| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 249,538 | T→G | 18.2% | pseudogene (533/1713 nt) | lfhA ← | pseudogene, flagellar system protein, promoterless fragment, flagellar biosynthesis |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 249,538 | 0 | T | G | 18.2% | 227.0 / 9.0 | 126 | pseudogene (533/1713 nt) | lfhA | pseudogene, flagellar system protein, promoterless fragment, flagellar biosynthesis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (42/52); new base G (16/13); total (61/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
CTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCG‑CCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTCAGC‑GTTT‑CGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCC‑AGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGGCATT‑CCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATCGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATCGGCGCTCAGGT > NC_000913/249300‑249772 | gggTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCG‑CCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGCTGGTTTCGGTGATGGTGCGTGTCAGC‑GTTT‑CGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCC‑AGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTg < 2:882936/238‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |