| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,813,272 | 0 | C | T | 27.6% | 37.3 / 11.2 | 30 | S181L (TCG→TTG) | dfp | fused 4'‑phosphopantothenoylcysteine decarboxylase/phosphopantothenoylcysteine synthetase, FMN‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/21); new base T (8/0); total (9/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.33e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.43e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCC‑GCCATGAACCAGCAGAT‑GTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCA‑TTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAAC‑GTCACGCTGGTATCAGGTCCGGTTTCACTACCGACGCCACCGTTTGTTAAACGTGTTGAT > NC_000913/3813043‑3813480 | gccctgtgaTCGACGATTTTTCTGGCTCCCCCGGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCC‑GCCATGAACCAGCAGAT‑GTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCA‑TTTTTCGCCCGTCaa < 1:1239066/231‑1 (MQ=255) ggTACCGATGATTGGTCGCGCGCCCCCGGCCCCTGTCGTCGCGCCCCCC‑GCCATGAACCAGCAGAT‑GTACCGGGCCGCTGCCCCGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCA‑TTTTTCGCCCGTCAACGAcc < 2:1181889/239‑1 (MQ=255) acgaTTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCC‑GCCATGAACCAGCAGAT‑GTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGGAGGGCACTTTTTGGCCCG‑CAAACACCTCAAACa > 1:464719/1‑239 (MQ=255) cgcCTGTAGCCGTGCTCCCC‑GCCATGAACCAGCAGAT‑GTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTGGGGCG‑TTTTTTGCCCGCCAACAACCCGAAACATCTTAACAATATAATTAccccc > 1:935940/1‑239 (MQ=255) gtggccgtctccccc‑GCAATG‑ACCCGCAGGTGGTACCGTGCGGCTGCCCCGCAGCATAATTAGGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCAGGACAGTGGCAGTCGGGCTTGTGGGGATTTCGGTCCTGGGGGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGGGGATATGGCGGTAGCGCA‑TTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGccc < 2:646404/228‑1 (MQ=255) gtcgcGTGCCCCCCTGCCGTGACCCACCAGAG‑GTACGGTGCCTCTGCCCCCCAGCATAATTTGGGGTGGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCGTCTGGGGGCCAGCCAGTGGCAGTAAGGCTTGTGGGGATTTCGGTCCGGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCA‑TTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCGGAACATTATGATTACCGCCGGccc < 2:464719/235‑1 (MQ=255) ccccc‑GCCATGAACCAGCAGAT‑GTCCCGTGCCGCTGCCCCGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCGGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCA‑TTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGccc < 1:779099/228‑1 (MQ=255) cccc‑GCCATGACCCGGCGGAT‑GTCCCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCGGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTACCCATGGTGGATATGGCGGTAGCGCA‑TTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAAc < 2:426091/239‑1 (MQ=255) gCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCA‑TTTTTCGCCCGTCAACGCCCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATca < 1:296592/239‑1 (MQ=255) tttAGGGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCA‑TTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTGAAc < 1:729227/160‑1 (MQ=255) tttAGAGGTGTTTGCTTCCCGTGGTTTGCTTATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCA‑TTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTtata < 1:1297691/212‑1 (MQ=255) tttAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCA‑TTTTTCGCCCGTCaa < 1:651084/141‑1 (MQ=255) tttAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCA‑TTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGt < 1:817983/204‑1 (MQ=255) cttgcttCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGGAGCGGA‑TTTTTTTCCCCTCCTCGAcccgtaa > 2:651084/1‑136 (MQ=255) tCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGTTCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTGGCGCA‑TTTTTCGCCCGTCAACGCCCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATcgccgc < 1:1249512/239‑1 (MQ=255) ggCCAGCCAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCA‑TTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGccc < 1:721869/142‑1 (MQ=255) 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atatCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGGAGCGCC‑TTTTTTTCCCCTCCACCACCCGAAAAATCTGAACATTTTGATTTACTCCCGCCCCACCCGGGAAACCCCCCACCCCGGGGGGTTTATCACTAATCACCACCCCGGCGAGAggg > 2:534947/1‑171 (MQ=255) gCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCA‑TTTTTCGcc < 2:424803/54‑1 (MQ=255) gAATGCTCGCTCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCA‑TTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAAC‑GTCACGCTGGTATCAGGTCCGGTTTCACTACCGACGCCACCg < 1:244370/239‑1 (MQ=255) gATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCG‑CTTTTTGCCCGTCAAAGAc > 1:424803/1‑54 (MQ=255) tCCGTTACCCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCA‑TTTTTCGCCCGTCAAGGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGa < 1:607521/143‑1 (MQ=255) ctttAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCA‑TTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGccc < 1:734885/83‑1 (MQ=255) tgtgGATATGGCGGTAGCGCA‑TTTTTTGCCCGTCCACGa > 2:761086/1‑39 (MQ=255) gATAGGGCGGTAGCGCA‑TTTTTCGCCCGTCAACGCCCTGAAACATCTGAACTTTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAAC‑GTCACGCTGGTATCAGGTCCGGTTTCACTACCGACGCCACCGTTTGTTaa < 1:901426/221‑1 (MQ=255) gaGCGCA‑TTTTTTGCCCCCCAACCACCCTAAACATCTGAACATTATTATTAACGCCCGCCCCACGCGGGAAACGCTCGATCCGGGGCGGTTTATCTCTAATCACAACTCCCGCAAGATGGGGTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCCTCGCGGCGCGGAC‑GGCACGCTGGGATCAGGGCCGGGTTCACTACCGACGCCACCCGTTGTTTAACGTGTtggt > 2:901426/2‑219 (MQ=255) | GACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCC‑GCCATGAACCAGCAGAT‑GTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATCGGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCA‑TTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTGAACATTATGATTACCGCCGGCCCGACGCGTGAACCGCTCGATCCGGTGCGTTATATCTCTAATCACAGCTCCGGCAAGATGGGTTTTGCTATCGCCGCCGCCGCTGCCCGTCGTGGCGCGAAC‑GTCACGCTGGTATCAGGTCCGGTTTCACTACCGACGCCACCGTTTGTTAAACGTGTTGAT > NC_000913/3813043‑3813480 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |