| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,386,862 | 0 | G | A | 32.1% | 68.6 / 34.6 | 53 | intergenic (+31/‑72) | yfbL/yfbM | putative M28A family peptidase/DUF1877 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/35); new base A (17/0); total (18/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.57e-13 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CGGTATTGATTTCTCTGACCACCTGAATTATTGGCAACACGATATTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGA‑CATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGC‑GAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAAT‑AAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAAC‑CAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACATGACAC‑GCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGG > NC_000913/2386645‑2387089 | cGGTATTGATTTCTCTGACCACCTGAATTATTGGCAACACGATATTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGA‑CATGCACattttatttt > 1:826553/1‑238 (MQ=255) gTATTGATTTCTCTGACCACCTGAATTATTGGCAACACGATATTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGGCTCGAAAAAACCACCAGCCACATTTTTTTTTc > 1:435536/1‑238 (MQ=255) ttctGACCACTTAAATTATTGGCAACACGATATTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGA‑CATGCACATTTTATTTTCCCTCAt < 1:880317/232‑1 (MQ=255) tctGACCACCTGAATTATTGGCAACACGATATTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCCGAAAAAAAGA‑CATGCACATTTTTTTTTTTCTCTTCtttttt > 1:405834/1‑239 (MQ=255) catgtaaaTTATTGACAACACAATATCCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGA‑CATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATg < 2:81160/233‑1 (MQ=255) cTGAATTATTGGCAACACGATATTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCCGAAAAAAAAA‑CATACAAAATTTTTTTTTCCTCTACtttttttatcattt > 2:880317/1‑230 (MQ=255) taatttatgGGAAACAGTATATACCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGA‑CATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGC‑Gaa < 1:922160/235‑1 (MQ=255) aaCACGATATTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGGCCCGAAAAAACGA‑CAAGCACAATTTATTTTTCCTCATCTGTTTTTAAATGT‑GAAACAAGAAAATCa > 1:673246/1‑239 (MQ=255) accatagtactccGCCATAATGATTACTGACTCCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAAGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGA‑CATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGC‑GAAACATGAAATTCaa < 2:508173/228‑1 (MQ=255) cGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGTTCCCGAAAAAAAGA‑CATACTCTATTTTTTTTCCCTCCTCTGTTTTTATATGC‑GTAACAACCAAATCATCCGAGGAAaaat > 1:231956/1‑239 (MQ=255) aTAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAACAA‑CATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTTTTTTTAGATGC‑GAAAAAAGAAAATCAAATGAGGGaaaaa‑aaaa > 1:321356/1‑238 (MQ=255) aTAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAAAGA‑CAAGCACAATTTATTTTTTCTCATCTGTTTTTAGATGC‑GAAAAATGAAAATCAACGGGGGGAaaaa‑aaat > 1:855040/1‑239 (MQ=255) acCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGGTCCGAAAAAACAA‑AAAGCACAATTTTTTTTTCCTTCTCTGTTTTTTGATTA‑GAAAAAAAAAAATCAACGGAGGAAAAAT‑AAATAGGGATGATTg > 2:1023937/1‑235 (MQ=255) aCCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGA‑CATGCACATTTTAGTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGC‑GAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAAT‑AAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGa < 1:273404/235‑1 (MQ=255) 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gAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGA‑CATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGC‑GAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAAT‑AAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAAC‑CAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAAc < 1:184396/239‑1 (MQ=255) cAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGACCTGCAAAAAACA‑AAAAAACACCTTATTTTTCTCCATCTCGTTTATGATAT‑GAAACAAGAAAAATAAAAGAGGAAAAAA‑AAAAAGGGATAAATGGTTATTTTGGAGAAAAAGAATAAAAAAAAAATAAC‑CAACAGAATGAGACTCATGaaaaaaactttat > 2:177805/1‑231 (MQ=255) aaagtgCTCAGGTAGTTGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTACAGAAAAAGCGA‑CATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTGTAAGATGC‑GAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAAT‑AAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAAATTAAC‑CAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAGCCTTTGAt < 2:320276/230‑1 (MQ=255) 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tAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGA‑CATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAATATGC‑GAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAAT‑AAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAAC‑CAACTGCTTGAGTCt < 1:536492/206‑1 (MQ=255) tAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGA‑CATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGC‑GAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAAT‑AAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAAC‑CAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAatat < 1:591229/232‑1 (MQ=255) aGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGA‑CATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGC‑GAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAAT‑AAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAAC‑CAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACATGaca < 1:1023246/239‑1 (MQ=255) 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1:290724/213‑1 (MQ=255) tgtTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGA‑CATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGC‑GAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAAT‑AAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAAC‑CAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGa < 1:241269/216‑1 (MQ=255) ttGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGTTCCCGAAAAAACGA‑CCTGca > 1:806021/1‑61 (MQ=255) ttGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTGCAGAAAAAAAGG‑AAAATTCATTTTTTTTTTCCTCCCCTGCTTTTAGATGC‑GGAAAAACAAAATCTACTGGGGGAAAAA‑AAATGGGGAGGAATGGCTCTCTTGCCTGAAATGACTCAGAAAACAATAACACAACTCTTTGATCTTCCTGAAAAACATTTTTTGGTTAA‑ATAAAATACAT‑GCTTTCCGGCTTACgac > 2:387139/1‑236 (MQ=255) ttGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAAAGA‑CAAGCACATTTTATTTTTCCTCCTCTGTTTTTAAATGC‑GAAACATGAAAATTAACGGAGGAAAAAA‑AAATAGGAATGATTGGCTATTTTTCAGAAAATGACTCAGAAAAGATTAAA‑CAACAGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATAAATAACAC‑GACTTTAGGATTAAGCCg > 1:953560/1‑239 (MQ=255) 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gCGGGTCCAGAAAAAGCGA‑CATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGC‑GAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAAT‑AAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAAC‑CAACTGCTTGAGTCTACTGAGAAACCTTTGAt < 1:987217/167‑1 (MQ=255) tCCAGAAAAAGCGA‑CATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGC‑GAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAAT‑AAATGGGAATGATTGGGTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAAC‑CAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACATGACAC‑GCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTggg < 2:405834/238‑1 (MQ=255) | CGGTATTGATTTCTCTGACCACCTGAATTATTGGCAACACGATATTCCCGCCATAATGATTACTGACACCGCTTTTTATCGTAATAAACAATACCACTTGCCCGGTGATACCGCAGACAGATTGAATTATCAGAAAATGGCTCAGGTAGTGGATGGTGTTATAACTTTGTTATACAACAGTAAATAATAAAAATTTCTCGAGGCGGGTCCAGAAAAAGCGA‑CATGCACATTTTATTTTCCCTCATCTGTTTTAAGATGC‑GAAACATGAAATTCAACGGAGGAAAAAT‑AAATGGGAATGATTGGCTATTTTGCAGAAATTGACTCAGAAAAGATTAAC‑CAACTGCTTGAGTCTACTGAAAAACCTTTGATGGATAATATACATGACAC‑GCTTTCAGGATTACGCCGACTGGATATTGATAAACGCTGGGATTTTTTACACTTTGGG > NC_000913/2386645‑2387089 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |