| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,513,995 | 0 | A | G | 25.8% | 200.1 / 20.0 | 93 | G55G (GGA→GGG) | ydcU | putative ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (16/53); new base G (24/0); total (40/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.77e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTGCCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTATACTTTTGACGATTTCACCATGTCGGTAACGCCGGAACTGACGCTGGCGAATAT‑CCGTGCGCTGTTTAATCCGGCGAATTACGACATCATTCTCCGCACGCTGACTAT‑GGCTGTGGCAGTCA‑CTATCGCCAGCGCCATTCT‑GGCTTTTCCAATGGCGTGGTATATGGCGC‑GCTATACCAGCGGGAAAATGAAAGCGTTTTTTTATATTGCGGTAATGTTGCCGATGTGGGC > NC_000913/1513757‑1514231 | cGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTGCCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGa < 1:140096/239‑1 (MQ=255) gCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTGCCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGAt > 1:2099827/1‑239 (MQ=255) tGATGGTTTCCTGGTCGGGTGATGTGATGGTGGCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTATACTTTTGACGAt < 1:1277053/236‑1 (MQ=255) tttCCTGGTTGCGTGAGGTGTGGGGGCGGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATTTATTGCAATCCCCTTCACGTTCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTATACTTTTGACGATTTCACCAt < 2:2099827/238‑1 (MQ=255) gcgTGATGTGATGGTGCCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGGTGTTTTAACTTTGACGATTTCACCATGTCGGTAACg > 2:1608471/1‑238 (MQ=255) atgGTGCCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTTTACTTTTTACGATTTCACCATGTCGGTAAACCCGGAACTGAc > 1:1715594/1‑239 (MQ=255) ggTGCCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAATCGCCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTATACTTTTGACGATTTCACCATGTCGGTAACGCCGGAACTGACGc < 1:183027/239‑1 (MQ=255) 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gTGAATGGCGATGAATGTATTGCAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGGTTTTATAATTTTTACGATTTCACCATGTCGGGAACGCCGGGACCGACGCCGGGGGATAA‑CCggggggtgt > 1:564785/1‑231 (MQ=255) gTGAATGGCGATGAATGTATTGCAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTATACTTTTGACGCTTTTACCATGTCGGGAAAGCCGGAAATGCAGCTGGCGAATTT‑CCGTGCGCCGt > 1:1792904/1‑239 (MQ=255) aaTGGCGATGAATGTATTGCAATCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGGTTTTTTACTTTTGACGATTTCCCCATGTCGGTAACGCCGGAACTGAAGCTGGCGAATAT‑CCGTGCGCTGTTTa > 1:934332/1‑239 (MQ=255) 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cACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGGTTTTTTAATTTTGAAGATTTCAACATGTCGGTAAAGCCGGAACTGACGCTGGCGAATAT‑CCGTTGGCTGTTTAATTCGGCGAATTTCGACATCATTCTCCg > 1:391637/1‑238 (MQ=255) gTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGTTTTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTATACTTTTGACGATTTCACCATGTCGGTAACGCCGGAACTGACGCTGGCGAATAT‑CCGTGCGCTGTTTAATCCGGCGAATTACGACATCATTCTCCGCACg < 1:2074804/239‑1 (MQ=255) gTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTATACTTTTGACGATTTCACCATGTCGGTAACGCCGGAACTGACGCTGGCGAATAT‑CCGTGCGCTGTTTAATCCGGCGAATTACGACATCATTCTCCGCACg < 1:2013508/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |