| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,665,702 | 0 | C | A | 30.6% | 194.0 / 24.3 | 85 | A37S (GCG→TCG) | gadX | acid resistance regulon transcriptional activator; autoactivator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (51/8); new base A (0/26); total (51/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.60e-15 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTC‑TACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGGCTT‑GCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAACGAAGCGGGAGAACAGGATGATAATGTGTGATGT > NC_000913/3665468‑3665933 | ttttACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTC‑TACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGGCTT‑GCATCCGCaaaa > 2:1010122/1‑239 (MQ=255)ttttACGACGCATTTCTGTATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGGGCAACTTCCTGAAAAACAGGACTTTCCC‑TACTACAGTGATGAACGAGTAATGCAGAAATTTTTTTATGTGCATGTAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCACCGGGAGACATAATGAAATCTTGGCTCTTGACCCTTATCTAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAGTTTGGCCT‑TCTTCCGCacac > 2:1284140/1‑236 (MQ=255) tACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTC‑TACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGGCTT‑GCATCCGCAAAAAcc < 2:316979/239‑1 (MQ=255) tAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTC‑TACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGGCTT‑GCATCCGCAAAAACCAgg > 2:193280/1‑238 (MQ=255) aGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTC‑TACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGGCTT‑GCATCCGCAAAAACCAGGTc > 2:1204319/1‑239 (MQ=255) cATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTC‑TACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGGCTT‑GCATCCGCAAAAACCAGGTCa > 1:451060/1‑238 (MQ=255) cATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTC‑TACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGGCTT‑GCATCCGCAAAAACCAGGTCa > 2:1113157/1‑238 (MQ=255) cATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTC‑TACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGGCTT‑GCATCCGCAAAAACCAGGTCa > 2:165141/1‑238 (MQ=255) ttttCTGCATAGCGAATATTCTTGTTCTGCGATGTTTACGAAATTTCCTGAAAAACAGGAATATCTC‑TACTACATTGATGAACGAGAAATGAAGAATCTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAAAAATAATGAAGGCGTGTCCCTTAACACAAATAAAAAATTTCC‑AC‑CCCACTTTTCTACTCGAATTTGGCTT‑GCATCCGCAAAAACCGGGTCAcc < 2:183830/238‑1 (MQ=255) aTTTCTGCATAGCGAAGATTCTTTTTCTGCGATAGTGGCGCAACTTCCTAAAAAACAGGAATATCTC‑TACTACAGTGATGAACGAGTAATAAAAAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATCCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAAAAAAAATGAAAGCGTGCCCCTTGACACAAATAAAAAATTTTC‑AA‑CCCACTTATCTCCTAAATTTTGGTTT‑GCACCCCCAAAAACCAGGTCAcc < 2:1194573/239‑1 (MQ=255) cTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTC‑TACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGGCTT‑GCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCa > 1:1008398/1‑239 (MQ=255) cATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTC‑TACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGGCTT‑GCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTa > 2:996687/1‑239 (MQ=255) cATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTC‑TACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGGCTT‑GCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTa > 1:183830/1‑239 (MQ=255) 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tttATTCTGAGATAGTTGCGCAACTTCCGGAAAAACAGGAATATCTC‑TACTAAAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGACCAGCGGGAAAAAAAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACAAATAAAAAATTTCC‑AA‑CACACTTATCTCCTAAAATTTGGCTT‑GCACCCAAAAAACCCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATAtt < 1:366630/238‑1 (MQ=255) cttttttggCGATAGTTGCGCAACTTCTTAAAAAACAGAAATTTCTC‑TACAAAAGTGAGGAACGAGTAATGAAAAAATTTTTTTATGTGCAGGAAGATTTAAGCCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAAAAATAAGGAAAGCGTGTCCTTTGACACGAAAAAAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCAAATTTGGCTT‑GCACCCGAAAAACCCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATAtt < 1:165141/231‑1 (MQ=255) cTTTTTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGAAATATCTC‑TACTACAGTGATGACCGAGTAATGAAGAAATTTTTTTTTGTGCAAGAAGATTTAATCCCTCCTCCTTGACCATGGGAAGAAAAAATGAAGGCGTGCCCCTGGACACAAATAAAAATTTTTA‑AA‑CCCTTTTATCTCCTCGATTTTGGCTT‑CCCCCCGAAAAAACCGGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATAtt < 1:996687/239‑1 (MQ=255) cTTATTCTGAGATTGTTGCACAATTTCCAAAAAAACAGAAATATCTC‑TACTACAGGGAAGACCGAGTAATGAAAAAACTTTTTTATGGGCATAAAGATTTAATCCCCCCCCCTAGAGCATCGGAAAAAAAAATAAAAGCGTTCCCCTTGACACAAATAAAAAATTTTC‑AA‑CCCCCTTATCTACTCAATTTTGGCTT‑CCACCCCCAAAACCCAGGTCCCCGCCATTAAAATAGCGATAtt < 2:451060/239‑1 (MQ=255) tGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTC‑TACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGGCTT‑GCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCAtt > 1:1205342/1‑239 (MQ=255) tGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTC‑TACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGGCTT‑GCATCCGCAAAAACAAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCAtt > 1:347808/1‑239 (MQ=255) 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acTTATCTACTCGAATTTGGCTT‑GCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTg > 1:685167/1‑83 (MQ=255) ctactaataTTTCGCTT‑GCACCCAAAAAACCCAGTCCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACCATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAACGAAGCGGGAGAACAgg < 2:1066916/231‑1 (MQ=255) tCGAATTTGGCTT‑GCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAACGAAGCGGGAGAACAGgatga > 2:212602/1‑239 (MQ=255) tCGAATTTGGCTT‑GCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAACGAAGCGGGAGAACAGgatga > 1:890054/1‑239 (MQ=255) 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TTTTACGTAGCATTTCTGCATAGCGAAGATTCTTATTCTGCGATAGTTGCGCAACTTCCTGAAAAACAGGAATATCTC‑TACTACAGTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTGACACGAATACAAAATTTTC‑AA‑CACACTTATCTACTCGAATTTGGCTT‑GCATCCGCAAAAACCAGGTCACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAATGTAGCACGCCGCCCTCTTAAGTCAAATTGATTGATAAATAAATTTAAACGAAGCGGGAGAACAGGATGATAATGTGTGATGT > NC_000913/3665468‑3665933 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |