| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,764,701 | G→A | 11.1% | intergenic (‑315/+12) | sufA ← / ← rydB | Fe‑S cluster assembly protein/novel sRNA, function unknown |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,764,701 | 0 | G | A | 11.1% | 178.3 / 10.3 | 62 | intergenic (‑315/+12) | sufA/rydB | Fe‑S cluster assembly protein/novel sRNA, function unknown |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/29); new base A (4/3); total (30/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTG‑CGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATC > NC_000913/1764554‑1764842 | aTCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTG‑CGACACAGGc < 3:97270/149‑1 (MQ=255) aTTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTG‑CGACACAGGCTTAAg < 1:138599/149‑1 (MQ=255) aTGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTG‑CGACACAGGCTTAAg > 1:1152812/1‑138 (MQ=255) aTGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTG‑CGACACAGGCTTAAg < 2:1152812/138‑1 (MQ=255) tgtgATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTG‑CGACACAGGc < 3:461364/105‑1 (MQ=255) tgtgATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTG‑CGACACAGGc > 4:461364/1‑105 (MQ=255) gatgaAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGCCTGTG‑TCGCACAGACTTaa > 4:1283991/1‑106 (MQ=38) aaaagaaaaagTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTG‑CGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTa > 4:247770/1‑149 (MQ=255) aaagaaaaagTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTG‑CGACACAGGCtt < 3:312261/98‑1 (MQ=255) aaagaaaaagTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTG‑CGACACAGGCtt > 4:312261/1‑98 (MQ=255) ttGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTG‑CGACACAGGCTTAAg < 1:1309478/91‑1 (MQ=255) 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ttAAGCCTGTG‑TCGCACAGACTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAg < 4:606378/83‑1 (MQ=37) ttAAGCCTGTG‑TCGCACAGACTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAg > 3:606378/1‑83 (MQ=25) aaGTCTGTG‑CGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACTCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTAttttt < 4:966345/149‑1 (MQ=255) aaGTCTGTG‑CGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTg < 2:772552/66‑1 (MQ=255) aaGTCTGTG‑CGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTg > 1:772552/1‑66 (MQ=255) gTCTGTG‑CGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCtt < 4:598450/45‑1 (MQ=255) gTCTGTG‑CGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCtt > 3:598450/1‑45 (MQ=255) tCTGTG‑CGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCtt > 4:896625/1‑44 (MQ=255) tCTGTG‑CGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCtt < 3:896625/44‑1 (MQ=255) 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4:977394/1‑130 (MQ=255) gCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGta > 1:728563/1‑124 (MQ=255) gCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTAATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGta < 2:728563/124‑1 (MQ=255) | ATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTG‑CGACACAGGCTTAAGGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATC > NC_000913/1764554‑1764842 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |