| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 734183 = | 86 (0.700) | 11 (0.090) | 5/512 | 10.6 | 11.5% | pseudogene (51/1521 nt) | rhsO | pseudogene, Rhs family |
| ? | NC_000913 | = 3621805 | NA (NA) | coding (2614/4236 nt) | rhsB | Rhs protein with DUF4329 family putative toxin domain; putative neighboring cell growth inhibitor | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGGATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCG‑GCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGC‑AGGCTGACGGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACGGATGATGAGCGCACCCACCGGTACCATTACGACAGTCAGCACCGG‑CTGGTGCACTACACGCGGA‑CACAATATGCAGAGCCGCTGGTCGAAAGCCGCTATCTTTACGACCCGCTGGGCCG > NC_000913/733915‑734449 | tgatgGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGGATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATACCGTATGACACAGACCCG‑GCAGGTAAACCCCTGCCAGAcc > 4:388280/1‑276 (MQ=255) gttaagttggtttCCTACATGTATAGTATTATTTATTTATCTAATATTTATAGAGGCTTTATCAGACATTATTGGCGTAAATATTGATAGTAAGTATATTATGACGATAATAATATGGGTTTATTTTCTGTCAGGAGAGTATATTCAATTGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAGACAAATAAATTAAGTTAAGTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCG‑GCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGa < 4:83723/266‑1 (MQ=255) gTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGGATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCG‑GCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCAc < 2:388280/275‑1 (MQ=255) aCAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGAGTAATGATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCG‑GCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAg < 2:338299/275‑1 (MQ=255) ggCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGGATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGTCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCT‑GCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGGGCCGCACCCGGACAGCAc > 2:612587/1‑275 (MQ=255) ggCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGGATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCG‑GCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCAc < 1:15853/275‑1 (MQ=255) atatTATTATTTAGTGGTTTAAAATGTATAGGGACTGTATCAGACATTTTTGGCTTTAGGATTGATAGAGAGTATATTATTGGGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCG‑GCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCt < 4:612587/275‑1 (MQ=38) tttATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGGATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTCATTGCTCTTATTATTATATGTAACATGGGCATTGATATCACGTATGCCACAGACCCG‑GCAGGTAACCTCCTGCCCGACACGGAGCTGAACCCGGACAGCACCCCCATCagatgg > 4:201986/1‑271 (MQ=255) tGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGGATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCG‑GCAGGTAACTGCCTGCCTGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCg > 1:210669/1‑274 (MQ=255) tGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGGATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCG‑GCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCAGGACAGCACCCTCAGCATGTGCCCga > 2:404704/1‑274 (MQ=255) 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tattGGCGTAAGGATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCG‑GCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCtt > 1:42122/1‑274 (MQ=255) tattGGCGTAAGGATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATCGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCG‑GCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACCGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCCCCCGTGACCCGCACCATCtgt > 4:406414/1‑273 (MQ=255) ggCGTAAGTATTGATAGTAATTATATTATGGCGATAAAAATATGGCTGTATGTTCGGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGGATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATTCCACAGACCCG‑GCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCa < 3:422040/263‑1 (MQ=255) 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tgggTATATTCAATGGTTTGAATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAAGTAAGTTAATTGATCTTATTATTATATGTAACCTAGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCG‑GCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCAACCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCGCGTGACGCGCACTATCTTGACCGGTATGACCGTCACGGC‑AGGCTGACGGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCa < 1:322971/274‑1 (MQ=255) aggGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGAATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGATATCCCGTATGCCACAGACCCG‑GCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGC‑AGGCTGACGGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCa < 3:42122/275‑1 (MQ=255) gTATATTAAATGGTTTTTTTTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATTTAACCTGGGCATTTATAGCCCGTATGCCACAGACCCG‑GCAGGTAACCGCCTGCCCGACCCGGAGCTGCACCCGGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGC‑AGGCTGACGGAGAAAACCGACCTCATCCCGGAAGGGGTTATCCGCACgg < 3:203763/275‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |