| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,844,219 | 0 | T | G | 29.5% | 286.4 / 11.4 | 122 | F86V (TTT→GTT) | adeD | cryptic adenine deaminase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/62); new base G (36/0); total (60/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.29e-15 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
AAATTTCATCACATTAGCCGGGCTGAATACCAGGAATTGTTAGCCGTTTCCCGTGGCGACGCTGTTGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGC‑GG‑TG‑CCAGGGTTTATTGATGCTCA‑CCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCTGACGACCGTTATTTGCGACCCTCATGAAATCGTCAACGTGATGGGCGAAGCCGGATTCGCCTGGTTTGCCCG‑CTGTGCCGAACAGGCAAGGCAAAACCAGTACTTACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTGC > NC_000913/3843985‑3844454 | aaaTTTCATCACATTAGCCGGGCTGAATACCAGGAATTGTTAGCCGTTTCCCGTGGCGACGCTGTTGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGC‑GG‑TG‑GCCGGGGTTAt > 2:858761/1‑239 (MQ=255)aaaTTTCATCACATTAGCCGGGCTGAATACCAGGAATTGTTAGCCGTTTCCCGTGGCGACGCTGTTGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGGGTTGGGGCAGGATAACATGATGTTCCGGCTTTGCAGCGGATTGTTGCTCGCGGTGCAACGGC‑GG‑TGTCCCGGGtt > 2:1979129/1‑237 (MQ=255) tcatcaCATTAGCCGGGCTGAATACCAGGAATTGTTAGCCGTTTCCCGTGGCGACGCTGTTGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACTCTGATGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGC‑GG‑TG‑CCAGGGTTTATTGATg < 2:260560/239‑1 (MQ=255) atcaCATTAGCCGGGCTGAATACCAGGAATTGTTAGCCGTTTCCCGTGGCGACGCTGTTGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGC‑GG‑GT‑GCAGGGGTTATTGATGc > 1:1337692/1‑238 (MQ=255) 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tGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGC‑GG‑TG‑CCAGGGGTTATTGATGCCCA‑CCTGCATATTTAATCCAGCATGATGACGCCGGGCACTTTTTAAACCGCTACCCTGCCCCGCGGCCTGACGACCGGTATTTTCGGCCCCCATGAAAACGTCCACGGGAGGGGCGGAACCGGATTCGCCCGGGTTTCCCG‑CTGTGGCCAACCAGCCACGGAAAACCAGGACTTAc > 2:1957016/1‑239 (MQ=255) tGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGC‑GG‑GG‑CCAGGGGTTATTGATGCTCA‑CCTGCATATTGAATCCCGCATGATGACGCCGGGCACTTTTGAAACCGCTAACCTGCCGCGCGGCCTGACGACCGTTATTTTCGACCCTCCTGAAATTGTCCACGTGATGGGCGAAGCCGGATTCGCCTGGTTTTGCCG‑CTGTGCCGaa > 2:2565220/1‑214 (MQ=255) cTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGC‑GG‑TG‑CCAGGGTTTATTGATGCTCa < 2:2330982/64‑1 (MQ=255) cTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGC‑GG‑TG‑CCAGGGGTTATTGATGCTCa > 1:2330982/1‑64 (MQ=255) cTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGC‑GG‑GG‑CCCGGGGTTATTGGAGGCCA‑CCAGCAGATTGCAACCAGCCTGACGACGCCGGGCACTTTTGAAACCGCCACCCTCCCGCGCGGCCTGAGGACCGTTATTTGCGACCCTCCTGAAATAGCCCACCTGGAGGGCGGAGCGGTGTTCGCCGGGGTTCCCCC‑CCCGTCCTGACACGCAAGGCCAAACCacaaacgatca > 2:71666/1‑229 (MQ=255) 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AAATTTCATCACATTAGCCGGGCTGAATACCAGGAATTGTTAGCCGTTTCCCGTGGCGACGCTGTTGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGC‑GG‑TG‑CCAGGGTTTATTGATGCTCA‑CCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCTGACGACCGTTATTTGCGACCCTCATGAAATCGTCAACGTGATGGGCGAAGCCGGATTCGCCTGGTTTGCCCG‑CTGTGCCGAACAGGCAAGGCAAAACCAGTACTTACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTGC > NC_000913/3843985‑3844454 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |