| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 897,242 | T→G | 10.4% | G53G (GGT→GGG) | potI → | putrescine ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 897,242 | 0 | T | G | 10.4% | 145.5 / 2.0 | 67 | G53G (GGT→GGG) | potI | putrescine ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/28); new base G (7/4); total (35/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAATGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTA‑CGCGCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGC‑GGATC‑AAATGGCTTTGCCTTTATG‑ATCACCGCGCCGCTG‑GTAATG‑CCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGC > NC_000913/897004‑897465 | gCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAATGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTA‑CGCGCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGt < 1:858643/239‑1 (MQ=255) catcatGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAATGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACGGAGGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTA‑CGCGCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGGGCCGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGGGtt > 1:768295/1‑239 (MQ=255) catcatGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAATATGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTTTA‑CGCGCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGGAGATGGTGCCGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAggt > 1:244210/1‑237 (MQ=255) gctgctgctAATTGTGCCGATAATGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGCTTGGGAGAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTA‑CGCGCCAAGGCTGATGCTGGTTTTCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGCAGGTGTGGGCCGGCTGGGCACGGCGCTGGGATGGGGGGTTATGGggcgg > 2:626070/1‑238 (MQ=255) gctgctgctAATTGTGCCGATAATGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTA‑CGCGCCAATGCTGCTGCTGGTTATCTATTGCTTTAACAGCCCGAAGCGGGTGCCGGGGTGGGCCGGCTGGTCACCGCGCCGGCAGGGGGAGTTTTTGcgcgg > 2:865146/1‑238 (MQ=255) tgtttcaaaTTGGTCCGATAATGTGGTTCCAAAAACCCCAGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTA‑CGCGCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGcgcgatg < 1:764223/232‑1 (MQ=255) ctgctAATTGTGCCGATAATGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTA‑CGCGCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGcgcgatga > 1:877248/1‑238 (MQ=255) 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aggggtgGGCCGGCTGGTCAACGCGGTTGTCTGGTGCGTTATTGCGCGATGACGGGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGC‑GGATC‑AAATGGCTTTGCCTTTATG‑ATCACCGCGCCGCTG‑GTAATG‑CCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCtg < 1:187780/235‑1 (MQ=255) gggtgGGGCGGCGGGGCGCCGCGGTGGTTGGGGGAGTTGTTGCGGGGTGACGGGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGGGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGC‑GGATC‑AAATGGCTTTGCCTTTATG‑ATCACCGCGCCGCTG‑GTAATG‑CCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCtgt < 2:128563/236‑1 (MQ=255) gggtGGTAAACGGGGTGGTTTGGGGGGTTAGTGCGGGATGACGGGATGGTGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGC‑GGATC‑AAATGGCTTTGCCTTTATG‑ATCACCGCGCCGCTG‑GTAATG‑CCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTattatt < 2:935548/236‑1 (MQ=255) cTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGGGCGGGTGGGCTTTGGGCGGGTTCGC‑GGGTCAAAATGGCTTGGCTTTTTTG‑TTC‑CCCCGCCGCAG‑GGAAGGCCCAGATGTCTTCCCGGGCTTTTGGC‑GTTGtttttttttt > 2:1035099/1‑237 (MQ=255) cTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGGGTTGGGGGTGGGCGTTGGGTGGGTTTGC‑TGATC‑CAACAGGTTTCGCTTT‑TT‑ATTACCCCCCCCCCGCGTAATG‑GCAGATGTCACCTCggggtgttttctgttggttttttttc > 2:604018/1‑216 (MQ=255) tGGTCACGGGGCTGGTTTGGTGGGTTATTGCGCGATGAGGCGATGAGGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGC‑GGATC‑AAATGGCTTTGCCTTTATG‑ATCACCGCGCCGCTG‑GTAATG‑CCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATtcgt < 2:616793/239‑1 (MQ=255) gggcAACGCGTTGGTATGTGGAGTTAGTGCGCGATGACGCGATTGTGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGC‑GGATC‑AAATGGCTTTGCCTTTATG‑ATCACCGCGCCGCTG‑GTAATG‑CCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATtcgt < 1:955964/235‑1 (MQ=255) aaCGCGCTGGTAGGGGGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGC‑GGATC‑AAATGGCTTTGCCTTTATG‑ATCACCGCGCCGCTG‑GTAATG‑CCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCgcgc < 1:230772/239‑1 (MQ=255) gcTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGC‑GGATC‑AAATGGCTTTGCCTTTATG‑ATCACCGCGCCGCTG‑GTAATG‑CCAg < 1:390864/192‑1 (MQ=255) tGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGC‑GGATC‑AAATGGCTTTGCCTTTATG‑ATCACCGCGCCGCTG‑GTAATG‑CCAGATGTCATCACGGGCt < 1:212876/205‑1 (MQ=255) | GCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAATGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTTCGCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTA‑CGCGCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATTCGTTTAACAGCTCGAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGTCAACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCGGTTGGTTTAAGTCTGACAATTGCGGCCTGTGCGGCGACGGCGGCGGCGATCCTCGGAACTATTGCGGCGGTGGTGCTGGTGCGCTTTGGCAGGTTTCGC‑GGATC‑AAATGGCTTTGCCTTTATG‑ATCACCGCGCCGCTG‑GTAATG‑CCAGATGTCATCACGGGCTTGTCGCTGTTGTTATTATTCGTCGCGC > NC_000913/897004‑897465 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |