAAAACTGCTACACTCCGCTCCCTCATGACATTGTGGGTTTTGTCATTTTCCTTTTCAGTATCTCCCTGAAAACTACACCGGTAACGGTTGGGGGGGTTCGGGGTGGTTAt > 2:668024/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |