| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 3,947,830 | T→G | 18.5% | N46T (AAC→ACC) | hdfR ← | flhDC operon transcriptional repressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 3,947,830 | 0 | T | G | 18.5% | 287.3 / 12.5 | 114 | N46T (AAC→ACC) | hdfR | flhDC operon transcriptional repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (14/73); new base G (20/2); total (39/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.45e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
AAGCCTGTATGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑AAAAGGTTCAC‑ACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCACTG‑CTGACT‑GGGT‑CAGATAGAGCGATTCAGCCGCTCGACCAAAGTGACGCGTTCGGCTAAC‑TT‑CCA‑GG‑AAAG‑TTTTTAACAATTCCGT‑ATCCACAGTGCTCTCCGCAAAATTATTTGTCGTTATGATTTAAATGTTTTGTTTTACACTCTGTCAAGCGTAACTAATACTCCGCGCCATAACTAGCTCGGTCAA > NC_000913/3947605‑3948065 | aaGCCTGTATGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGGT‑G‑GAAAAGGTCAC‑cccccatgg > 2:1217950/1‑234 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |