| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 231,861 | C→T | 71.8% | T247M (ACG→ATG) | yafD → | endo/exonuclease/phosphatase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 231,861 | 0 | C | T | 71.8% | 64.8 / 27.2 | 43 | T247M (ACG→ATG) | yafD | endo/exonuclease/phosphatase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/6); new base T (13/17); total (19/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 | |||||||||||
ACGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCGTGGATGTCTATAGTAAGCAGTTACTTCCTATTGGCGATCAGATAGCTCACCACAGCGGCCCGGTCATTATGGCGGGAGATTTCAATGCCTGGAGCCGTAGAAGGATGAACGCGTTATATCGCTTTGCGCGGGAAATGTCGCTGCGCCAGGTGCGTTTTACCGATGATCAGCGCCGTCGGGCGTTTGGTCGCCCGCTCGATTTTGTTTTCTACCGTGGTCTGAACGTCAGTGAAGCTTCTGTACTGGTTACGCGCGCT‑TCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGATGTCGTGGCACAAGCTGCCGAAGCCCGGCAACTGAAAAATATCACCACCCGCCAGGGATATGCCGAAAGTCTGCCATTTGCCGATAACGCATTTGATATTGTTATC > NC_000913/231588‑232123 | acGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCGTTGATGTATATAGTAAGCCGTTACTTCCTATTGGCGATCAGATAGCTCACCACAGCTGCCCGGTCATTATGGCGGGAGATTTCAATGCCGGGAGCCGTAGAATGATGAACGCGTTATAGCGCTTTGCGCTGGAAATGTCGCTGCGCCAGGTGCGTTTTACCGATGATCAGCGCCGTCGGGCGTTTGGTCGCCCGCTCGATTTTGTTTTCTACCGTGGTCTGAACGTCAGTGAAGCTTCTGTACTGGTTAcgcgcg < 1:54056/279‑1 (MQ=255) cGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCGTGGATGTCTATAGTAAGCAGTTACTTCCTATTGGCGATCAGATAGCTCACCACAGCGGCCCGGTCATTATGGCGGGAGATTTCAATGCCTGGAGCCGGAGAAGGATGAACGCGGTATATCGCTTTGCGCGGGAAATGTCGCTGCGCCCGGTGCGGTTTACCGCTGATCAGCGCCGTCGGGCGTTTGGTCGCCCGCGCGATTTTGTTTTCTACCGTGGTCTGACCGTCAGTGAAGATTCTGTTCTGGTTAtgc > 2:247108/1‑275 (MQ=255) cGCCGGCAAGGTCAGGGTGGGAGTGGATGTCTATAGTAAGCAGGTAGTGCCTATGGGCGATCAGATAGCGCACCAGAGCGGCCCGGTCATTATGGCGGGAGATGTCAATGCCTGGAGCCGTAGAAGGATGAACGCGGTATATCGCTGTGCGCGGGAAATGTCGCTGCGCCAGGTGCGTTTTACCGATGATCAGCGCCGTCGGGCGTTTGGTCGCCCGCTCGATTTTGTTTTCTACCGTGGTCTGAACGTCAGTGAAGCTTCTGTACTGGTTAtgcgcg < 1:181759/278‑1 (MQ=255) cGTCAACTTCAGTCTGGGCGTGGATGTCTATAGTAAGCAGTTACTTCCTATTGGCGATCAGATAGCTCACCACAGCGGCCCGGTCATTATGGCGGGAGATTTCAATGCCTGGAGCCGTAGAAGGATGAACGCGTTATATCGCTTTGCGCGGGAAATGTCGCTGCGCCAGGTGCGTTTTACCGATGATCAGCGCCGTCGGGCGTTTGGTCGCCCGCTCGATTTTGTTTTCTACCGTGGTCTGAACGTCAGTGAAGCTTCTGTACTGGTTAtgcgcg > 2:521489/1‑275 (MQ=255) 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cTTTGCGCGGGAAATGTCGCTGCGCCAGGTGCGTTTTACCGATGATCAGCGCCGTCGGGCGTTTGGTCGCCCGCTCGATTTTGTTTTCTACCGTGGTCTGAACGTCAGTGAAGCTTCTGTACTGGTTATGCGCGCT‑TCCGATCACAATCCGCTAc > 3:174289/1‑155 (MQ=255) cTTTGCGCGGGAAATGTCGCTGCGCCAGGTGCGTTTTACCGATGATCAGCGCCGTCGGGCGTTTGGTCGCCCGCTCGATTTTGTTTTCTACCGTGGTCTGAACGTCAGTGAAGCTTCTGTACTGGTTATGCGCGCT‑TCCGATCACAATCCGCTAc < 1:174289/155‑1 (MQ=255) tttGCGCGGGAAATGTCGCTGCGCCAGGTGCGTTTTACCGATGATCAGCGCCGTCGGGCGTTTGGTCGCCCGCTCGATTTTGTTTTCTACCGTGGTCTGAACGTCAGTGAAGCTTCTGTACTGGTTACGCGCGCT‑TCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACAt < 1:175539/278‑1 (MQ=255) tggcggggAAATGTTGTTGGGCCAGGGCGGTGTTACCGGTGATAAGGGCCGTCCGGCGGTGGGTAGCCCGCTGGATTTTTTTTCCTGCCGTGGCATGAACGTCAGGGAAGCTTCTGGACTGGTTAGGCGCGCT‑TCCGGTCACAATCCGCTACTCGGTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGGATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCcaca < 4:512159/270‑1 (MQ=255) 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tCTGTACTGGTTATGCGCGCT‑TCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGAT‑AATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGATGTCGTGGCACAAGCTGCCGAAGCCCGGCAACTGAAAAATATCACCACCCGCCAGGGATATGCCGAAAGTCTGCCATTTGCCGATAACGCATTTGATATTGTTATc < 2:147910/275‑1 (MQ=255) tCTGTACTGGTTACGCGCGCT‑TCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGATGTCGTGGCACAAGCTGCCGAAGCCCGGCAACTGAAAAATATcacca > 1:80496/1‑217 (MQ=255) | ACGCCGTCAACTTCAGTCTGGGCGTGGATGTCTATAGTAAGCAGTTACTTCCTATTGGCGATCAGATAGCTCACCACAGCGGCCCGGTCATTATGGCGGGAGATTTCAATGCCTGGAGCCGTAGAAGGATGAACGCGTTATATCGCTTTGCGCGGGAAATGTCGCTGCGCCAGGTGCGTTTTACCGATGATCAGCGCCGTCGGGCGTTTGGTCGCCCGCTCGATTTTGTTTTCTACCGTGGTCTGAACGTCAGTGAAGCTTCTGTACTGGTTACGCGCGCT‑TCCGATCACAATCCGCTACTCGTTGAATTCAGTCCCGGCAAGCCTGATAAATAAGGTATGTCAGGTCTGCCACAGGGCAGACCAACGTTTGGCGCTGCGCAAAACGTGAGCGCGGTGGTGGCGTATGACTTATCTGCCCACATGCTGGATGTCGTGGCACAAGCTGCCGAAGCCCGGCAACTGAAAAATATCACCACCCGCCAGGGATATGCCGAAAGTCTGCCATTTGCCGATAACGCATTTGATATTGTTATC > NC_000913/231588‑232123 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |