| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,798,659 | (T)8→7 | coding (654/1074 nt) | waaU ← | lipopolysaccharide core biosynthesis |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,798,652 | 0 | T | . | 90.6% | 587.4 / 57.9 | 159 | coding (661/1074 nt) | waaU | lipopolysaccharide core biosynthesis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (10/5); new base . (69/75); total (79/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 178 total aligned reads displayed.
TCTTGCGGTAACCCGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATATTTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCTTCAACATCTACTGGTAAATGCAAGTCG > NC_000913/3798555‑3798746 | tCTTGCGGTAACCCGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGGTATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATCtt > 1:2439963/1‑99 (MQ=255) ttGCGGTAACCCGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATAtttt > 1:3243657/1‑99 (MQ=255) tGCGGTAACCCGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATAttttt < 2:2924273/99‑1 (MQ=255) tGCGGTAACCCGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGGTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATAttttt < 1:1052242/99‑1 (MQ=255) gCGGTAACCCGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATAtttttt < 1:2016552/99‑1 (MQ=255) cGGTAACCCGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATAttttttt < 2:2463838/99‑1 (MQ=255) gTAACCCGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATAtttttttgc > 1:2689162/1‑97 (MQ=255) tAACCCGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATAtttttttgca > 1:3054319/1‑96 (MQ=255) aaCCCGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATAtttttttgcac < 2:347458/99‑5 (MQ=255) aaCCCGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATAtttttttgcac < 2:76864/99‑5 (MQ=255) aCCCGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCAcc < 1:105637/99‑1 (MQ=255) cGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTaa < 2:3299370/99‑1 (MQ=255) cGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTaa < 1:1137279/99‑1 (MQ=255) ggTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAAt > 1:1748822/1‑99 (MQ=255) ataATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATtaa > 1:1875633/1‑99 (MQ=255) aaTCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATtaata > 2:3111678/1‑99 (MQ=255) aaTCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATtaata > 1:988331/1‑99 (MQ=255) tCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTaataat < 1:2228992/99‑1 (MQ=255) ccGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATg > 1:3277952/1‑99 (MQ=255) cGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGa < 2:2448131/99‑1 (MQ=255) cGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGa < 1:2334346/99‑1 (MQ=255) aTAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACt > 1:2807425/1‑99 (MQ=255) aaTTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTAt > 1:921755/1‑99 (MQ=255) ttttCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGTACCTACTGTATTAATAATGACTATTc > 2:1593468/1‑99 (MQ=255) ttttCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTc > 1:2875306/1‑99 (MQ=255) tttCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCt > 2:2651091/1‑99 (MQ=255) ttCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCtt < 1:1634460/99‑1 (MQ=255) ttCAAAGTGTGTTTGCACTTCTTGATGTGTAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATATTTTTTTT‑CACCTAATGGATTAATAATGACTATTCtt < 1:1278684/99‑1 (MQ=255) tCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATATTTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCtt < 1:3086253/99‑1 (MQ=255) tCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTg > 2:936062/1‑99 (MQ=255) tCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTg < 2:1260831/99‑1 (MQ=255) cAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGt < 2:2203596/99‑1 (MQ=255) aaaGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTa > 1:474620/1‑99 (MQ=255) aaGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTAt < 1:647651/99‑1 (MQ=255) gtgtgtTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTAtct > 1:1962188/1‑99 (MQ=255) ttttCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAAt > 1:272057/1‑99 (MQ=255) ttttCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAAt > 2:2047881/1‑99 (MQ=255) ttttCACTTCTTGATATATAACTTGTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAAt < 2:753868/99‑1 (MQ=255) ttCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATaa > 2:626670/1‑99 (MQ=255) aCTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAAtt > 2:1986042/1‑99 (MQ=255) cttcttGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTc < 2:1777603/99‑1 (MQ=255) cttcttGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTc > 1:2516180/1‑99 (MQ=255) ttcttGATATATAACTTTTATGTGCTCAAACGTAATACGGCATATTTTTTTTG‑ATCTAATGGATTAATAATGTCTATTTTTTTATCTCCATTAAATTCt > 2:1555953/1‑99 (MQ=255) ttGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCtttt < 1:1811216/99‑1 (MQ=255) gATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCttttat < 1:1489539/99‑1 (MQ=255) atatatAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCttttatt < 2:1322139/99‑1 (MQ=255) tatataACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGACATA‑TTTTTTTGCAACTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATACttttattt < 2:286946/99‑1 (MQ=255) atataACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCttttatttt < 1:2923929/99‑1 (MQ=255) tataACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCttttatttta < 2:1340635/99‑1 (MQ=255) ataACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTtttattttat > 1:840509/1‑99 (MQ=255) ataACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTtttattttat < 2:2761283/99‑1 (MQ=255) taACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATATTTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTtttattttat > 2:3009840/1‑99 (MQ=255) taACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATATTTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTtttattttat < 1:311735/99‑1 (MQ=255) taACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATTGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATc > 2:2246806/1‑99 (MQ=255) aaCTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATATTTTTTTT‑TTTTTTTTTGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCATTTAATTCTtttattttattt > 2:3349695/1‑97 (MQ=255) aaCTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCt > 1:224320/1‑99 (MQ=255) aCTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCtt < 2:1718088/99‑1 (MQ=255) aCTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCtt > 2:1664434/1‑99 (MQ=255) aCTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCtt > 1:2582779/1‑99 (MQ=255) 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1:802367/1‑99 (MQ=255) ttttATTTGCTCAAACGTAAGAAGTCATA‑TTTTTTTGAACCTACTGGATTATTTATGCCTATTCTTGTAGCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCttaa < 2:2425394/99‑3 (MQ=255) tttATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCTTCaa < 2:1604997/99‑1 (MQ=255) ttATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCCCCAATAAATTCTTTTATTTTATCTTCAAc < 2:1902553/99‑1 (MQ=255) tATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCTTCAACa < 2:2140999/99‑1 (MQ=255) tATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCTTCAACa < 2:458810/99‑1 (MQ=255) aTTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCTTCAACAt > 1:1739787/1‑99 (MQ=255) aTTTGCTCAAACGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCTTCAACAt < 2:849060/99‑1 (MQ=255) 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aaaCGTAAGACGGCATA‑TGTTTTTACACCTACTCGCTTAATAACGACTAATCTTGTACCTCCAATAACCTCTTTTATTCTATCTTCAACATCTACtcat > 2:1051192/1‑96 (MQ=255) aaCGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCTTCAACATCTACTGGTa > 1:2162880/1‑99 (MQ=255) aCGTAAGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCTTCAACATCTACTGGTaa > 2:679834/1‑99 (MQ=255) aaGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCTTCAACATCTACTGGTAAATGc > 1:2098329/1‑99 (MQ=255) aGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCTTCAACATCTACTGGTAAATGCa > 2:956877/1‑99 (MQ=255) aGACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCTTCAACATCTACTGGTAAATGCa > 1:1703028/1‑99 (MQ=255) gACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCTTCAACATCTACTGGTAAATGCaa < 2:493553/99‑1 (MQ=255) gACGGCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCTTCAACATCTACTGGTAAATGCaa > 1:3282292/1‑99 (MQ=255) ggCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCTTCAACATCTACTGGTAAATGCAAGTc < 1:2415138/99‑1 (MQ=255) gCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCTTCAACATCTACTGGTAAATGCAAGTCg > 2:3152254/1‑99 (MQ=255) gCATA‑TTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCTTCAACATCTACTGGCCAATGCAAGTCg > 1:2622867/1‑99 (MQ=255) | TCTTGCGGTAACCCGGTAAATATAATCCGATAATTTTCAAAGTGTGTTTTCACTTCTTGATATATAACTTTTATTTGCTCAAACGTAAGACGGCATATTTTTTTTGCACCTAATGGATTAATAATGACTATTCTTGTATCTCCAATAAATTCTTTTATTTTATCTTCAACATCTACTGGTAAATGCAAGTCG > NC_000913/3798555‑3798746 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |