| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 4,557,269 | C→T | 3.5% | C92C (TGC→TGT) | iraD → | RpoS stabilzer after DNA damage, anti‑RssB factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,557,269 | 0 | C | T | 3.5% | 401.2 / 2.8 | 115 | C92C (TGC→TGT) | iraD | RpoS stabilzer after DNA damage, anti‑RssB factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (53/58); new base T (2/2); total (55/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.52e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
CGCAAAATGATGCGACAATCACTTCAGGCTGTTTTACCTGAAATTTCAGGCAATAAAACGTCATCGCTGC‑GTAAATCGGTATGCAGCGATCTCCTCACTCTTTTTAATTCTCCTCATTCGGCATTACCGTCATTACTTGTTTCAGGCATGCCCGAGTGGCAAGTGCATAACCCGAGCGACAAACATCTCCAGAGCTGGTATTGCCGTCAGCTGCGTTCTGCACTGTTATTTCATGAGCCACGGATTGCGGCGTTGCAGGTTAATTTGAAAGAAGCGTACTGCCACACTCTGGCGATCAGCCTTGAGATAATGCTGTACCACGACGATGAACCGCTAACGTTTGATCTGGTCTGGGATAATGGCGG‑TTGGCGCAGTGCGACGCTGGAGAATGTCAGCTAAGCACAATCTCCAGCTCGCGCAGTTCACGCCAGAAGCGTTCGGCAACGGGATTCATGCGGGTATTCATCCGGTATGCATAGGCCTGAATCGGGATCACCAGTTCGTCCCGATTCAGTACAACGAGCTTCCCGCTGCGAATTTCTTGTTGGATGGCGTACTCCGGCAGCCA > NC_000913/4556988‑4557555 | cgcAAAATGCTGCGACGATCACTTCAGGCTGTTTTACCTGCATTTTCAGGCAATAAAACGTCATCGCTGC‑GTAAATCGGTACGCAGAGAACTCCTCACTCTTCTTAATTCTCCTCATTCGGCCTTACCGGCATTACTTGTTTCAGGCATTTCCGAGTGCCAAGTGCATACCCGTATCGACTAACATCTCCAGACCTGGCATTACCGCCCTCTGCCTTCTGCACTGTCATCTCATCAGCCACTGACTGCGGCTTTTCAGGTTAATTTGAAGGCAGCTTACTGCCACAct > 1:255419/1‑288 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |