| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 249,538 | 0 | T | G | 30.6% | 218.3 / 14.2 | 135 | pseudogene (533/1713 nt) | lfhA | pseudogene, flagellar system protein, promoterless fragment; flagellar biosynthesis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/53); new base G (35/6); total (76/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.95e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
TGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGT‑CCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCA‑ACTGACCTG‑CTGCTCGCTGGTTTCGG‑TGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGG‑CATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATAT‑CGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATCGGCGCTCAGGTT > NC_000913/249301‑249773 | tGGGTCAGCGGTTTCCCTTGTG‑TTTGTGCCACCATCGCCAGCATTTTGTACCCGAGGCTTAAACTGTTAGGGTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCA‑ACTGACCTG‑CAGCTCGCTGGTTTCGG‑TGATGGTGCGGGTCAGCTTTTCGGGGCTTTTCCCTTCCGCCGCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTTAACAGCAAAAACGGCAGGTg < 2:2560413/239‑1 (MQ=255) 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acccGAGGTTTAAACTGATGGGCTCGATCAGGGGATTGGTTTCCCA‑ACTGACCTG‑CTGCTCGCTGGTTTCGG‑TGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGG‑CATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGgtg < 1:1635110/237‑1 (MQ=255) aCCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCA‑ACTGACCTG‑CTGCTCGCTGGTTTCGG‑TGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGGCCATTCCCGG‑ACCACCGCCCGCACGAACATAAACCCCGTGGCggggg > 1:3513503/1‑236 (MQ=255) gAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCA‑ACTGACCTG‑CTGCTCGCTGGTTTCGG‑TGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGGGCGG‑CATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAAACCCCGTGGCGGGGgaga > 1:2092805/1‑239 (MQ=255) 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< 2:2806356/227‑1 (MQ=255) aaCTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCA‑ACTGACCTG‑CTGCTCGCTGGTTTCGG‑TGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGG‑CATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGAc > 1:1920314/1‑239 (MQ=255) tGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCA‑ACTGACCTG‑CTGCTCGCTGGTTTCGG‑TGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGG‑Ca < 2:611895/180‑1 (MQ=255) tGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCA‑ACTGACCTG‑CTGCTCGCTGGTTTCGG‑TGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGG‑Ca > 1:611895/1‑180 (MQ=255) aTAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCA‑ACTGACCTG‑CTGCTCGCTGGTTTCGG‑TGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGG‑CAtt > 2:1335340/1‑180 (MQ=255) 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1:3219744/1‑239 (MQ=255) aTGGTTTCCCA‑ACTGACCTG‑CTGCTCGCTGGTTTCGG‑TGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGG‑CATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGGGGCGGGGGAGAGCACCGACGGGCTTGGCAGCAGCTGGTTAc > 1:62618/1‑238 (MQ=255) aTGGTTTCCCA‑ACTGACCTG‑CTGCTCGCTGGTTTCGG‑TGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGGGCGG‑CATTCCCGGTACCACCCCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGGGGGGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGGTAc > 1:1051685/1‑238 (MQ=255) aTGGTTTCCCA‑ACTGACCTG‑CTGCTCGCTGGTTTCGG‑TGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGGGCGG‑CATTCCCGGGACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGGGGCGGGGGAGAGCa > 1:2835993/1‑211 (MQ=255) 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(MQ=255) aCCTG‑CTGCTCGCTGGTTTCGG‑TGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGG‑CATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCCTGCCAGCAGCCGGTTACGCACGTCATGGGCGat > 1:2591381/1‑239 (MQ=255) aCCTG‑CTGCTCGCTGGTTTCGG‑TGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGGCCGG‑CATTCCCTGTACCAACGCCAGCACGGAAATAATCCCCGTGGCGGGGTAGAGCAACGACGGGGCGGGCCGCAGCAGGGGTCGCACGCCAAGGGCGat > 2:3391138/1‑239 (MQ=255) ctgctCGCTGGTTTCGG‑TGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGG‑CAtt < 2:1276118/142‑1 (MQ=255) ctgctCGCTGGTTTCGG‑TGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGG‑CAtt > 1:1276118/1‑142 (MQ=255) ctgctCGCTGGTTTCGG‑TGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGG‑CATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGGGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATAT‑Cg > 1:630681/1‑238 (MQ=255) ctgctCGCTGGTTTCGG‑TGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGG‑CATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGGGGCGGGGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATAT‑Cg > 1:972169/1‑238 (MQ=255) tCGCTGGTTGGGG‑TGATGGTGCGGGTCGGCTTTTCGGGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGG‑CATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATAT‑CGCCGt < 1:2178885/238‑1 (MQ=255) tCGG‑TGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGG‑CATTCCCGGTACCACCGCCCGCACGAACAAAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCg > 1:2580104/1‑181 (MQ=255) ggggtgggcacGGGACCGCTTTCCGGGGCTTTCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCGGGGGCTTTTGCCCCACCCCCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGG‑CATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATAT‑CGCCGTTGTCGCTGAcg < 2:1051685/228‑1 (MQ=255) tGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGG‑CAtt > 1:2325819/1‑122 (MQ=255) tGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGG‑CAtt < 2:2325819/122‑1 (MQ=255) tGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGGGCGG‑CATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGCACATCATACCGGGGGCGGATGAGCGCCCCGACGGGCCTGCCACCCGCCGGGTTCCCGCGTCGTTGGCGATATCCCCCGTTG‑CGCAGAAGCGGGTg > 2:2436396/1‑239 (MQ=255) 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cacccGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGG‑CATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATAT‑CGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGc < 1:1097458/236‑1 (MQ=255) cccAGCCGGTAAGGCGAAGCTGGGGGCGACACCGCAAAAACGGCGGGTGCGG‑CATCCCCTGTACCGCCGCCAGCACGAGCATAATCCCGGTGGCGGTGGAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATAT‑CGCCGGTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATg < 2:2956270/238‑1 (MQ=255) cgatAAACCCAAGCAGGGCGCGAAACAGCAAAACCGGCAGGTGCGG‑CATTCCCGGTCCCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATAT‑CGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGtca < 1:3391138/234‑1 (MQ=255) 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acccAAGCAGGCCGCTGAACAGAAAAAACGGCAGGTGCGG‑CATTCCCGGTCCCCCCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATAT‑CGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCGCCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGcaca < 2:2552878/237‑1 (MQ=255) aaCCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGG‑CATTCCCGGTCCCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATAT‑CGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGcaca < 2:1836168/239‑1 (MQ=255) aaCCAAGCAGGGCCCTGAACAGCAAAAACGGCGGGTGCGC‑CTTTCCCGGTGCCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACg < 1:1216390/99‑1 (MQ=255) cAAGCGGGGCGCTGAACAGCAAAACCGGCAGGTGCGG‑CATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATAT‑CGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATAc < 1:3141230/239‑1 (MQ=255) 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aaaaaCGGCAGGTGCGG‑CATTCCCGGTCCCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATAT‑CGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATCgg < 1:1026264/238‑1 (MQ=255) accGGCAGGGTCGG‑CATCCCCGGACCCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGGGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATAT‑CGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATCGGCGCt < 2:3388125/237‑1 (MQ=255) gCAGGTGCGG‑CATCCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTgg < 2:2988331/86‑1 (MQ=255) aGGTGCGG‑CATTCCCGGTACCACCCCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGGAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGAAAT‑CGCCGTTGTCCCTGACGCGGGTGACGAAAATCGCCGCCGCGGGGGAGAGGAGCAGGGAAGGGGTCTGCGCCACCAGGCCGCCGCCGATGGGCATCAGCAACTACTGCTGGAAGGCAGCATCGGCGCCCAgggg > 2:3548004/1‑237 (MQ=255) tGCGG‑CATTCCCGGTCCCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATAT‑CGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATCGGCGCTCAGGt < 1:1960932/235‑1 (MQ=255) tGCGG‑CATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATAT‑CGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATCGGCGCTCAGGt < 1:2353838/235‑1 (MQ=255) | TGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGT‑CCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCA‑ACTGACCTG‑CTGCTCGCTGGTTTCGG‑TGATGGTGCGGGTCAGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGCGG‑CATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATAT‑CGCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATCGGCGCTCAGGTT > NC_000913/249301‑249773 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |