| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,798,659 | (T)8→7 | coding (654/1074 nt) | waaU ← | lipopolysaccharide core biosynthesis |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,798,652 | 0 | T | . | 93.3% | 854.5 / 59.0 | 212 | coding (661/1074 nt) | waaU | lipopolysaccharide core biosynthesis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (12/2); new base . (74/122); total (86/126) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.90e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.35e-01 | |||||||||||
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
AATCTTGCGGTAACCCGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATATTTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCTTCAACATCTACTGGTAAATGCAAGTCGT > NC_000913/3798553‑3798747 | aTCTTGCGGTAACCCGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATAtt > 1:942389/1‑100 (MQ=255) aTCTTGCGGTAACCCGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATAtt > 2:2696170/1‑100 (MQ=255) cTTGCGGTAACCCGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATAtttt > 1:4391401/1‑100 (MQ=255) ttGCGGTAACGCGGTAAATATGATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGGTATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATAttttt < 2:2947134/100‑1 (MQ=255) tGCGGTAACCCGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATAtttttt < 1:3762791/100‑1 (MQ=255) gCGGTAACCCGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATAttttttt > 2:298543/1‑100 (MQ=255) gCGGTAACCCGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATAttttttt < 1:1757926/100‑1 (MQ=255) ggTAACCCGGTAAATATAATCCGATAATTTTCTAAGTGTGTTTTCACTTCTTTATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTTAGACGGCATAtttttttgc < 2:666086/100‑3 (MQ=255) gTAACCCGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATAtttttttgca > 2:3404324/1‑97 (MQ=255) gTAACCCGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATAtttttttgca < 2:3876475/100‑4 (MQ=255) aaCCCGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCAcc < 2:3148812/100‑1 (MQ=255) aCCCGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCt > 2:2620/1‑100 (MQ=255) cccGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTa < 2:2792969/100‑1 (MQ=255) cccGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTa > 1:2886391/1‑100 (MQ=255) ccGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTaa > 1:3850736/1‑100 (MQ=255) cGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAAt < 1:1832714/100‑1 (MQ=255) tAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGa < 2:2479548/100‑1 (MQ=255) aaTATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGAtt > 1:4470609/1‑100 (MQ=255) tataATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATtaa < 1:2371417/100‑1 (MQ=255) ataATCCGATGATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCACCAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATtaat < 2:2236496/100‑1 (MQ=255) taATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATtaata < 2:142129/100‑1 (MQ=255) aaTCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATtaataa > 1:3491028/1‑100 (MQ=255) tCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATg < 1:1479389/100‑1 (MQ=255) cGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATATTTTTTTT‑CTCCTAATTGATTAATAATGAc > 2:3533939/1‑100 (MQ=255) cGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGAc > 1:4103313/1‑100 (MQ=255) cGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGAc < 1:1471468/100‑1 (MQ=255) cGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGAc < 1:1537231/100‑1 (MQ=255) gATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACt < 1:2542197/100‑1 (MQ=255) tAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCGAAAGTAAGACGGCTTATTTTTTTT‑CACCTAATGGATTAATAATGACTAt > 2:4420218/1‑100 (MQ=255) aTTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTc < 1:2704660/100‑1 (MQ=255) aTTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTc < 1:1390762/100‑1 (MQ=255) ttttCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCt < 1:46237/100‑1 (MQ=255) ttttCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCt < 2:2210006/100‑1 (MQ=255) tttCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCtt > 2:1770020/1‑100 (MQ=255) ttCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCATCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTg < 2:2381616/100‑1 (MQ=255) ttCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTg < 1:3877763/100‑1 (MQ=255) tCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGt < 1:242890/100‑1 (MQ=255) cAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATATTTTTTTT‑TTTTTTTTTTATTAATAATGACTATTCTTGTa > 2:3743540/1‑100 (MQ=255) cAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTa < 1:1945026/100‑1 (MQ=255) cAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTa < 1:581431/100‑1 (MQ=255) cAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTCTTATTTGCTCATACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTa < 1:4190954/100‑1 (MQ=255) aaaGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTAt > 1:1913774/1‑100 (MQ=255) aaaGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTAt < 2:481715/100‑1 (MQ=255) aGTGTGTTTTCATTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGAAGGCATA‑TATTTTTGTACCTTATGGGTTAATACTGACCATTCTTGTAtca > 2:1729407/1‑99 (MQ=255) tgtgtTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTAAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCCCCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTcc < 2:4465696/100‑1 (MQ=255) gtTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAAt > 2:3452050/1‑100 (MQ=255) ttttCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATa < 2:3332592/100‑1 (MQ=255) tttCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATaa > 1:3236334/1‑100 (MQ=255) ttCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATaaa < 1:2417339/100‑1 (MQ=255) 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atatatAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCttttattt < 2:2229287/100‑1 (MQ=255) atataACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATATTTTTTTT‑TTTTTTTTTTATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCttttatttta > 2:1968963/1‑100 (MQ=255) tataACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTtttattttat > 2:943524/1‑100 (MQ=255) tataACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTtttattttat > 1:983778/1‑100 (MQ=255) taACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCt < 1:1245363/100‑1 (MQ=255) taACTTTTAGTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCAAATAAATTCTTTTATTTTATCt < 2:1743176/100‑1 (MQ=255) taAATTTTATTTGCTTAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCTCCTAATGGTTTAATAATGACTATTCTTGTATAGCCAATAAATTCTTTTATTTTATCt > 2:4375645/1‑100 (MQ=255) 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< 2:3189865/100‑1 (MQ=255) atAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCTTCAACATCTGCTGGTAGATg < 2:4115490/99‑1 (MQ=255) gACGGCATATTTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCTTCAACATCTACTGGTAAATGCaa < 1:2461667/100‑1 (MQ=255) gACGGCATA‑TTTTTGTGCACCTAATGCATTAATAATGACTATTCTTGAATCTCCCATAAATTCTTTTATTTTATCTTCAACATCTACTGGTAAATGCAAg > 2:4193075/1‑100 (MQ=255) aCGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCTTCAACATCTACTGGTAAATGCAAGt < 1:1022516/100‑1 (MQ=255) cGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCTTCAACATCTACTGGTAAATGCAAGTc < 1:261091/100‑1 (MQ=255) cGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCTTCAACATCTACTGGTAAATGCAAGTc > 1:1087732/1‑100 (MQ=255) cGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCTTCAACATCTACTGGTAAATGCAAGTc < 2:3011878/100‑1 (MQ=255) ggCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATGAATTCTTTTATTTTATCTTCAACATCTACTGGTACATGCAAGTCg > 1:310566/1‑100 (MQ=255) | AATCTTGCGGTAACCCGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATATTTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCTTCAACATCTACTGGTAAATGCAAGTCGT > NC_000913/3798553‑3798747 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |