| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,265,473 | 0 | T | G | 31.3% | 152.8 / 12.7 | 67 | G154G (GGT→GGG) | prfA | peptide chain release factor RF‑1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (5/41); new base G (21/0); total (26/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.07e-13 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CGCAGGATGAACTGCGCGAAGCTAAAGAAAAAAGCGAGCAACTGGAACAGCAATTACAGGTTCTGTTACTGCCAAAAG‑ATCCTGATGACGAACGTAACGCCTTCCTCGAAGTCCGAGCCGGAACCG‑GCGGCGACGAAGCGGCGCTGTTCGCGGGCGATCTGTT‑CCGTATGTACAGCCGTTATGCCGAAGCCCGCCGCTGGCGGGTAGAAATCATGAGCGCCAGCGAGGGTG‑AACATGGTGGTTATAAAGAGATCATCGCCAAAATTAGCGGTGATGGTGTGTATGGTCGTCTGAAATTTGAATCCGGCGGTCATCGCGTGCAACGTGTTCCTGCTACGGAATCGCAGGGTCGTATTCATACTTCTGCTTGTACCGTTGCGGTAATGCCAGAACTGCCTGACGCAGAACTGCCGGACATCAACCCAGCAGAT > NC_000913/1265244‑1265674 | ggagggATGAGCGGCGCGAAGCAAAAAAAAAAAGCGAGCAACGGAAACAGAAATTACAGGTTGTTTTACTGCCAAAAG‑ATCCTGATGACGAACGTACCGCCTTCCTAGAAGTCGGAGCCGGAGCGG‑GGGGCGACGAAGCGGCGCTGTTCGGGGGCGATCTGTT‑CCGTATGTACAGCCGTTATGCCGAAGCCCGCCGCTGGCGGGTAGAAATCATGAGCGCCAGCGAGGGTG‑AACAtgg < 2:1651155/234‑1 (MQ=255)cgcAGGATGACCTGCGCGAAGCAAAAGAAAAAAGCAGGCAACGAGAACAGCAATCACGGGTTCTGTT‑CCGCCAAAAGTACCCTGAGGACGAACGTACCGCCTTCCGCGAAGCCGGAGCCGGAACCG‑GCGGCGACGAAGCGGCGCTGTTCGGGGGCGTTCTGTC‑CCTTATGTCCAGCCGTTAGGCCGAAGCCCGCCGCTGGCGGGTAGAAATCATGAGCGCCAGCGAGGGTG‑AACAtgg < 2:399492/238‑1 (MQ=255)cgcAGGAGAACCGGCGCGAAGCTAAAGAAAAAAGCGAGCAATTGGACAAGCAATTACAGTTTCTGTTACTGCAAAAAG‑ACCCGGATGACGAACGTACCGCTTTCCGCGAAGTCCGAGCCGGACCCG‑GCGGCGACGAAGCGGCGCTGTTCGGGGGCGTTTTGTT‑CCGTATGTACAGCCGTTATGCCGAAGCCCGCCGCTGGCGGGTAGAAATCATGAGCGCCAGCGAGGGTG‑AACAtgg < 2:542642/238‑1 (MQ=255) cgcgAAGCTAAAGAAAAAAGCGAGCAACTGGAACAGCAATTACAGGTTCTGTTACTGCCAAAAG‑ATCCTGATGACGAACGTAACGCCTTCCTCGAAGTCCGAGCCGGAACCG‑GCGGCGACGAAGCGGCGCTGTTCGCGGGCGATCTGTT‑CCGTATGTACAGCCGTTATGCCGAAGCCCGCCGCTGGCGGGGAGAAATCATGGGGGCCAGGGAGGGGGAAACATGGGGGTTTAAAaggat > 1:1065072/1‑236 (MQ=255) gcgAAGCTAAAGAAAAAAGCGAGCAACTGGAACAGCAATTACAGGTTCTGTTACTGCCAAAAG‑ATCCTGATGACGAACGTAACGCCTTCCTCGAAGTCCGAGCCGGAACCG‑GCGGCGACGAAGCGGCGCTGTTCGCGGGCGATCTGTT‑CCGTATGTACAGCCGTTATGCCGAAGCCCGCCGCTGGCGGGGAGAAATCATGAGCGCCAGCGAGGGTG‑AACATGGTGGTTAGAAAGAGatc > 1:1874063/1‑239 (MQ=255) gcgAAGCTAAAGAAAAAAGCGAGCAACTGGAACAGCAATTACAGGTTCTGTTACTGCCAAAAG‑ATCCTGATGACGAACGTAACGCCTTCCTCGAAGTCCGAGCCGGAACCG‑GCGGCGACGAAGCGGCGCTGTTCGCGGGCGATCTGTT‑CCGTATGTACAGCCGTTATGCCGAAGCCCGCCGCTGGCGGGCAGAAATCATGAGGGCCCGCGCGGGGG‑aa > 1:247650/1‑218 (MQ=255) cGAGCAACTGGAACAGCAATTACAGGTTCTGTTACTGCCAAAAG‑ATCCTGATGACGAACGTAACGCCTTCCTCGAAGTCCGAGCCGGAACCG‑GCGGCGACGAAGCGGCGCTGTTCGCGGGCGATCTGTT‑CCGTATGTACAGCCGTTATGCCGAAGCCCGCCGCTGGCGGGTAGAAATCATGAGCGCCAGCGAGGGGG‑AACATGGTGGTTATAAAGAGATCATCGCCAAAATTAGCgggg > 1:1720714/1‑237 (MQ=255) agggATCACCAATTGCGGTTTCTGTTACGGACAAAAA‑GTCCTGATGACAAACTTACCCTCGTCCGCGAATCCCGCGCC‑GAACCGTGCTGCAACGAGGCGGCCCTGTCCGGGGCCGA‑CTGTTCCCGTAGGTCCGCCCTTTTTCCGGAAGCCCGCCGCTGGCGGGTAGAAATCATGAGCGCCAGCGAGGGTG‑AACATGGTGGTTATAAAGAGATCATCGCCAAAATTAGCGGTGATg < 2:1000139/233‑1 (MQ=255) aCAGGTTCTGTTACTGCCAAAAG‑ATCCTGATGACGAACGTAACGCCTTCCTCGAAGTCCGAGCCGGAACCG‑GCGGCGACGAAGCGGCGCTGTTCGCGGGCGATCTGTT‑CCGTATGTACAGCCGTTATGCCGAAGCCCGCCGCTGGCGGGGGGAAATCATGAGCGCCAGGGGGGGGG‑AAAATGGTGGGTATaaa > 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gcgcCGAAGCGGCGCTGTTCGCGGGCTATCTGTT‑CGGTATGTCCAGCCGTTATGCCGAAGCCCGCCGCTGGCGGGTAGAAATCATGAGCGCCAGCGAGGGTG‑AACATGGTGGTTATAAAGAGATCATCGCCAAAATTAGCGGTGATGGTGTGTATGGTCGTCTGAAATTTGAATCCGGCGGTCATCGCGTGCAACGTGTTCCTGCTACGGAATCGCAGGGTCGTATTCATACTTCTGc < 1:558924/238‑1 (MQ=255) ggcgCTGTTCGGGGGGGTTCTGTT‑CCGTATGTACAGCCGTTATGCCGAAGCCCGCCGCTGGCGGGTAGAAATCATGAGCGCCAGCGAGGGTG‑AACATGGTGGTTATAAAGAGATCATCGCCAAAATTAGCGGTGATGGTGTGTATGGTCGTCTGAAATTTGAATCCGGCGGTCATCGCGTGCAACGTGTTCCTGCTACGGAATCGCAGGGTCGTATTCATACTTCTGCTTGTACCGtt < 1:1919892/238‑1 (MQ=255) cTGTCCGCGGGCGATCTTTT‑CCGTATGTACAGCCTTTATGCCGAAGCCCGCCGCTGGCGGGTAGAAATCATGAGCGCCAGCGAGGGTG‑AACATGGTGGTTATAAAGAGATCATCGCCAAAATTAGCGGTGATGGTGTGTATGGTCGTCTGAAATTTGAATCCGGCGGTCATCGCGTGCAACGTGTTCCTGCTACGGAATCGCAGGGTCGTATTCATACTTCTGCTTGTACCGTTGCGGt < 1:459717/239‑1 (MQ=255) gCGATCTTTT‑CGGTATGTACAGCCGTTGCGCCAAATCCCGCCGCTGGCGGGTAGAAATCATGAGCGCCAGCGAGGGTG‑AACATGGTGGTTATAAAGAGATCATCGCCAAAATTAGCGGTGATg < 2:1888917/123‑1 (MQ=255) ggATGTGTT‑CCTTATGTACGGCTGTTATGCCGAGGCCCGCCGCTGGCGGGTAGAAATCATGAGCGCCAGCGAGGGTG‑AACATGGTGGTTATAAAGAGATCATCGCCAAAATTAGCGGTGATGGTGTGTATGGTCGTCTGAAATTTGAATCCGGCGGTCATCGCGTGCAACGTGTTCCTGCTACGGAATCGCAGGGTCGTATTCATACTTCTGCTTGTACCGTTGCGGTAATGCCAGaa < 1:801168/237‑1 (MQ=255) atttGTT‑CGGTATGTACAGCCGTTATGCCGAAGCCCGCCGCTGGCGGGTAGAAATCATGAGCGCCAGCGAGGGTG‑AACATGGTGGTTATAAAGAGATCATCGCCAAAATTAGCGGTGATGGTGTGTATGGTCGTCTGAAATTTGAATCCGGCGGTCATCGCGTGCAACGTGTTCCTGCTACGGAATCGCAGGGTCGTATTCATACTTCTGCTTGTACCGTTGCGGt < 1:721074/223‑1 (MQ=255) aTCTGTT‑CCGTATGTACAGCCGTTATGCCGAAGCCCGCCGCTGGCGGGGAGAAAACATGAGCGCCAGCCGGGGGG‑AACATGGTGGTTTTAAAGAGGTCATCTCCCAAATTAACGGGTATGGGGGGGATGGTCGTTCGGAATTTTGATCCGGCGGGCCTCGCGTGCCACGTGTTACTGCTTCCGGATCCTAGGGTCGTTATCATACTTACGCTTGTACCGGTGTGGGAATGCCAgcaat > 2:742033/1‑234 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |