| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,346,853 | 0 | G | T | 30.1% | 192.4 / 25.5 | 93 | V20L (GTA→TTA) | ymiB | uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/46); new base T (28/0); total (47/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.13e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GTACGATCAGGTTCTGTGGTTTCGGTGGTAGAAAAGCGCAAAACATCGCTGCTTTCCGTCAACCGCCAGTATGGATTGTGCGATCCGAGAAAGTTGTACAACGTTGTGGACTCCCTAACGGTTTTCATGATGCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAACATGACTTACATGAAATTAACGGCGGC‑TAAACGCATTGTTTTTTTTATATATTTATTTGTAATCCAGTTTTGGAAAAACGCCAGTTTTCAAACGAAAGTCAGTTAAAAAATCTGCCTGGATATAACGAAGGTAGAGCGGGGAAATAAACGGCCCATCCATGAGG‑AATGGGCCGTGAAAGGAGATTACGCGACCGGGCGCGCAATAATGCTGCGGGTTTCCATGCGGACTTCGGCAATAGTGACGTCAATAACGTCAGTCACTTTGTAAACCGTTTCACCTTTAATTTGTACAGTGCC > NC_000913/1346615‑1347091 | gaccGATCGGGTTTTTTGGTTTGGGTGGTAAAAAAGCGAAAACCATGGCTTCTTCCCGTAAACCGCCAGTATGGATTGTGCGATCCGAGAAAGTTGTACAACGTTGTGGACTCCCTAACGGTTTTCATGATGCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAACATGACTTACATGAAATTAACGGCGGC‑TAAACGCATTGTTTTTTTTATATATTTATTTg < 1:611555/236‑1 (MQ=255) tACGATCAGGTTCTGTGGTTTCGGTGGTAGAAAAGCGCAAAACATCGCTGCTTTCCGTCAACCGCCAGTATGGATTGTGCGATCCGAGAAAGTTGTACAACGTTGTGGACTCCCTAACGGTTTTCATGATGCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAACATGACTTACATGAAATTAACGGCGGC‑TAAACGCATTGTTTTTTTTATATATTTATTTGt > 1:9335/1‑239 (MQ=255) tCAGGTTCTGTGGTTTCGGTGGTAGAACAGCGCAAAACATCGCTGCTTTCCGTCAATCGCCAGTATGGATTGAGCGATCCGAGAAAGTTGTACAACGTTGTGGACTCCCTAACGGTTTTCATGATGCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAACATGACTTACATGAAATTAACGGCGGC‑TAAACGCAATGTTTTTTTTTCATTTTTATTTTTAATcc > 2:561112/1‑239 (MQ=255) tCAGGTTCTGTGGTTTCGGTGGTAGAAAAGCGCAAAACATCGCTGCTTTCCGTCAACCGCCAGTATGGATTGTTCGATCCGAGAAAGTTATACAATGTTGTGGACTCCCTAACGGTTTTCATGATGCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAACATGACTTACATGAAATTAACGGCGGC‑TAAAAGCATTGTTTTTTTTATATATTTATTTGTAAttc > 1:1376820/1‑237 (MQ=255) 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NC_000913/1346615‑1347091 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |