| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 29,496 | 0 | T | A | 30.0% | 107.3 / 20.4 | 50 | intergenic (+301/‑155) | dapB/carA | dihydrodipicolinate reductase/carbamoyl phosphate synthetase small subunit, glutamine amidotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/3); new base A (0/15); total (32/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.63e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAG‑CCACAAAATAATATAAAAAA‑TCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGGGTGTTTTGATTAAGTCAGCGCTATTGGTTCTGGAAGACGGAACCCAGTTTCACGGTCGGGCCATAGGGGCAACAGGTTCGGC > NC_000913/29271‑29727 | tttATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAG‑CCACAAAATAATATAAAAAA‑TCCCGcc > 2:1549344/1‑239 (MQ=255) ttAAATTGTCTATAAGTGCAAAAAATTACTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCTTTTTTTTCTGCTCTTTTTTTTTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCTTTTCCAAAAACAGGTT‑AGATGATTTTTTTGTCGTTTAATCCCTGAAAAACATGCATGAC‑CCAAAAAAAAAAAAAAAAAA‑TCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGcc < 1:59559/239‑1 (MQ=255) ttGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAG‑CCACAAAATAATATAAAAAA‑TCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCata > 1:1256252/1‑238 (MQ=255) ccAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAG‑CCACAAAATAATATAAAAAA‑TCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATgcc > 1:948203/1‑238 (MQ=255) ccAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTT‑AGATGATCTTTATGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAG‑CCACAAAATAATATAAAAAA‑TCCCGCTATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATgcc > 2:703762/1‑238 (MQ=255) 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> 2:1802394/1‑190 (MQ=255) tttAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAG‑CCACAAAATAATATAAAAAA‑TCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCa > 1:1037022/1‑239 (MQ=255) tGTAATTTTTCACTTTGTGGTCCTTTTTTTTCTCCTCTTTTTTTTTTAGTGCTTTTTTCTTGCTACAAAGGCTTTTAAAAGGACAGGTT‑AAATGATTTTTTGGGCACTAAGCCCGTAAAAAAGATG‑ATGGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA‑TCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGAt < 2:1037022/239‑1 (MQ=255) tccttttttttCTCTTCTTTTTTATTTAATGCATCTTTCTGGCTCCGCAGGCTTTTCCCAGAACAGTTT‑AGTTATTTTTTTTGTCGTTTAAGCCCTGAAAAACATACAGGAG‑CAAAAAAAAAAAAAAAAAAC‑CCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATtcgt < 2:780785/192‑1 (MQ=255) 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ttAATGCCTGTAAAACATGCATGAG‑CCACAAAATAATATAAAAAA‑TCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCaaa > 1:1294695/1‑162 (MQ=255) aaacgcttaaaaaaCATGCGTGAC‑CAAAAAAAAAATAAAAAAAT‑CCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGGGTGTTTTGATTAAGTCAGCGCTATTGGTTCTGGAAGACGGAACCCAGTTTCa < 2:1849095/229‑1 (MQ=255) ccctaaaaaaCATGCATG‑G‑CCAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGGGTGTTTTGATTAAGTCAGCGCTATTGGTTCTGGAAGACGGAACCCAGTTTCACGGt < 2:1256252/233‑1 (MQ=255) ttaaaaaCATGCATGAG‑CCAAAAAATAATAAAAAAAC‑TCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGGGTGTTTTGATTAAGTCAGCGCTAt < 2:258616/201‑1 (MQ=255) 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gcatgAG‑CCACAAAATAATATAAAAAA‑TCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCCTTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGGGGGTTTTGATTAAGTCAGCGCTATTGGTTCTGGAAGACGGAACCCAGTTTCACGGTCGGGCCATAggg > 1:1624191/1‑238 (MQ=255) gcatgAG‑CCACAAAATAATATAAAAAA‑TCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGaa > 1:460196/1‑132 (MQ=255) gcatgAG‑CCACAAAATAATATAAAAAA‑TCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGGGTGTTTTGATTAAGTCAGCGCTATTGGTTCTGGa > 1:258616/1‑204 (MQ=255) atgAG‑CCACAAAATAATATAAAAAA‑TCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGGGTGTTTTGATTAAGTCAGCGCTATTGGTTCTGGAAGACGGAACCCAGTTTCACGGTCGGGCCATAGGGGCa > 2:761372/1‑239 (MQ=255) 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tataAAAAA‑TCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAag > 1:79258/1‑131 (MQ=255) tataAAAAA‑TCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTg > 1:1416987/1‑148 (MQ=255) | TTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAATTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAG‑CCACAAAATAATATAAAAAA‑TCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGGGTGTTTTGATTAAGTCAGCGCTATTGGTTCTGGAAGACGGAACCCAGTTTCACGGTCGGGCCATAGGGGCAACAGGTTCGGC > NC_000913/29271‑29727 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |