| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,304,796 | T→C | 16.5% | intergenic (+405/+310) | eco → / ← mqo | ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,304,796 | 0 | T | C | 16.5% | 90.3 / 3.3 | 53 | intergenic (+405/+310) | eco/mqo | ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/30); new base C (6/4); total (18/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.54e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.55e-01 | |||||||||||
CGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACAT‑CTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGG > NC_000913/2304572‑2305031 | cGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑cc < 1:496293/239‑1 (MQ=33)cGAGCCGGGTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACAGCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑cc < 1:728623/239‑1 (MQ=18) gggtGCCTGCTGCGCGGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTCCACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑g < 2:830870/235‑1 (MQ=255) tGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGGGAAGTGCTCCCCCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGgc < 1:996833/238‑1 (MQ=18) gACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGcgcg < 1:885517/238‑1 (MQ=33) 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cGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCCCCCCCCACATCCACCCCCCCAGCCCGTTT‑CCTGGT‑GCGACGCCGGCGCCGCTTATCCGGCCT‑CCCCCCCTGCGGCATGCCCCACCCCCTTGGCTGGGTAAgggcgc > 2:60455/1‑235 (MQ=11) cGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGGTACCCCCCCTCCCACATCCAACGCCCGCCCCTGTTG‑CCTTAT‑GCCGCTCCCGCCCGGCTTATCCAGCCTCCCACCCTTGTGACATGCCCCAcccccaggacagctaaaggcgt > 2:955076/1‑221 (MQ=0) gATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTAt < 2:270839/186‑1 (MQ=14) cGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAcgccg < 1:30652/237‑1 (MQ=255) gtcaCGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCAt < 1:819227/235‑1 (MQ=17) ttACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑aca > 1:270839/1‑186 (MQ=25) cATCTAACGCCCAGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCtgtg < 1:892598/179‑1 (MQ=255) cATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCtgtg > 2:892598/1‑179 (MQ=255) 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cGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACAT‑CTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATg < 1:892760/239‑1 (MQ=40) gTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGCCGCTGGCGCGTCTTATCCGGCCT‑ACAACGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGGTACGCCGCATCCGACAT‑ACAACACCCAAGcccggcgccatcggc > 2:124727/1‑225 (MQ=11) ccTGAGGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACAT‑CTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACg < 1:401007/238‑1 (MQ=255) 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cacCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACCCCCCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGCCGGCTAAGGCGGTTACCCCCCCTACCACCA‑CTAACCCCCCAGCCCGGTCCCTTATTGCACGCCGGCGCGGCtttaccgtcccacccccccctgaac > 2:817035/1‑216 (MQ=11) cTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGCAGTGCTCCCCCCCGTAGGTCGGTTCAGGCGGTTTCCCCTCCACCAACCT‑CCAACGCCCCCGCCCGGTGCCGGATGCGACCCCGGCGCGCCCTATCCGGCCtcaacccctctgcaatcct > 2:243113/1‑220 (MQ=11) cTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCCTCCGACAT‑CCAACGCCCCAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCCCGTCTTATCAGGCCTCCACCGCTGGGGAGTGCt > 1:434366/1‑238 (MQ=255) 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cACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTAt > 2:1239977/1‑87 (MQ=255) tGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCCTCCCAAAT‑CTAACCCCCAAGCCGGGTGCCTTGTGCGGCGCCGGGGCCGCCTTTCCGGCCCCCACCCCTGTGCAGTGCTCCACCCCCCTGGTTGGGTacaggggg > 2:851356/1‑232 (MQ=11) ggATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACAT‑CTAACGCCCAAGCCGGGTGCCTGATGCGACGCCGGCGCGTCTTTTCAGGCCCACCCCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTTGGGTGGATTAGGCgggt > 1:952895/1‑237 (MQ=11) tACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACAT‑CTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATcc < 1:955076/238‑1 (MQ=31) caCGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGgc < 2:79720/52‑1 (MQ=18) 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| CGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTG‑CCTGAT‑GCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT‑ACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACAT‑CTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGG > NC_000913/2304572‑2305031 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |