| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 192,573:1 | +G | 5.2% | coding (719/726 nt) | pyrH → | uridylate kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 192,573 | 1 | . | G | 5.2% | 611.3 / 27.5 | 135 | coding (719/726 nt) | pyrH | uridylate kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (61/67); new base G (4/3); total (65/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.27e-01 | |||||||||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
GGAAAAAGAGCTGAAAGTCATGGACCTGGCGGCCTTCACGCTGGCTCGTGACCATAAATTACCGATTCGTGTTTTCAATATGAACAAACCGGGTGCGCTGCGCCGTGTGGTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCAC‑GGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGCGTAAGTCTGGTTATAAGGCGTTATTGTTGCAGGCAGTTTGGTCACGGCCAGCGCGCAGCAACCGGAGCGTACAAAAGTACGTGAGGATGG > NC_000913/192433‑192721 | ggAAAAAGAGCTGAAAGTCATGGACCTGGCGGCCTTCACGCTGGCTCGTGACCATAAATTACCGATTCGTGTTTTCAATATGAACAAACCGGGTGCGCTGCGCCGTGTGGTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCAC‑GGaataat > 4:1100140/1‑149 (MQ=255) gAAAAAGAGCTGAAAGTCATGGACCTGGCGGCCTTCACGCTGGCTCGTGACCATAAATTACCGATTCGTGTTTTCAATATGAACAAACCGGGTGCGCTGCGCCGTGTGGTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCAC‑g < 4:386706/141‑1 (MQ=255) gAAAAAGAGCTGAAAGTCATGGACCTGGCGGCCTTCACGCTGGCTCGTGACCATAAATTACCGATTCGTGTTTTCAATATGAACAAACCGGGTGCGCTGCGCCGTGTGGTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCAC‑g > 3:386706/1‑141 (MQ=255) aaaaaGAGCTGAAAGTCATGGACCTGGCGGCCTTCACGCTGGCTCGTGACCATAAATTACCGATTCGTGTTTTCAATATGAACAAACCGGGTGCGCTGCGCCGTGTGGTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCAC‑GGAATAATTc < 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> 2:1277617/1‑149 (MQ=255) aCCATAAATTACCGATTCGTGTTTTCAATATGAACAAACCGGGTGCGCTGCGCCGTGTGGTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCAC‑GGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGc < 1:460028/149‑1 (MQ=255) aTAAATTACCGATTCGTGTTTTCAATATGAACAAACCGGGTGCGCTGCGCCGTGTGGTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCAC‑GGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTaa > 1:428773/1‑133 (MQ=255) aTAAATTACCGATTCGTGTTTTCAATATGAACAAACCGGGTGCGCTGCGCCGTGTGGTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCAC‑GGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGAGTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGCGTa > 1:1407425/1‑149 (MQ=255) tAAATTACCGATTCGTGTTTTCAATATGAACAAACCGGGTGCGCTGCGCCGTGTGGTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCAC‑GGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCcg > 3:1308543/1‑127 (MQ=255) tAAATTACCGATTCGTGTTTTCAATATGAACAAACCGGGTGCGCTGCGCCGTGTGGTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCAC‑GGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCcg < 4:1308543/127‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ggACTTTAATCAC‑GGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGCGTAAGTCTGGTTATAAGGCGTTATTGTTgc < 4:827808/101‑1 (MQ=255) ggACTTTAATCAC‑GGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGCGTAAGTCTGGTTATAAGGCGTTATTGTTgc < 3:834203/101‑1 (MQ=255) ggACTTTAATCAC‑GGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGCGTAAGTCTGGTTATAAGGCGTTATTGTTgc > 3:827808/1‑101 (MQ=255) aCTTTAATCAC‑GGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGCGTAAGTCTGGTTATAAGGCGTTAttgtt < 1:296638/97‑1 (MQ=255) aCTTTAATCAC‑GGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGCGTAAGTCTGGTTATAAGGCGTTAttgtt > 2:296638/1‑97 (MQ=255) cTTTAATCAC‑GGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGCGTAAGTCt > 4:1405814/1‑76 (MQ=255) cTTTAATCAC‑GGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGCGTAAGTCt < 3:1405814/76‑1 (MQ=255) aTCACGGGAATTATT‑CCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGCGTAAGTCTGGTTATAAGGCGtt > 1:783238/1‑85 (MQ=255) aTCACGGGAATTATT‑CCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGCGTAAGTCTGGTTATAAGGCGtt < 2:783238/85‑1 (MQ=255) aTCACGGGAATTATT‑CCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGCGTAAGTCTGGTTATAAGGCGTTATTGTTGCAGGCAGTTTGGTCACGGCCAGCGCGCAGCAACCGGAGCGTACAAAAGTACGTGAgg > 2:1065660/1‑149 (MQ=255) tCAC‑GGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGCGTAAGTCTGGTTATAAGGCGTTATTGTTGCAGGCAGTTTGGt > 1:3091/1‑104 (MQ=255) tCAC‑GGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGCGTAAGTCTGGTTATAAGGCGTTATTGTTGCAGGCAGTTTGGt < 2:3091/104‑1 (MQ=255) tCAC‑GGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGCGTAAGTCTGGTTATAAGGCGTTATTGTTGCAGGCAGTTTGGTCACGGCCAGCGCGCAGCAACCGGa < 4:150583/128‑1 (MQ=255) tCAC‑GGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGCGTAAGTCTGGTTATAAGGCGTTATTGTTGCAGGCAGTTTGGTCACGGCCAGCGCGCAGCAACCGGa > 3:150583/1‑128 (MQ=255) tCAC‑GGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGCGTAAGTCTGGTTATAAGGCGTTATTGTTGCAGGCAGTTTGGTCACGGCCAGCGCGCAGCAACCGGAGCGTACAAAAGTACGTGAGGa > 2:942355/1‑149 (MQ=255) cAC‑GGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGCGTAAGTCTGGTTATAAGGCGTTATTGTTGCAGGCAGTTTGGTCACGGCCAGCGCGCAGCAACCGGAGCGTACAAAAGTACGTGAGGAt < 4:252673/149‑1 (MQ=255) aC‑GGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGCGTAAGTCTGGTTATAAGGCGTTATTGTTGCAGGCAGTTTGGTCACGGCCAGCGCGCAGCAACCGGa < 4:647137/126‑1 (MQ=255) aC‑GGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGCGTAAGTCTGGTTATAAGGCGTTATTGTTGCAGGCAGTTTGGTCACGGCCAGCGCGCAGCAACCGGa > 3:647137/1‑126 (MQ=255) c‑GGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGCGTAAGTCTGGTTATAAGGCGTTATTGTTGCAGGCAGTTTGGTCACGGCCAGCGCGCAGCAACCGGAGCGTACAAAAGTACGTGAGGATgg > 3:1327468/1‑149 (MQ=255) c‑GGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGCGTAAGTCTGGTTATAAGGCGTTATTGTTGCAGGCAGTTTGGTCACGGCCAGCGCGCAGCAACCGGAGCGTACAAAAGTACGTGAGGATgg < 1:942355/149‑1 (MQ=255) | GGAAAAAGAGCTGAAAGTCATGGACCTGGCGGCCTTCACGCTGGCTCGTGACCATAAATTACCGATTCGTGTTTTCAATATGAACAAACCGGGTGCGCTGCGCCGTGTGGTAATGGGTGAAAAAGAAGGGACTTTAATCAC‑GGAATAATTCCCGTGATGGATAAATAAGGGTAAGATTCCGCGTAAGTATCGCGGGGGCGTAAGTCTGGTTATAAGGCGTTATTGTTGCAGGCAGTTTGGTCACGGCCAGCGCGCAGCAACCGGAGCGTACAAAAGTACGTGAGGATGG > NC_000913/192433‑192721 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |