| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,875,532 | 0 | A | T | 21.6% | 142.3 / 11.5 | 75 | H32L (CAT→CTT) | yidX | putative lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (34/24); new base T (16/0); total (51/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.32e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CGTGTAATGTAGTACAAACTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGA‑GGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGA‑TGCTTTCAGGCTGTATCTCGTA‑TGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTAACCGGCACAATATTCAGGTTGCCGATGACGCAAGATTTGTTTTAAATGCGGGGAAAAAGAAATTTACCGGCACAATATCGCTTTACTACTACTGGAAT > NC_000913/3875263‑3875806 | cgtgTAATGTAGTACAAACTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGA‑GGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGA‑TGCTTTCAGGCTGTATCTCGTA‑TGCTGTGTTTTCCCATAccac > 2:408606/1‑274 (MQ=255) tGTAGTACAAACTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGA‑GGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGA‑TGCTTTCAGGCTGTATCTCGTA‑TGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAggg < 3:413491/275‑1 (MQ=255) tGTAATACAAAATTAATTTGTTGTACATAAATTTCGATAAAAAAAAGAAAAATGAAAAAAAAAATTGAATGCGTAGGGAAAAAATCTGAAAAGGGATATCAAGCGCTAAACAGGA‑GGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGA‑TGCTTTCAGGCTGTATCTCGTA‑TGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAggg < 3:365042/275‑1 (MQ=255) taCAAACTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGA‑GGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGA‑TGCTTTCAGGCTGTATCTCGTA‑TGCTGTGGTTTCCTTTAACGAAAAGGGTAGtt > 1:197585/1‑275 (MQ=255) taCAAACTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGA‑GGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGA‑TGCTTTCAGGCTGTATCTCGTA‑TGCCGTGGTTTGCTTGACCACAAAGGGTAgct > 1:72924/1‑273 (MQ=255) taCAAACTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGAATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGA‑GGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGA‑TGCTTTCAGGCTGTATCTCGTA‑TGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGtt < 3:362993/275‑1 (MQ=255) aCTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGC‑GGGAAAGAAGAGTATGCTTGCAACGGCTTAGCTACTAGTTTAAAGGATTAATCCAGAAGTTGAACTTTAAGGGATTTTTAAAGTCTGCCGGGTTATTCACACCGGCGGTGA‑TGGTTTCAGGCTGCATCCCGTA‑TGCTATGGCTCTCCACACCTCAAAGGGTAGttggtgc > 3:454829/1‑270 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |