| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 144,085 | A→C | 19.4% | S128S (TCA→TCC) | yadH → | putative ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 144,085 | 0 | A | C | 19.4% | 150.5 / 2.9 | 96 | S128S (TCA→TCC) | yadH | putative ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/46); new base C (17/5); total (43/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.09e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TATTGGCGATATGCATGGCTTCAGCTATATGCAGTTCATCGTACCGGGGCTGATCATGATGTCGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTT‑CCG‑ACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGC‑GCG‑TGGTCTGTTTGTTGGCATTCTGGTGACGG‑CA‑ATTTCACT‑GTTTTTTGTGCCATTTCAGGT‑GCATTCGTGGGTATTCG‑TTGCCTTAACGCTGGTG‑CTCACGGCG‑GTGT‑TGTTCTCCCTTGCGGGTTTGCTGA‑ACGGTGTGTTTGCCAAAACGTTCGATGACATCAGCCTGGTGCCAACCTTTGTGTTAACGCCACTCACGTATTTGGGCGGGGTCTTTTACTCACTGACTTTGTTGCCGCCGTTCTGGCAAGGGCTGTCGCACCT > NC_000913/143848‑144312 | tATTGGCGATATGCAAGGCTTCAGCTATATGCAGTTCATCGTACCGGGGCTGATCATGATGTCGGTGATCACCAATGCCTACGCCAACGTTGCGTCATCATTTTTTGGTGCCAAGTTCCAGCGTAATATTGAAGAGCTGCTGGTAGCGCCGGTT‑CCG‑ACTCACGTCATTATTGCCGGATATGTCGGCGGTG‑GC‑GTGGC‑GCG‑TGGTCTGTTTGTTGGCATTCTGGTGACGG‑CA‑ATTTCa < 1:39790/238‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |