| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,223,613 | A→G | 21.6% | I5I (ATT→ATC) | iclR ← | transcriptional repressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,223,613 | 0 | A | G | 21.6% | 290.3 / 14.5 | 113 | I5I (ATT→ATC) | iclR | transcriptional repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (9/75); new base G (25/2); total (36/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.17e-15 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
GATTGCCCAATGTCCCAGTTCGCCAACCTGACGCACGAAACCCTGCTGTTGCATCGTGGTTAGCAGGCGGTGGGTCGTGGAATTGGGTAACCCGGCTTGTTGCGCCAGTTCCGTGAGTGCCACACTGCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGC‑GGGTTTTCTGCCGCGTTTCGC‑GGGAATGGGTGCGACCAT‑GAC‑AG‑TCTCTTTTTTCTGTATCGTGG‑AAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTACTGAACTGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTT‑GCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTATGCC‑AGTATGGTTTGTTGAATTTTTATTAAATCTGGGTTGAGCGTGTCGGGAGCAAGTGTGAGCAGCAAAGTGGAACA > NC_000913/4223376‑4223846 | gATTGCCCAATGTCCCAGTTCGCCAACCTGACGCACGAAACCCTGCTGTTGCATCGTGGTTAGCAGGCGGTGGGTCGTGGAATTGGGTAACCCGGCTTGTTGCGCCAGTTCCGTGAGTGCCACACTGCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGC‑GGGTTTTCTGCCGCGTTTCGC‑GGGaa < 1:1167739/239‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |