| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,562,255:1 | +G | 4.3% | coding (227/1551 nt) | ddpA ← | D,D‑dipeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,562,253 | 1 | . | G | 4.3% | 397.3 / 10.6 | 93 | coding (229/1551 nt) | ddpA | D,D‑dipeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (43/46); new base G (2/2); total (45/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
GATAATGGATGCACCGTCATTCGCCAGCGTGTAGAGGAACGGTGCGAATGGTTGGCTAAGGGTAAACTTCACCGTATGTTCGTCGGGAGCATCAATCTTTAAATCTTTGGGAAATGCTTCTGCTGGCCCCTGGCCGATTTTTAGTAGCCGCTCAAAAGAAAGTTTTACTGCTTCGGCAGTGACAGGTGTGCCATCGGCAAATTTAGCATTATCTTTCAGGGTGAACGTCCACTCTTTTTGATCGTCAGACGCTTTCCAGCTACTTGCCAGATCGCCTTCAACGTC‑GGTTGAGCCTTTATCACCGTCCGTTTTGTACTGAACCAGCCGCTGATAAGACGGGTAGGTCACTGTCCAGTCGTTATTATCTATTGTTACCGCCGGGTCGAGGGTTTGTGGATCGGCGGCCTTACCAATCACCAGCATATCTTTTGGTACGGCGGCGTGCGCAACCGGGAAATTTGTGGCAAGGACGAGCGCGAGCAATGTGGGACGAAACGATATCGATCTCTTCATGACAGTTTCCTGATTAACTGACGTGCTGTGTGCCAGGGGATATAAAACAAGAGAAT > NC_000913/1561969‑1562537 | gATAATGGATGCACCGTCATTCGCCAGCGTGTAGAGGAACGGTGCGAATGGTTGGCTAAGGGTAAACTTCACCGTATGTTCGTCGGGAGCATCAATCTTTAAATCTTTGGGAAATGCTTCTGCTGGCCCCTGGCCGATTTTTAGTAGCCGCTCAAAAGAAAGTTTTACTGCTTCGGCAGTGACAGGTGTGCCATCGGCAAATTTAGCATTATCTTTCAGGGTGAACGTCCACTCTTTTTGATCGTCAGACGCTTTCCAGCTACTTGCCAGATCGCCTTCAACGTC‑GGtt < 1:25790/289‑1 (MQ=255) aTAATGGATGCACCGTCATTCGCCAGCGTGTAGAGGAACGGTGCGAATGGTTGGCTAAGGGTAAACTTCACCGTATGTTCGTCGGGAGCATCAATCTTTAAATCTTTGGGAAATGCTTCTGCTGGCCCCTGGCCGATTTTTAGTAGCCGCTCAAAAGAAAGTTTTACTGCTTCGGCAGTGACAGGTGTGCCATCGGCAAATTTAGCATTATCTTTCAGGGTGAACGTCCACTCTTTTTGATCGTCAGACGCTTTCCAGCTACTTGCCAGATCGCCTTCAACGTC‑GGtt < 1:218773/288‑1 (MQ=255) tAATGGATGCACCGTCATTCGCCAGCGTGTAGAGGAACGGTGCGAATGGTTGGCTAAGGGTAAACTTCACCGTATGTTCGTCGGGAGCATCAATCTTTAAATCTTTGGGAAATGCTTCTGCTGGCCCCTGGCCGATTTTTAGTAGCCGCTCAAAAGAAAGTTTTACTGCTTCGGCAGTGACAGGTGTGCCATCGGCAAATTTAGCATTATCTTTCAGGGTGAACGTCCACTCTTTTTGATCGTCAGACGCTTTCCAGCTACTTGCCAGATCGCCTTCAACGTC‑GGTTGa < 2:167110/289‑1 (MQ=255) tCATTCGCCAGCGTGTAGAGGAACGGTGCGAATGGTTGGCTAAGGGTAAACTTCACCGTATGTTCGTCGGGAGCATCAATCTTTAAATCTTTGGGAAATGCTTCTGCTGGCCCCTGGCCGATTTTTAGTAGCCGCTCAAAAGAAAGTTTTACTGCTTCGGCAGTGACAGGTGTGCCATCGGCAAATTTAGCATTATCTTTCAGGGTGAACGTCCACTCTTTTTGATCGTCAGACGCTTTCCAGCTACTTGCCAGATCGCCTTCAACGTC‑GGTTGAGCCTTTATCAccg > 2:665192/1‑288 (MQ=255) cATTCGCCAGCGTGTAGAGGAACGGTGCGAATGGTTGGCTAAGGGTAAACTTCACCGTATGTTCGTCGGGAGCATCAATCTTTAAATCTTTGGGAAATGCTTCTGCTGGCCCCTGGCCGATTTTTAGTAGCCGCTCAAAAGAAAGTTTTACTGCTTCGGCAGTGACAGGTGTGCCATCGGCAAATTTAGCATTATCTTTCAGGGTGAACGTCCACTCTTTTTGATCGTCAGACGCTTTCCAGCTACTTGCCAGATCGCCTTCAACGTC‑GGTTGAGCCTTTATCAccgt < 2:9278/288‑1 (MQ=255) cATTCGCCAGCGTGTAGAGGAACGGTGCGAATGGTTGGCTAAGGGTAAACTTCACCGTATGTTCGTCGGGAGCATCAATCTTTAAATCTTTGGGAAATGCTTCTGCTGGCCCCTGGCCGATTTTTAGTAGCCGCTCAAAAGAAAGTTTTACTGCTTCGGCAGTGACAGGTGTGCCATCGGCAAATTTAGCATTATCTTTCAGGGTGAACGTCCACTCTTTTTGATCGTCAGACGCTTTCCAGCTACTTGCCAGATCGCCTTCAACGTC‑GGTTGAGCCTTTATCAccgt < 2:266696/288‑1 (MQ=255) cGCCAGCGTGTAGAGGAACGGTGCGAATGGTTGGCTAAGGGTAAACTTCACCGTATGTTCGTCGGGAGCATCAATCTTTAAATCTTTGGGAAATGCTTCTGCTGGCCCCTGGCCGATTTTTAGTAGCCGCTCAAAAGAAAGTTTTACTGCTTCGGCAGTGACAGGTGTGCCATCGGCAAATTTAGCATTATCTTTCAGGGTGAACGTCCACTCTTTTTGATCGTCAGACGCTTTCCAGCTACTTGCCAGATCGCCTTCAACGTC‑GGTTGAGCCTTTATCACCGTCCGtt < 2:127085/289‑1 (MQ=255) cGCCAGCGTGTAGAGGAACGGTGCGAATGGTTGGCTAAGGGTAAACTTCACCGTATGTTCGTCGGGAGCATCAATCTTTAAATCTTTGGGAAATGCTTCTGCTGGCCCCTGGCCGATTTTTAGTAGCCGCTCAAAAGAAAGTTTTACTGCTTCGGCAGTGACAGGTGTGCCATCGGCAAATTTAGCATTATCTTTCAGGGTGAACGTCCACTCTTTTTGATCGTCAGACGCTTTCCAGCTACTTGCCAGATCGCCTTCAACGTC‑GGTTGAGCCTTTATCACCGTCCGtt < 1:787385/289‑1 (MQ=255) cGCCAGCGTGTAGAGGAACGGTGCGAATGGTTGGCTAAGGGTAAACTTCACCGTATGTTCGTCGGGAGCATCAATCTTTAAATCTTTGGGAAATGCTTCTGCTGGCCCCTGGCCGATTTTTAGTAGCCGCTCAAAAGAAAGTTTTACTGCTTCGGCAGTGACAGGTGTGCCATCGGCAAATTTAGCATTATCTTTCAGGGTGAACGTCCACTCTTTTTGATCGTCAGACGCTTTCCAGCTACTTGCCAGATCGCCTTCAACGTC‑GGTTGAGCCTTTATCACCGTCCGtt < 1:665192/289‑1 (MQ=255) aCGGTGCGAATGGTTGGCTAAGGGTAAACTTCACCGTATGTTCGTCGGGAGCATCAATCTTTAAATCTTTGGGAAATGCTTCTGCTGGCCCCTGGCCGATTTTTAGTAGCCGCTCAAAAGAAAGTTTTACTGCTTCGGCAGTGACAGGTGTGCCATCGGCAAATTTAGCATTATCTTTCAGGGTGAACGTCCACTCTTTTTGATCGTCAGACGCTTTCCAGCTACTTGCCAGATCGCCTTCAACGTC‑GGTTGAGCCTTTATCACCGTCCGTTTTGTACTGAACCAGcc > 2:826141/1‑288 (MQ=255) 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cGAATGGTTGGCTAAGGGTAAACTTCACCGTATGTTCGTCGGGAGCATCAATCTTTAAATCTTTGGGAAATGCTTCTGCTGGCCCCTGGCCGATTTTTAGTAGCCGCTCAAAAGAAAGTTTTACTGCTTCGGCAGTGACAGGTGTGCCATCGGCAAATTTAGCATTATCTTTCAGGGTGAACGTCCACTCTTTTTGATCGTCAGACGCTTTCCAGCTACTTGCCAGATCGCCTTCAACGTC‑GGTTGAGCCTTTATCACCGTCCGtt > 2:206842/1‑266 (MQ=255) aTGGTTGGCTAAGGGTAAACTTCACCGTATGTTCGTCGGGAGCATCAATCTTTAAATCTTTGGGAAATGCTTCTGCTGGCCCCTGGCCGATTTTTAGTAGCCGCTCAAAAGAAAGTTTTACTGCTTCGGCAGTGACAGGTGTGCCATCGGCAAATTTAGCATTATCTTTCAGGGTGAACGTCCACTCTTTTTGATCGTCAGACGCTTTCCAGCTACTTGCCAGATCGCCTTCAACGTC‑GGTTGAGCCTTTATCACCGTCCGTTTTGTACTGAACCAGCCGCTGATAAg < 2:835562/288‑1 (MQ=255) tGGCTAAGGGTAAACTTCACCGTATGTTCGTCGGGAGCATCAATCTTTAAATCTTTGGGAAATGCTTCTGCTGGCCCCTGGCCGATTTTTAGTAGCCGCTCAAAAGAAAGTTTTACTGCTTCGGCAGTGACAGGTGTGCCATCGGCAAATTTAGCATTATCTTTCAGGGTGAACGTCCACTCTTTTTGATCGTCAGACGCTTTCCAGCTACTTGCCAGATCGCCTTCAACGTC‑GGTTGAGCCTTTATCACCGTCCGTTTTGTACTGAACCAGCCGCTGATAAGACGGGt > 1:610578/1‑289 (MQ=255) 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aCCGTATGTTCGTCGGGAGCATCAATCTTTAAATCTTTGGGAAATGCTTCTGCTGGCCCCTGGCCGATTTTTAGTAGCCGCTCAAAAGAAAGTTTTACTGCTTCGGCAGTGACAGGTGTGCCATCGGCAAATTTAGCATTATCTTTCAGGGTGAACGTCCACTCTTTTTGATCGTCAGACGCTTTCCAGCTACTTGCCAGATCGCCTTCAACGTC‑GGTTGAGCCTTTATCACCGTCCGTTTTGTACTGAACCAGCCGCTGATAAGACGGGTAGGTCACTGTCCAGTCGt > 2:121181/1‑289 (MQ=255) ccGTATGTTCGTCGGGAGCATCAATCTTTAAATCTTTGGGAAATGCTTCTGCTGGCCCCTGGCCGATTTTTAGTAGCCGCTCAAAAGAAAGTTTTACTGCTTCGGCAGTGACAGGTGTGCCATCTGCAAATTTAGCATTATCTTTCAGGGTGAACGTCCACTCTTTTTGATCGTCAGACGCTTTCCAGCTACTTGCCAGATCGCCTTCAACGTC‑GGTTGAGCCTTTATCACCGTCCGTTTTGTACTGAACCAGCCGCTGATAAGACGGGTAGGTCACTGTCCAGTCGtt < 2:297818/289‑1 (MQ=255) ccGTATGTTCGTCGGGAGCATCAATCTTTAAATCTTTGGGAAATGCTTCTGCTGGCCCCTGGCCGATTTTTAGTAGCCGCTCAAAAGAAAGTTTTACTGCTTCGGCAGTGACAGGTGTGCCATCGGCAAATTTAGCATTATCTTTCAGGGTGAACGTCCACTCTTTTTGATCGTCAGACGCTTTCCAGCTACTTGCCAGATCGCCTTCAACGTC‑GGTTGAGCCTTTATCACCGTCCGTTTTGTACTGAACCAGCCGCTGATAAGACGGGTAGGTCACTGTCCAGTCGtt < 1:143422/289‑1 (MQ=255) tGTTCGTCGGGAGCATCAATCTTTAAATCTTTGGGAAATGCTTCTGCTGGCCCCTGGCCGATTTTTAGTAGCCGCTCAAAAGAAAGTTTTACTGCTTCGGCAGTGACAGGTGTGCCATCGGCAAATTTAGCATTATCTTTCAGGGTGAACGTCCACTCTTTTTGATCGTCAGACGCTTTCCAGCTACTTGCCAGATCGCCTTCAACGTC‑GGTTGAGCCTTTATCACCGTCCGTTTTGTACTGAACCAGCCGCTGATAAGACGGGTAGGTCACTGTc < 2:461766/276‑1 (MQ=255) tGTTCGTCGGGAGCATCAATCTTTAAATCTTTGGGAAATGCTTCTGCTGGCCCCTGGCCGATTTTTAGTAGCCGCTCAAAAGAAAGTTTTACTGCTTCGGCAGTGACAGGTGTGCCATCGGCAAATTTAGCATTATCTTTCAGGGTGAACGTCCACTCTTTTTGATCGTCAGACGCTTTCCAGCTACTTGCCAGATCGCCTTCAACGTC‑GGTTGAGCCTTTATCACCGTCCGTTTTGTACTGAACCAGCCGCTGATAAGACGGGTAGGTCACTGTc < 2:401951/276‑1 (MQ=255) tGTTCGTCGGGAGCATCAATCTTTAAATCTTTGGGAAATGCTTCTGCTGGCCCCTGGCCGATTTTTAGTAGCCGCTCAAAAGAAAGTTTTACTGCTTCGGCAGTGACAGGTGTGCCATCGGCAAATTTAGCATTATCTTTCAGGGTGAACGTCCACTCTTTTTGATCGTCAGACGCTTTCCAGCTACTTGCCAGATCGCCTTCAACGTC‑GGTTGAGCCTTTATCACCGTCCGTTTTGTACTGAACCAGCCGCTGATAAGACGGGTAGGTCACTGTc > 1:461766/1‑276 (MQ=255) tGTTCGTCGGGAGCATCAATCTTTAAATCTTTGGGAAATGCTTCTGCTGGCCCCTGGCCGATTTTTAGTAGCCGCTCAAAAGAAAGTTTTACTGCTTCGGCAGTGACAGGTGTGCCATCGGCAAATTTAGCATTATCTTTCAGGGTGAACGTCCACTCTTTTTGATCGTCAGACGCTTTCCAGCTACTTGCCAGATCGCCTTCAACGTC‑GGTTGAGCCTTTATCACCGTCCGTTTTGTACTGAACCAGCCGCTGATAAGACGGGTAGGTCACTGTc > 1:401951/1‑276 (MQ=255) tGTTCGTCGGGAGCATCAATCTTTAAATCTTTGGGAAATGCTTCTGCTGGCCCCTGGCCGATTTTTAGTAGCCGCTCAAAAGAAAGTTTTACTGCTTCGGCAGTGACAGGTGTGCCATCGGCAAATTTAGCATTATCTTTCAGGGTGAACGTCCACTCTTTTTGATCGTCAGACGCTTTCCAGCTACTTGCCAGATCGCCTTCAACGTC‑GGTTGAGCCTTTATCACCGTCCGTTTTGTACTGAACCAGCCGCTGATAAGACGGGTAGGTCACTGTCCAGTCGttatta > 2:177186/1‑288 (MQ=255) ttCGTCGGGAGAATCAAGTTTTACGTCTTTGGGAAATTCTTGTGCTGTCCCCTTGCCGAGTTTTAGTGGCCGCTCAAAAGAAAGTTTGACTGCTGCGGCAGTGACAGGTGTGCCAGCGGCAAATTTAGCATTATCTTTCAGGGTGAACGTCCACTCTTTTTGATCGTCGGGCGCTTTCCAGCTACTTGCCAGATCGCCTTCAACGTC‑GGTTGGGACTTTATCACCGTCCGTTTTGTACTGAACCAGCCGCTGATAAGACGGGTAGGTCACTGTCCAGTCGTTATTATc < 1:524841/288‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |