| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,258,996 | 0 | T | G | 30.8% | 131.0 / 20.0 | 78 | V69G (GTG→GGG) | ychH | DUF2583 family putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/43); new base G (24/0); total (35/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.28e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.52e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CCCAGAAAGTTCCGGAGGTGACATATGAAACGCAAAAACGCTTCGTTACTCGGTAACGTGCTCATGGGGTTGGGTCTGGTGGTAATGGTGGTCGGCGTGGGGTATTCAATCCTCAACCAGTTACCACAGTTTAATATGCCCCAGTATTTCGCACATGGTGCAGTGCTAAGTATTTTCGTCGGTGCCATTCTCTGGCTGGCGGGTGCCCGTGT‑TGGCGGGCATGAACAGGTGTG‑CGACCGTTACTGGTGGGTTCGCCACTATGACAAACGTTGCCGCCGTAGCGATAATCGCCGTCATAGCTAACAAATAATGCAGTTTGCTGACCAGTCAGTTTGCGCTGACTGGTCAATCTCGTACTTATAAATCCGCCATCGCCGCGCGACGA‑TTCGGGAAGAACGCCAGGCGTCCCGGGATCGGTTGAATGCCAGCGCGAGCCATAGTGCGCAGTGGC > NC_000913/1258767‑1259217 | cccAGAAAGTTCCGGAGGTGACATATGAAACGCAAAAACGCTTCGTTACTCGGTAACGTGCTCATGGGGTTGGGTCTGGTGGTAATGGTGGTCGGCGTGGGGTATTCAATCCTCAACCAGTTACCACAGTTTAATATGCCCCAGTATTTCGCACATGGTGCAGTGCTAAGTATTTTCGTCGGTGCCATTCTCTGGCTGGCGGGGGGCCGGGTGTGGGGGGGTTGAAAAGGTGTC‑GGAcc > 2:200523/1‑239 (MQ=255)cccAGAAAGTTCCGGAGGAGACATATGAAACGCAAAAACGCTTCGTTACTCGGTAACGTGCTCATGGGGTTGGGTCTGGCGGTAATGGTGGTCGGCGTGGGGGATTCAATCCTCAACCAGTTACCACAGTTTAATATGCCCCAGTATTTCGCACATGGTGCAGTCCTAAGTATTTTCGTCGGTGCCATTCTCTGGCTGGCGGGGGCCCCGGC‑TGGAGGGCATTGACAGTTGTG‑Cg > 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tttCGTCGGTGCCATTCTCTGGCTGGCGGGTGCCCCTGT‑TGGCGGGGCTGAAAAGGGGTG‑GGGCCGGTTCTGGGGGGGTCGCCCCTATGACCAACGTTTCCCCCGTAGCGGTAATCCCCCGCCTAGCCAACaaaaaaatca > 2:1294736/1‑137 (MQ=255) tcgtcgGTGCCATTCTCTGGCTGGCGGGTGCCCGTGT‑TGGCGGGGATGAAAAGGGGTG‑CGACCGGTTCTGGGGGGGTCGCCCCCTTGACAAACGTTGCCGCCGGAGCGATAATCGCCGTCCTAGCTAAAAAATAAAGCAGTTTTCTGACCAGGCAGTTTGCGCTCGCTGGTCAAACTCGTa > 2:756880/1‑181 (MQ=255) cgGTGCCATTCTCTGGCTGGCGGGTGCCCGTGT‑TGGCGGGCATGAACAGGTGTG‑CGACCGTTACTGGTGGGTTCGCCACTATGACAAACGTTGCCGCCGTAGCGATAATCGCCGTCATAGCTAACAAATAATGCAGTTTGCTGACCAGTCAGTTTGCGCTGACTGGTCAATCTCGTACTTATAAATCCGCCATCGCCGCGCGACGA‑TTCGGGAAGAACGCCAGGCGTCCCGGGATCgg < 1:438236/238‑1 (MQ=255) ggTGCCATTCTCTGGCTGGCGGGGGCCCGTGT‑TGGCGGGGATGAACAGGGGTG‑CGACCGGTACtggt > 1:1393811/1‑67 (MQ=255) ggTGCCATTCTCTGGCTGGCGGGGGCCCGTGT‑TGGCGGGCATGGAAAGGGGTGCCGCCCGTT‑CTGGGGGGGTCGCCACTCTGACAAACGTTTCCCCCGTAGGGATAATCGCCGTCCTAGCTAACAAATAATGCAGGTTTCTGAc > 2:607317/1‑144 (MQ=255) gtgccgtcttctGGCTGGAGGGTGCCGGTGT‑TGGCGGGCATGAACAGGTGTG‑CGACCGTGACTGGTGGGTTCGCCACTATGACAAACGTTGCCGCCGTAGCGATAATCGCAGTCATAGCTAACAAATAATGCAGTTTGCTGACCAGTCAGTTTGCGCTGACTGGGCAATCTCGTACTTATAAATCCGCCATCGCCGCGCGACGA‑TTCGGGAAGAACGCCAGGCGTCCCGGGATCGGtt < 2:1042701/229‑1 (MQ=255) gtcccATTCTCTGGCTGGCGGGTGCCCGTGT‑TGGCGGGCATGAACAGGTGTG‑CGACCGTTACTGGTGGGTTCGCCACTATGACAAACGTTGCCGCCGTAGCGATAATCGCCGTCATAGCTAACAAATAATGCAGTTTGCTGACCAGTCAGTTTGCGCTGACTGGTCAATCTCGTACTTATAAATCCGCCATCGCCGCGCGACGA‑TTCGGGAAGAACGCCAGGCGTCCCGGGATCGGtt < 1:1143041/235‑1 (MQ=255) tcgggctgggGGGTGCCCGTGT‑TGGCGGGAAGGAAAGGGTGTG‑GGACGGTTACTGGTGGGTTCGCCAATATGACAAACGTTGCCGCCGTAGCGATAATCGCCGTCATAGCTAACAAATAATGCAGTTTGCTGACCAGTCAGTTTGCGCTGACTGGTCAATCTCGTACTTATAAATCCGCCATCGCCGCGCGACGA‑TTCGGGAAGAACGCCAGGTGTCCCGGGATCGGTTGAATGCCAgc < 2:567204/236‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gtgtG‑CGACCGTTACTGGTGGGTTCGCCACTATGACAAACGTTGCCGCCGTAGCGATAATCGCCGTCATAGCTAACAAATAATGCAGTTTGCTGACCAGTCAGTTTGCGCTGACTGGTCAAtctc > 1:78870/1‑125 (MQ=255) gtgtG‑CGACCGTTACTGGTGGGTTCGCCACTATGACAAACGTTGCCGCCGTAGCGATAATCGCCGTCATAGCTAACAAATAATGCAGTTTGCTGACCAGTCAGTTTGCGCTGACTGGTCAAtctc < 2:78870/125‑1 (MQ=255) | CCCAGAAAGTTCCGGAGGTGACATATGAAACGCAAAAACGCTTCGTTACTCGGTAACGTGCTCATGGGGTTGGGTCTGGTGGTAATGGTGGTCGGCGTGGGGTATTCAATCCTCAACCAGTTACCACAGTTTAATATGCCCCAGTATTTCGCACATGGTGCAGTGCTAAGTATTTTCGTCGGTGCCATTCTCTGGCTGGCGGGTGCCCGTGT‑TGGCGGGCATGAACAGGTGTG‑CGACCGTTACTGGTGGGTTCGCCACTATGACAAACGTTGCCGCCGTAGCGATAATCGCCGTCATAGCTAACAAATAATGCAGTTTGCTGACCAGTCAGTTTGCGCTGACTGGTCAATCTCGTACTTATAAATCCGCCATCGCCGCGCGACGA‑TTCGGGAAGAACGCCAGGCGTCCCGGGATCGGTTGAATGCCAGCGCGAGCCATAGTGCGCAGTGGC > NC_000913/1258767‑1259217 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |