| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,614,504 | 0 | T | C | 5.7% | 346.0 / 7.4 | 107 | intergenic (+243/+177) | yjjV/yjjW | putative DNase/putative pyruvate formate lyase activating enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (56/42); new base C (3/3); total (60/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.21e-01 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
GCTTAATAACACGTATACGTTGTTTAACGTGCCGTAGGCCGGATAAGGCGT‑TCACGCCGCATCCGGCAGTTGGCGCACAATGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCATGCCTACAGGTTTGTGCC‑GAACCGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAGTTG‑GCGCA‑CAATGCCTGATGCGACGCTTGTCGCGTCTTATCATGCCTACAAGTCTGT‑GCC‑GAACCGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAGTCGGCGCA‑TAATGCCTGATGCGACGCTTGTCGCGTCTTATCATGCCTACAGGTTTGTGCC‑GAACCGTAGGCCGGATAAG‑‑GCGTTCGCGCCGCATCCGGCAGTTGG‑CGCACAATGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCTACAAGTCTGTGCCGAACCGTAGGCCGTATCCGGCATGTCACAAATAGAGCGCCGGAAATATCAACCGGCTCACCCCGCGCACCTTTAACGCATCAGCCAACGGCTCAACGTCTTCCGGCGTGGCGCTCGCCCAGCTTTGCGCC > NC_000913/4614225‑4614786 | gCTTAATAACACGTATACGTTGTTTAACGTGCCGTAGGCCGGATAAGGCGT‑TCACGCCGCATCCGGCAGTTGGCGCACAATGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCATGCCTACAGGTTTGTGCC‑GAACCGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAGTTG‑GCGCA‑CAATGCCTGATGCGACGCTTGTCGCGTCTTATCATGCCTACAAGTCTGT‑GCC‑GAACCGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAGTCGGCGCA‑TAATGCCTGa > 2:565424/1‑289 (MQ=255) 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cACGCCGCATCCGGCAGTCGGCGCA‑TAATGCCTGATGCGACGCTTGTCGCGCCTTATCATGCCTACAGGTTTGTGCC‑GAACCGTAGGCCGGATAAG‑‑GCGTTCGCGCCGCATCCGGCAGTTGG‑CGCACAATGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCTACAAGTCTGTGCCGAACCGTAGGCCGTATCCGGCATGTCACAAATAGAGCGCCGGAAATATCAACCGGCTCACCCCCCCCACCTTTAAAGCATCAGCCAACCGCTCCACGTCTTCCGGCGGGgc > 2:591182/1‑289 (MQ=255) cgccgcATCCGGCAGTCGGCGCA‑TAATGCCTGATGCGACGCTTGTCGCGTCTTATCATGCCTACAGGTTTGTGCC‑GAACCGTAGGCCGGATAAG‑‑GCGTTCGCGCCGCATCCGGCAGTTGG‑CGCACAATGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCTACAAGTCTGTGCCGAACCGTAGGCCGTATCCGGCATGTCACAAATAGAGCGCCGGAAATATCAACCGGCTCACCCCGCGCACCTTTAACGCATCAGCCAACGGCTCAACGTCTTCCGGCGTGgcgc < 2:363727/289‑1 (MQ=255) cgcATCCGGCAGTCGGCGCA‑TAATGCCTGATGCGACGCTTGTCGCGTCTTATCATGCCTACAGGTTTGTGCC‑GAACCGTAGGCCGGATAAG‑‑GCGTTCGCGCCGCATCCGGCAGTTGG‑CGCACAATGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCTACAAGTCTGTGCCGAACCGTAGGCCGTATCCGGCATGTCACAAATAGAGCGCCGGAAATATCAACCGGCTCACCCcgc > 2:104732/1‑238 (MQ=255) cgcATCCGGCAGTCGGCGCA‑TAATGCCTGATGCGACGCTTGTCGCGTCTTATCATGCCTACAGGTTTGTGCC‑GAACCGTAGGCCGGATAAG‑‑GCGTTCGCGCCGCATCCGGCAGTTGG‑CGCACAATGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCTACAAGTCTGTGCCGAACCGTAGGCCGTATCCGGCATGTCACAAATAGAGCGCCGGAAATATCAACCGGCTCACCCcgc < 1:104732/238‑1 (MQ=255) tCGGCGCA‑TAATGCCTGATGCGACGCTTGTCGCGTCTTATCATGCCTACAGGTTTGTGCC‑GAACCGTAGGCCGGATAAG‑‑GCGTTCGCGCCGCATCCGGCAGTTGG‑CGCACAATGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCTACAAGTCTGTGCCGAACCGTAGGCCGTATCCGGCATGTCACAAATAGAGCGCCGGAAATATCAACCGGCTCACCCCGCGCACCTTTAACGCATCAGCCAACGGCTCAACGTCTTCCGGCGTGGCGCTCGCCCAGCTTTgc > 2:107551/1‑288 (MQ=255) cGGCGCA‑TAATGCCTGATGCGACGCTTGTCGCGTCTTATCATGCCTACAGGTTTGTGCC‑GAACCGTAGGCCGGATAAG‑‑GCGTTCGCGCCGCATCCGGCAGTTGG‑CGCACAATGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCTACAAGTCTGTGCCGAACCGTAGGCCGTATCCGGCATGTCACAAATAGAGCGCCGGAAATATCAACCGGCTCACCCCGCGCACCTTTAACGCATCAGCCAACGGCTCAACGTCTTCCGGCGTGGCGCTCGCCCAGCTTTgcg < 1:113170/288‑1 (MQ=255) ggCGCA‑TAATGCCTGATGCGACGCTTGTCGCGTCTTATCATGCCTACAGGTTTGTGCC‑GAACCGTAGGCCGGATAAG‑‑GCGTTCGCGCCGCATCCGGCAGTTGG‑CGCACAATGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCTACAAGTCTGTGCCGAACCGTAGGCCGTATCCGGCATGTCACAAATAGAGCGCCGGAAATATCAACCGGCTCACCCCGCGCACCTTTAACGCATCAGCCAACGGCTCAACGTCTTCCGGCGTGGCGCTCGCCCAGCTTTgcgc > 2:160049/1‑288 (MQ=255) gcgcA‑TAATGCCTGATGCGACGCTTGTCGCGTCTTATCATGCCTACAGGTTTGTGCC‑GAACCGTAGGCCGGATAAG‑‑GCGTTCGCGCCGCATCCGGCAGTTGG‑CGCACAATGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCTACAAGTCTGTGCCGAACCGTAGGCCGTATCCGGCATGTCACAAATAGAGCGCCGGAAATATCAACCGGCTCACCCCGCGCACCTTTAACGCATCAGCCAACGGCTCAACGTCTTCCGGCGTGGCGCTCGCCCAGCTTTGCGcc < 2:496988/288‑1 (MQ=255) gcgcA‑TAATGCCTGATGCGACGCTTGTCGCGTCTTATCATGCCTACAGGTTTGTGCC‑GAACCGTAGGCCGGATAAG‑‑GCGTTCGCGCCGCATCCGGCAGTTGG‑CGCACAATGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCTACAAGTCTGTGCCGAACCGTAGGCCGTATCCGGCATGTCACAAATAGAGCGCCGGAAATATCAACCGGCTCACCCCGCGCACCTTTAACGCATCAGCCAACGGCTCAACGTCTTCCGGCGTGGCGCTCGCCCAGCTTTGCGcc < 1:80543/288‑1 (MQ=255) | GCTTAATAACACGTATACGTTGTTTAACGTGCCGTAGGCCGGATAAGGCGT‑TCACGCCGCATCCGGCAGTTGGCGCACAATGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCATGCCTACAGGTTTGTGCC‑GAACCGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAGTTG‑GCGCA‑CAATGCCTGATGCGACGCTTGTCGCGTCTTATCATGCCTACAAGTCTGT‑GCC‑GAACCGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAGTCGGCGCA‑TAATGCCTGATGCGACGCTTGTCGCGTCTTATCATGCCTACAGGTTTGTGCC‑GAACCGTAGGCCGGATAAG‑‑GCGTTCGCGCCGCATCCGGCAGTTGG‑CGCACAATGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCTACAAGTCTGTGCCGAACCGTAGGCCGTATCCGGCATGTCACAAATAGAGCGCCGGAAATATCAACCGGCTCACCCCGCGCACCTTTAACGCATCAGCCAACGGCTCAACGTCTTCCGGCGTGGCGCTCGCCCAGCTTTGCGCC > NC_000913/4614225‑4614786 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |