| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 509,371 | A→C | 14.8% | V670G (GTG→GGG) | copA ← | copper transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 509,371 | 0 | A | C | 14.8% | 183.5 / 3.1 | 72 | V670G (GTG→GGG) | copA | copper transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (35/24); new base C (4/9); total (39/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.33e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGCGGTTTCAATGGCAACATCACTGCCGCCACCCATCGCAATGCCGACATCCGCCTGAGCCAGCGCTGGCGCGTCGTTAATGCCGTCGCCCACCATTGCCACCTGACGTCCTTCACTTTGCAGA‑‑TGTTTGATCGCTTCGGCTTTACCGTCCGGCAGCACCCCGGCGATCACCTCATCAATCCCTGCTTCTTTGGCGATCGCATTGGCGGTGGTTGGGTTATCCCCGGT‑CAA‑CATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCAGTAATCTCCGCTTCGATAGCTTTGGTACCAACCTGTTGCTCATTTAACAGCGCCTGATTGCCCAGCAATAACGCATGACCTTCAGCTTCACCG > NC_000913/509136‑509604 | cgcgGTTGCGATGGCAACATCCCTGCCGCCACCCATCGCAATGCCGACATCCGCCTGAGCCAGCGCTGGCGCGTCGTTAATGCCGTCGCCCACCATTGCCACCTGACGTCCTTCACTTTGCAGA‑‑TGTTTGATCGCTTCGGCTTTACCGTCCGGCAGCACCCCGGCGATCACCTCATCAATCCCTGCTTCTTTGGCGATCGCATTGGCGGTGGTTGGGTTATCCCCGGT‑CAA‑CATCACCa < 1:43053/239‑1 (MQ=255) aaTGGCAACCTCCGCGCCGCCAACCATCGCAATGCCGACAGCCGCCTGAGCCAGCGCTGGCGCGTCGTTAATGCCGGCGCCCACCATTGCCACCTGACGTCCTTCACTTTGCAGA‑‑TGTTTGATCGCTTCGGCTTTACCGTCCGGCAGCACCCCGGCGATCACCTCATCAATCCCTGCTTCTTTGGCGATCGCATTGGCGGTGGTTGGGTTATCCCCGGT‑CAA‑CATCACCAGACGatacc < 2:1080570/239‑3 (MQ=255) cATCACTGCCGCCACCCATCGCAATGCCGACATCCGCCTGAGCCAGCGCTGGCGCGTCGTTAATGCCGTCGCCCACCATTGCCACCTGACGTCCTTCACTTTGCAGA‑‑TGTTTGATCGCTTCGGCTTTACCGTCCGGCAGCACCCCCGCGATCACCTCATCAATCCCTGCTTCTTTGGCGATCGCATTGGCGGCGGGTGGGTTATCCCCGGT‑GAA‑CATTCCCAGACGTAATCCCGCcttt > 2:707440/1‑238 (MQ=255) cccTGCCGCCACCCATCGCAATGCCGACATCCGCCTGAGCCAGCGCTGGCGCGTCGTTAATGCCGTCGCCCACCATTGCCACCTGACGTCCTTCACTTTGCAGA‑‑TGTTTGATCGCTTCGGCTTTACCGTCCGGCAGCACCCCGGCGATCACCTCATCAATCCCTGCTTCTTTGGCGATCGCATTGGCGGTGGTTGGGTTATCCCCGGT‑CAA‑CATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGc < 2:522181/237‑1 (MQ=255) cACTGCCGCCACCCATCGCAATGCCGACATCCGCCTGAGCCAGCGCTGGCGCGTCGTTAATGCCGTCGCCCACCATTGCCACCTGACGTCCTTCACTTTGCAGA‑‑TGTTTGATCGCTTCGGCTTTACCGTCCGGCAGCACCCCGGCGATCACCTCATCAATCCCTGCTTCTTTGGCGATCGCATTGGCGGTGGTTGGGTTATCCCCGGT‑CAA‑CATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGc < 1:716142/239‑1 (MQ=255) aCTGCCGCCCCCCATCGCAATGCCGACATCCGCCTGAGCCAGCGCTGGCGCGTCGTTAATGCCGTCGCCCACCATTGCCACCTGACGTCCTTCACTTTGCAGA‑‑TGTTTGATCGCTTCGGCTTTACCGTCCGGCAGCACCCCGGCGATCACCTCATCAATCCCTGCTTCTTTGGCGATCGCATTGGCGGTGGTTGGGTTATCCCCGGT‑CAA‑CATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCa < 1:394412/239‑1 (MQ=255) ccACCCATCGCAATGCCGACATCCGCCTGAGCCAGCGCTGGCGCGTCGTTAATGCCGTCGCCCACCATTGCCACCTGACGTCCTTCACTTTGCAGA‑‑TGTTTGATCGCTTCGGCTTTACCGTCCGGCAGCACCCCGGCGATCACCTCATCAATCCCTGCTTCTTTGGCGATCGCATTGGCGGTGGGTGGGTTATCCCCGGT‑CAA‑CATCCCCCGACGAAATACCGCCTCTTTCAGGCGttt > 2:563696/1‑238 (MQ=255) cccAGCGCACGGCCGACATCCGCCTGAGCCAGCGCTGGCGCGTCGTTAATGCCGTCGCCCACCATTGCCACCTGACGTCCTTCCCTTTGCAGA‑‑TGTTTGATCGCTTCGGCTTTCCCGTCCGGCAGCACCCCGGCGATCACCTCATCAATCCCTGCTTCTTTGGCGATCGCATTGGCGGTGGTTGGGTTATCCCCGGT‑CAA‑CATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAg < 2:766917/239‑1 (MQ=255) ccATCGCAATGCCGACATCCGCCTGAGCCAGCGCTGGCGCGTCGTTAATGCCGTCGCCCACCATTGCCACCTGACGTCCTTCACTTTGCAGA‑‑TGTTTGATCGCTTCGGCTTTACCGTCCGGCAGCACCCCGGCGATCACCTCATCAATCCCTGCTTCTTTGGCGATCGCATTGGCGGTGGTTGGGTTATCCCCGGT‑CAA‑CATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAgc < 2:420472/239‑1 (MQ=255) gcatggCCGGCATCCGCCGGAGCCAGCGCTGGGTGATCGTTAGTCCCCTCGCACACCATTGTCACCTGACGTCCTTCACTTTGCAGA‑‑TGTTTGATCGCTTCGGCTTTCCCGTCCGGCAGCACCCCGGCGATCACCTCATCAATCCCTGCTTCTTTGGCGATCGCATTGGCGGTGGTTGGGTTATCCCCGGT‑CAA‑CATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGcgccgc < 2:728833/234‑1 (MQ=255) gCACTGCCGACATCCGCCTGAGCCAGCGCTGGCGCGTCGTTAATGCCGTCGCCCACCATTGCCACCTGACGTCCTTCACTTTGCAGA‑‑TGTTTGATCGCTTCGGCTTTACCGTCCGGCAGCACCCCGGCGATCACCTCATCAATCCCTGCTTCTTTGGCGATCGCATTGGCGGTGGTTGGGTTATCCCCGGT‑CAA‑CATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGcgccgc < 2:61986/239‑1 (MQ=255) gCAATGCCGACATCCGCCTGAGCCAGCGCTGGCGCGTCGTTAATGCCGTCGCCCACCATTGCCACCTGACGTCCTTCACTTTGCAGA‑‑TGTTTGATCGCTTCGGCTTTACCGTCCGGCAGCACCCCGGCGATCACCTCATCAATCCCTGCTTCTTTGGCGATCGCATTGGCGGTGGTTGGGTTATCCCCGGT‑CAA‑CATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGcgccgc < 1:565643/239‑1 (MQ=255) tGCCGACATCCGCCTGAGCCAGCGCTGGCGCGTCGTTAATGCCGTCGCCCACCATTGCCACCTGACGTCCTTCACTTTGCAGA‑‑TGTTTGATCGCTTCGGCTTTACCGTCCGGCAGCACCCCGGCGATCACCTCATCAATCCCTGCTTCTTTGGCGATCGCATTGGCGGTGGTTGGGGTATCCCCGGT‑CAA‑CATCACCCGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCCGCGCCGCCAc > 1:296507/1‑238 (MQ=255) cGACATCCGCCTGAGCCAGCGCTGGCGCGTCGTTAATGCCGTCGCCCACCATTGCCACCTGACGTCCTTCACTTTGCAGA‑‑TGTTTGATCGCTTCGGCTTTACCGTCCGGCAGCACCCCGGCGATCACCTCATCAATCCCTGCTTCTTTGGCGATCGCATTGGCGGTGGTTGGGTTATCCCCGGT‑CAA‑CATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTa < 1:146169/239‑1 (MQ=255) cGCCTGAGCCAGCGCTGGCGCGTCGTTAATGCCGTCGCCCACCATTGCCACCTGACGTCCTTCACTTTGCAGA‑‑TGTTTGATCGCTTCGGCTTTACCGTCCGGCAGCACCCCGGCGATCACCTCATCAATCCCTGCTTCTTTGGCGATCGCATTGGCGGTGGTTGGGTTATCCCCGGT‑CAA‑CATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCa < 1:298191/235‑1 (MQ=255) aGCCAGCGCTGGCGCGTCGTTAATGCCGTCGCCCACCATTGCCACCTGACGTCCTTCACTTTGCAGA‑‑TGTTTGATCGCTTCGGCTTTACCGTCCGGCAGCACCCCGGCGATCACCTCATCAATCCCTGCTTCTTTGGCGATCGCATTGGCGGTGGTTGGGTTATCCCCGGT‑CAA‑CATCACCAGACGATATCCCg < 2:1131994/194‑1 (MQ=255) aGCCAGCGCTGGCGCGTCGTTAATGCCGTCGCCCACCATTGCCACCTGACGTCCTTCACTTTGCAGA‑‑TGTTTGATCGCTTCGGCTTTACCGTCCGGCAGCACCCCGGCGATCACCTCATCAATCCCTGCTTCTTTGGCGATCGCATTGGCGGTGGTTGGGTTATCCCCGGT‑CAA‑CATCACCAGACGATATCCCg > 1:1131994/1‑194 (MQ=255) cgcTGGCGCGTCGTTAATGCCGTCGCCCACCATTGCCACCTGACGTCCTTCACTTTGCAGA‑‑TGTTTGATCGCTTCGGCTTTACCGTCCGGCAGCACCCCGGCGATCACCTCATCAATCCCTGCTTCTTTGGCGATCGCATTGGCGGTGGTTGGGTTATCCCCGGT‑CAA‑CATCAcc < 1:1133802/175‑1 (MQ=255) cgcTGGCGCGTCGTTAATGCCGTCGCCCACCATTGCCACCTGACGTCCTTCACTTTGCAGA‑‑TGTTTGATCGCTTCGGCTTTACCGTCCGGCAGCACCCCGGCGATCACCTCATCAATCCCTGCTTCTTTGGCGATCGCATTGGCGGTGGTTGGGTTATCCCCGGT‑CAA‑CATCAcc > 2:1133802/1‑175 (MQ=255) gcTGGCGCGTCGTTAATGCCGTCGCCCACCATTGCCACCTGACGTCCTTCACTTTGCAGA‑‑TGTTTGATCGCTTCGGCTTTACCGTCCGGCAGCACCCCGGCGATCACCTCATCAATCCCTGCTTCTTTGGCGATCGCATTGGCGGTGGTTGGGTTATCCCCGGT‑CAA‑CATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGATcgc < 1:563696/238‑1 (MQ=255) cgtTAATGCCGTCGCCCACCATTGCCACCTGACGTCCTTCACTTTGCAGA‑‑TGTTTGATCGCTTCGGCTTTACCGTCCGGCAGCACCCCGGCGATCACCTCATCAATCCCTGCTTCTTTGGCGATCGCATTGGCGGTGGTTGGGTTATCCCCGGT‑CAA‑CATCCCCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGATCGCGTACTGCcagc < 1:297170/239‑1 (MQ=255) 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gCTTCTTTGGCGATCGCATTGGCGGTGGTTGGGTTATCCCCGGT‑CAA‑CATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCAGTAATCTCCGCTTCGATAGCTTTGGTACCaaa > 1:150395/1‑223 (MQ=255) gCTTCTTTGGCGATCGCATTGGCGGTGGTTGGGTTATCCCCGGT‑CAA‑CATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCCACCGCTTTCCCGTCAACCGCCCGCAGCACAGGCGTTGCCCCTTTCGATGCCTGAGCAGTAATTCTCGCTTCGCTAGCTTTGGGACCAACCTGTGGCTCAGTTa > 2:33425/1‑238 (MQ=255) ttttGGCTATGGCATTGGCGGTGGTTGGTTTACCCCGGGT‑CAA‑CCTCCCCAGACGATCCCCCGTTTTATGCGGGCGTTGCAGCCCCGCCACGCTTCCACCCCGCAACGGATCGCGTCCTGCCAGCGGGGCTCCCGCTTCCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCAGTAATCTCCGCTTCGATAGCTTTGGTa < 2:106678/214‑1 (MQ=255) aTCGCATTGGCGGTGGTTGGGTTATCCCCGGT‑CAA‑CATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAgcg < 2:825072/76‑1 (MQ=255) aTCGCATTGGCGGTGGTTGGGTTATCCCCGGT‑CAA‑CATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAgcg > 1:825072/1‑76 (MQ=255) cGCATTGGCGGTGGTTGGGTTATCCCCGGT‑CAA‑CATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCGTTTCCCCTTGCGATGCCTGAGCACTAATCTCCGCGTCGATAGCCTTGGTACCAACCTGTTGCTCATTTAACAGCGCCTGATTg > 2:1231733/1‑238 (MQ=255) cGCATTGGCGGTGGTTGGGTTATCCCCGGT‑CAA‑CATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCAGTAATCTCCGCTTCGATAGCTTTGGTACCAACCTGtt > 1:106678/1‑215 (MQ=255) gtggtTGGGGTATCCCCGGT‑CAA‑CATCACCCGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTCAACCCCCAGCAGCACAGGCGTTGCCCCTTTCGATGCCTGAGCAGTAATCTCCGCTTCCATAGCTTTGGTACCACCCCGTTGGTCATTTAAAAGCGCCTGATTGCCCCGCCATa > 2:630474/1‑238 (MQ=255) ttaggtttACCCCGGTT‑CAA‑CACCACCAGACGATACCCCGTTTTACGCCGGCGTTGCAGCGCCGCCACGTTACCCCTACCCAACGGATCGCGTACTGCCAGCGGGGCTCCCGTTTCCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCAGTAATCTCCGCTTCGATAGCTTTGGTACCAACCTGTTGCTCATTTAACAGCGCCTGATTGcc < 2:484750/221‑1 (MQ=255) gtTGGGGTATCCCCGGT‑CAA‑CATCCCCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCCCGCTATCCCTACCCAACGGATCGCGTCCTGCCAGCCCGGCTACCCCTTTTCCGTCAACCGCCAGCAGCCCAGGCGTTTCCCCTTGCGCTGCCTGGGCGGTACTCTCCACCTCGCTCACTTTGGGACCCACCCGTTTGTCACTTAACACCGCCCGCTTGcccccagacaaagc > 2:194714/1‑228 (MQ=255) gggTTACCCCGGGT‑CAA‑CATCACCAGACGATCTCCCGTTTTATGCGGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTAAACCGCCAGCAGCACAGGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCAGTAATCTCCGCTTCGATAGCTTTGGTACCAACCTGTTGCTCATTTAACAGCGCCTGATTGCCCAGCAATAACGCAt < 1:423249/238‑1 (MQ=255) tttACCCCCGGA‑CAA‑CATCCCCAGACGATACCCCGTTTTAGGCAGGCTTGGCAGCCCCCCCACGCTTTCCCTCCGCAACGGTTCGCGTACTGCCAGCGGGGCTCCCGCTTCCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCAGTAATCTCCGCTTCGAt < 2:1183511/176‑1 (MQ=255) ccccGGT‑CAA‑CATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCAGTAATCTCCGCTTCGATAGCTTTGGTACCAACCTGTTGCTCATTTAACAGCGCCTGATTGCCCAGCAATAAc > 1:484750/1‑227 (MQ=255) gT‑CAA‑CATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCAGTAATCTCCGCTTCGATAGCTTTGGTa > 1:1183511/1‑177 (MQ=255) gT‑CAA‑CATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCAGTAATCTCCGCTTCGATAGCTTTGGTACCAACCTGTTGCTCATTTAACAGCGCCTGATTGCCCAGCAATAACGCATGACCTTCAGCTTc > 1:804306/1‑239 (MQ=255) cATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCAGTAATCTCCGCTTCGATAGCTTTGGTACCAACCTGTTGCTCATTTAACAGCGCCTGATTGCCCAGCAATAACGCATGACCTTCAGCTTCACCg > 1:1073002/1‑238 (MQ=255) | CGCGGTTTCAATGGCAACATCACTGCCGCCACCCATCGCAATGCCGACATCCGCCTGAGCCAGCGCTGGCGCGTCGTTAATGCCGTCGCCCACCATTGCCACCTGACGTCCTTCACTTTGCAGA‑‑TGTTTGATCGCTTCGGCTTTACCGTCCGGCAGCACCCCGGCGATCACCTCATCAATCCCTGCTTCTTTGGCGATCGCATTGGCGGTGGTTGGGTTATCCCCGGT‑CAA‑CATCACCAGACGATATCCCGCTTTATGCAGGCGTTGCAGCGCCGCCACGCTATCACTACGCAACGGATCGCGTACTGCCAGCAGGGCTACCGCTTTCCCGTCAACCGCCAGCAGCACAGGCGTTGCCCCTTGCGATGCCTGAGCAGTAATCTCCGCTTCGATAGCTTTGGTACCAACCTGTTGCTCATTTAACAGCGCCTGATTGCCCAGCAATAACGCATGACCTTCAGCTTCACCG > NC_000913/509136‑509604 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |