| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,183,350 | Δ1 bp | 7.4% | intergenic (+27/+463) | zupT → / ← ribB | zinc transporter/3,4‑dihydroxy‑2‑butanone‑4‑phosphate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,183,350 | 0 | A | . | 7.4% | 313.3 / 18.2 | 94 | intergenic (+27/+463) | zupT/ribB | zinc transporter/3,4‑dihydroxy‑2‑butanone‑4‑phosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (47/40); new base . (3/4); total (50/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.04e-01 | |||||||||||
ATGAATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCAAATGCAGGAAA > NC_000913/3183202‑3183498 | atgaATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCa > 2:786944/1‑149 (MQ=255) gaATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATg > 2:162045/1‑149 (MQ=255) aaTTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATgg > 3:640463/1‑149 (MQ=255) ttAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGAc > 1:591363/1‑149 (MQ=255) aaTGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACaa < 3:645316/149‑1 (MQ=255) aTGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAAc > 4:334469/1‑149 (MQ=255) aTGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAAc < 1:193989/149‑1 (MQ=255) aTGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAAc < 3:334469/149‑1 (MQ=255) ccGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCATGCGC‑TGGACAACTTc < 1:159744/149‑1 (MQ=255) cTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGc < 1:245681/149‑1 (MQ=255) cTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGc > 4:182021/1‑149 (MQ=255) tCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCATGCGC‑TGGACAACTTCTgat < 2:847391/149‑3 (MQ=255) ccAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGc < 3:199469/149‑1 (MQ=255) 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ccAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGAGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTc < 4:329773/149‑1 (MQ=255) cAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCg > 4:432529/1‑149 (MQ=255) cAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCg < 4:472271/149‑1 (MQ=255) tATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTg > 1:596668/1‑149 (MQ=255) gTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGtctctt < 1:191950/149‑1 (MQ=255) 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aTCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATa > 1:770543/1‑149 (MQ=255) aTCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTAACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATa > 2:91606/1‑149 (MQ=255) tCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATaa > 3:399474/1‑149 (MQ=255) tCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATaa < 2:643982/149‑1 (MQ=255) cAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATAAc < 1:352865/149‑1 (MQ=255) cAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATAAc < 2:596668/149‑1 (MQ=255) gAAGTTGTCCATGCGC‑TGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATAACGt > 1:180329/1‑149 (MQ=255) aaGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCGTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTCCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATAACGtt < 4:691837/149‑1 (MQ=255) tCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCAAAt > 1:280865/1‑149 (MQ=255) a‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCAAATGCa < 4:529672/149‑1 (MQ=255) a‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCAAATGCa < 3:432529/149‑1 (MQ=255) a‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCAAATGCa < 2:770543/149‑1 (MQ=255) gcgcATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTTAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCAAATGCAg > 3:557841/1‑149 (MQ=255) aTGGACAAGTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGCATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCGGACAATAACGTTTCAAATGCAGGaaa < 3:536678/149‑1 (MQ=255) | ATGAATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCAAATGCAGGAAA > NC_000913/3183202‑3183498 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |