| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,608,224 | T→G | 16.5% | V437G (GTA→GGA) | hyfF → | hydrogenase 4, membrane subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,608,224 | 0 | T | G | 16.5% | 156.3 / 2.4 | 87 | V437G (GTA→GGA) | hyfF | hydrogenase 4, membrane subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/40); new base G (14/2); total (44/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.56e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACTGCTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCT‑CAAAATCATGCCATTTA‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCC‑G‑CAGGCCGTTA‑ACCGGGGTGATCTCGGCTGG‑T‑TGACCACCTCGCCAATGGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCACAACCTGTCATCAGGATCCTGGCGGGCGCTTCCACTATAGTCCTCTCAGGGACGCACGATCTGCCTGCACAACGTAGCACCTGGCATGATTTTTTGCCTTCAGGCAC > NC_000913/2607997‑2608461 | aCTGCTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCT‑CAAAATCATGCCATTTA‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGGACGggtgggtg > 2:401377/1‑239 (MQ=255) tGCCCAAGTACGGCACGGCGGACATCAACTTCTTCTGTGGGATGCC‑CAAATTCAGGCAATTTA‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTgcg < 2:199646/239‑1 (MQ=255) gCTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCT‑CAAAATCATGCCATTTA‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTgcgc > 1:731345/1‑239 (MQ=255) cTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCT‑CAAAATCATGCCATTTA‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGGCTGGTGCCGGTGGCTGcgcg > 2:169313/1‑239 (MQ=255) cTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCT‑CAAAATCATGCCATTTA‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGcgcg < 1:727574/239‑1 (MQ=255) tCAAGTACGGCACGCGCGATCTCACCGTCTGCTGTGGGGTGCC‑CAAAATCATGCCATTTA‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCgg < 1:1075543/239‑1 (MQ=255) cAAGTCGGGCCCGCGCGATCCCACCGTCGTCTGGGGGTTGCT‑CAAAATCATGCCATTTC‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCggg < 2:1135686/239‑1 (MQ=255) gTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCT‑CAAAATCATGCCATTTA‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGcgcg < 1:680689/234‑1 (MQ=255) gCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCT‑CAAAATCATGCCATTTA‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGTCTGGTACGGATGGCTGGGCggggggttatt > 2:49531/1‑231 (MQ=255) gCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCT‑CAAAATCATGCCATTTA‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGGACGGGTGGCTGCGCGGGGGTTAATg > 1:131830/1‑239 (MQ=255) gCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCT‑CAAAATCATGCCATTTA‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGGACGGATGGCTGCGCGGGGGTTAATg > 1:791789/1‑239 (MQ=255) cACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCT‑CAAAATCATGCCATTTA‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGGACGGATGGGTGTGCGGGGGTTAATg > 1:556004/1‑238 (MQ=255) cgcgATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCT‑CAAAATCATGCCATTTA‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGGGGGGTGCGCGGGGGGTTATgggttg > 2:680689/1‑235 (MQ=255) accagcgggtgtgGGATGGTCCAAACTCATG‑CATTTC‑CCCCCGTTGCTTTTTGGCGGCGGTGCGTGGGGGGTGGCAGGAAGGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTGCCGATTTTATGCCCATTCCCGCGGGAGGGGCACGTAACCCCCTGCTGATTGTCGCCCTGCTGTTATTGCTTTTAACGCGGGTGCGGGGGGGCCGGGTAGGGATGGTTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACcgcc‑g‑c < 2:972813/230‑1 (MQ=255) gtcTGTGGGATGCT‑CAAAATCATGCCATTTA‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGGAAGGATGGCTGCGCGGGGGTTAATGGCGGAACCCCC‑G‑CAGGGCGt > 1:569793/1‑239 (MQ=255) gtcTGTGGGATGCT‑CAAAATCATGCCATTTA‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCCGGGACGGATGGGTGCGCGGGGGTTTATGGGGAAACCGCC‑C‑CAGGGCgg > 1:225201/1‑238 (MQ=255) tcTGTGGGATGCT‑CAAAATCATGCCATTTA‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGGACGGGTGGCTGCGCGGGGGTTAATGGCGGAACCGCC‑G‑CAGGCCGtt > 1:1099160/1‑239 (MQ=255) tcTGTGGGATGCT‑CAAAATCATGCCATTTA‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATACCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGGGTTAATGGCGAAACCGCC‑G‑CCGGCCGtt > 1:225630/1‑239 (MQ=255) gtgGGATGCT‑CAAAATCATGCCATTTA‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGGTGGCTGCGCGGGGGTTAATGGCGAAACCGCC‑G‑CAGGGCGTTa‑a > 1:495754/1‑238 (MQ=255) gggggagcccaaaaaccagccattttC‑CCCCCT‑TGTTGTTTGGGGGGGGGGCGCGGGCGCGGGCGGGGTTCCCGCCCTTA‑AACTTT‑TTTCTTAGCGAATTTTTGCCCATTCCCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCC‑G‑CAGGCCGTTa‑a < 2:791789/215‑1 (MQ=255) aTGCT‑AAAAATCATGCCTTTCC‑CCGCCG‑TTCTGTTGGGGGGGGGGGGGTTGGCGCTGGCAGGGTTGCCGCCCTTC‑AACTTT‑TTTCTTAGCGATTTTATGACCATTCCCGCCGGACGGGCACGTAATCACCGGCGGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCGGGTGCGGGCGGGCCGGGTACGGATGGCGGCGCGGGTGTTAATGGCAAAACCGCC‑G‑CAGGCCGTTA‑ACCggg < 2:131830/238‑1 (MQ=255) gCT‑CAAAATCATGCCATTTA‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGAACGGCTGGCTGCGCGGGGGTTAATGGCGAAAACGCC‑G‑CAGGGCGTTA‑ACCGGGGTg > 1:1295314/1‑239 (MQ=255) 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tttA‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGGACGGGTGGGCGCGCCGGGGTTTATGGCGGAACCGCC‑C‑CCGGCCGTTACACCGGGG‑GCGCGCGGCTGG‑T‑Tgt > 2:668827/1‑237 (MQ=255) tttA‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCCGGTACGGGTGGGCGCGCGGGTGTTTATTGCGGAAACCCC‑C‑CCGGCCGTTA‑ACCCGGGGGGTCTCgggcgggttg > 2:59888/1‑230 (MQ=255) ccg‑TGCTGTTTGGCGTCGGTGCGCTTGCGCGAACGGGGATTGCGCCCTTT‑AACCTT‑TTGGTTATCGAAGTTGTGACGAATACCGCCGGGCTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGGTGTTTTTTCTGTTTACGCCGGTGCTGGCGGGCGTTGTAGTGGTGGCTGCGCGGGGGGTCATGGCGTAAACCCC‑G‑CCAGCCGCGA‑ACCCGGGTGATGTCTGCGGG‑TGTGACCACCTc > 2:508317/1‑239 (MQ=255) 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tGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGGTGGGTGCGCGGGGGTTAATGGCGGAAACGCCGG‑CGGGCGGTTA‑ACCGGGG‑GATCTCCGGCGG‑G‑TGaccccccccgcaaaggggg > 2:573531/1‑226 (MQ=255) cggcggTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGTTCTGGGACGGCTGGCTGCGCGGGTGTTCATGGGGTAAACGCC‑GCCGGGCGGTTC‑ACTGGGG‑GGTCTGGGCTCG‑G‑TGTCCACGCCGCCacaagggagtt > 2:1033644/1‑229 (MQ=255) ggccgctgacgctggCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTATTGTATTTATGACCATTACTGCCGGACTTGCACGTAATCTACTGCTGCTTTTCGTCCTGCTGTTATTGCTGGTCACGCTGGGGCTGGCGGGTCTGGTACGGGTGGGTACGCGGGGGATAATAGCGCAAAAGCC‑G‑CCGGCCGGTA‑AACAGGGGGATCGTGGCTGG‑T‑GGGCCGACCCGCCCGTGGTGGTTttgcgg > 2:508444/4‑237 (MQ=255) 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ACTGCTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCT‑CAAAATCATGCCATTTA‑CCGCCG‑TGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCGCTGGCAGGGATGCCGCCCTTC‑AACATT‑TTTCTTAGCGAATTTATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTACGGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGCGAAACCGCC‑G‑CAGGCCGTTA‑ACCGGGGTGATCTCGGCTGG‑T‑TGACCACCTCGCCAATGGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCACAACCTGTCATCAGGATCCTGGCGGGCGCTTCCACTATAGTCCTCTCAGGGACGCACGATCTGCCTGCACAACGTAGCACCTGGCATGATTTTTTGCCTTCAGGCAC > NC_000913/2607997‑2608461 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |