| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,240,984 | (G)7→8 | coding (1041/1245 nt) | sstT → | sodium:serine/threonine symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,240,977 | 1 | . | G | 96.1% | 531.6 / 14.3 | 153 | coding (1034/1245 nt) | sstT | sodium:serine/threonine symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/4); new base G (63/84); total (65/88) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
TGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑G‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCG > NC_000913/3240878‑3241075 | tggctgCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGc < 2:1679387/100‑1 (MQ=255) ggctgCTGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑g < 2:1607613/100‑1 (MQ=255) gctgCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑g‑g > 2:4107321/1‑100 (MQ=255) ggTTAATACGCTGTGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCGGATGAGCGTGGTGGCTTGCCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCTGCTGGGC‑g‑gggcga > 2:4075179/1‑97 (MQ=255) ggTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑g‑gggg‑gg > 2:1100800/1‑100 (MQ=255) ggTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑g‑gggg‑gg < 2:28670/100‑1 (MQ=255) ggTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑g‑gggg‑gg < 2:1800952/100‑1 (MQ=255) gTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑g‑gggg‑ggg < 1:532747/100‑2 (MQ=255) aTACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGGGCGAGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑g‑gggg‑gggtctc > 1:4528130/1‑95 (MQ=255) gCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTctgct < 2:789315/100‑1 (MQ=255) ntGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTctgctt > 1:1383279/2‑99 (MQ=255) cTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTctgctg > 1:5013744/1‑100 (MQ=255) tGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTctgctgc < 1:690504/100‑1 (MQ=255) gggTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTctgctgct < 2:3369084/100‑1 (MQ=255) gggTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTctgctgct > 2:4197269/1‑100 (MQ=255) gggTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTctgctgct > 1:3427736/1‑100 (MQ=255) ggTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTctgctgctg < 1:4673548/100‑1 (MQ=255) ggTATGCCGGTCGATCTGCCCACGGTGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTTGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTctgctgctg > 2:1405725/1‑100 (MQ=255) tATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGAt < 1:2028449/100‑1 (MQ=255) aTTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATc < 1:4730506/100‑1 (MQ=255) aTTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTATGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCCGCTGATc < 1:1119199/100‑1 (MQ=255) ttCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATcc > 1:814927/1‑100 (MQ=255) ttCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATcc > 2:4595410/1‑100 (MQ=255) ttCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATcc < 2:4589394/100‑1 (MQ=255) tCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATccc < 2:2822978/100‑1 (MQ=255) tCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATccc < 1:3361281/100‑1 (MQ=255) tCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATccc < 1:1783263/100‑1 (MQ=255) tCCGGGCGATCTGCCACCGGCGATACCGTTGAGCGTGGTGGCTTGCATGTGTGCCTGCAGCGCATCCGGCGTGGC‑GAGGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATccc < 2:1000114/100‑1 (MQ=255) cGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGGTCCCAc > 2:4154644/1‑100 (MQ=255) cGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCAc < 1:1681478/100‑1 (MQ=255) ggTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACt > 1:2591483/1‑100 (MQ=255) ggTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACt > 1:2207335/1‑100 (MQ=255) gTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTg > 1:3892404/1‑100 (MQ=255) gTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTg < 1:2449037/100‑1 (MQ=255) gATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGcc < 1:3695842/100‑1 (MQ=255) gATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGcc < 2:131573/100‑1 (MQ=255) gATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGcc > 2:3987632/1‑100 (MQ=255) gATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGcc < 1:640126/100‑1 (MQ=255) aTCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGccc > 2:1903876/1‑99 (MQ=255) aTCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCt > 1:2947716/1‑100 (MQ=255) tCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTg < 1:980286/100‑1 (MQ=255) tGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTa > 1:5046295/1‑100 (MQ=255) tGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGGGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTa < 1:2627695/100‑1 (MQ=255) gCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTaa > 2:87592/1‑100 (MQ=255) ccACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAata < 1:996632/100‑1 (MQ=255) ccACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAata < 2:2806838/100‑1 (MQ=255) ccACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAata < 1:257543/100‑1 (MQ=255) cACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAatat < 2:3881427/100‑1 (MQ=255) 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gTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTc < 2:1972029/100‑1 (MQ=255) ttGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCg < 1:608112/100‑1 (MQ=255) tGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGa > 1:2111452/1‑100 (MQ=255) ngAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGa > 1:1059209/2‑100 (MQ=255) aGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAAc < 1:1473911/100‑1 (MQ=255) aGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAAc < 2:2929173/100‑1 (MQ=255) aGCGTGGTGGCTTCTCTGGGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTCCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAAc < 1:4870560/100‑1 (MQ=255) 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cTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCa > 2:4801184/1‑100 (MQ=255) cTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCAGATCCCACTGGCATGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGccc > 2:3000631/1‑99 (MQ=255) ttCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCAt > 2:1469817/1‑100 (MQ=255) ttCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCAt > 2:741807/1‑100 (MQ=255) tctcTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATg < 1:4736882/100‑1 (MQ=255) tctGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGTACGATATCGCCATGCa < 2:4913750/100‑1 (MQ=255) ctGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAg < 2:2041907/100‑1 (MQ=255) 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tgGCGCATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGt < 1:654842/100‑1 (MQ=255) cgcATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCgg < 2:3138021/100‑1 (MQ=255) gcATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGc < 1:4156009/100‑1 (MQ=255) gcATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGc < 1:4155269/100‑1 (MQ=255) gcATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCACTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGc < 2:827223/100‑1 (MQ=255) cATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCGCTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCt < 1:1995265/100‑1 (MQ=255) cATCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCt < 1:1909374/100‑1 (MQ=255) tCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCttt > 2:4501836/1‑100 (MQ=255) tCCGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCttt > 2:2189000/1‑100 (MQ=255) ccGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTa < 1:1133799/100‑1 (MQ=255) cGGCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTTCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTGCGGTATTTCGAACTATATCGCCATGCGGGTTTTTGCCGTCTGCTTTat > 2:3057199/1‑100 (MQ=255) ggCGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTatc < 2:444283/100‑1 (MQ=255) cGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTatcat < 2:284347/100‑1 (MQ=255) cGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTatcat < 2:1377232/100‑1 (MQ=255) cGTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTatcat > 1:3910082/1‑100 (MQ=255) gTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTatcatc < 1:4264903/100‑1 (MQ=255) gTGGCGG‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTatcatc < 2:2657614/100‑1 (MQ=255) | TGGCTGCGGTTAATACGCTGGGTATTCCGGTCGATCTGCCCACGGCGCTGCTGTTGAGCGTGGTGGCTTCTCTGTGTGCCTGTGGCGCATCCGGCGTGGC‑G‑GGGG‑GGTCTCTGCTGCTGATCCCACTGGCCTGTAATATGTTCGGTATTTCGAACGATATCGCCATGCAGGTGGTTGCCGTCGGCTTTATCATCGGCG > NC_000913/3240878‑3241075 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |