| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 1,293,015 | IS1 (+) +8 bp | intergenic (‑93/‑505) | hns ← / → tdk | global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1293015 = | 1 (0.010) | 129 (0.990) | 77/518 | 0.3 | 99.2% | intergenic (‑93/‑512) | hns/tdk | global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
| ? | NC_000913 | = 4519239 | NA (NA) | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 1293022 | 1 (0.010) | 114 (0.880) | 69/518 | 0.5 | 99.1% | intergenic (‑100/‑505) | hns/tdk | global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
| ? | NC_000913 | 4518472 = | NA (NA) | noncoding (1/768 nt) | IS1 | repeat region | |||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
GGAGATAGTGCAATACTAAGTCCATGCTCTTATTGCGACTGTTCTACTTTTCATCATTCGCTTAATAGGGAATTCTCGTAAACACAACTAATACAGAAGACTGAAAGGTCGTCAGCCTACGATAATCT‑CCCCATAAAATGTGACATGAATCAGGAAGTTTTAACCTCACGTGCTGCGAAATCATCGGTGTAAATAGGGCTATATGCCGCGTCTTTTCTGGCTAATTTTATGAAAAGATATTTATTGGCGGCACAAAATAAAGAACAATTTTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/1293286‑1293015‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTAATGACTCCAACTTACTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACCTTGTCATGCAACTCCACCGATTTTGAGAACGACAGTAACTTCCGTCCCAGCCTTGCCAGATGTTGTCTCAGATTCAGATTATGTCGCTCAATGCGCTGAGTGTAACGCTTGCTGATAACGTGCAGCTTTCCCTTCAGGCGTGATTCATACAGCGGCCAGCCATCCGTCATCTATACCACGACCTCAAAGGCCGACAGCAGGCTCAGAAGACGCTCCAG < NC_000913/4519239‑4518967 GGAGATAGTGAAATACTAAGTCCATGCTCTTATTGCGACTGTTCTACTTTTCATCATTCGCTTAATAGGGAATTCTCGTAAACACAACTAATACAGAAGACTGAAAGGTCGTCAGCCTACGATAATCT‑CCCCATAAAATGTGACATGAATCAGGAAGTTTTAACCTCACGTGCTGCGAAATCATCGGTGTAAATAGGGCTATATGCCGCGTCTTTTCTGGCTAATTTTATGAAAAGATATTTATTGGCGGCACAAAATAAAGAACAATTTTGGGTAAT < 4:47554/278‑1 ATAGTGCAATACTAAGTCCATGCTCTTATTGCGACTGTTCTACTTTTCATCATTCGCTTAATAGGGAATTCTCGTAAACACAACTAATACAGAAGACTGAAAGGTCGTCAGCCTACGATAATCT‑CCCCATAAAATGTGACATGAATCAGGAAGTTTTAACCTCACGTGCTGCGAAATCATCGGTGTAAATAGGGCTATATGCCGCGTCTTTTCTGGCTAATTTTATGAAAAGATATTTATTGGCGGCACAAAATAAAGAACAATTTTGGGTAATGACT < 2:439070/278‑1 TAGTGCAATACTAAGTCCATGCTCTTATTGCGACTGTTCTACTTTTCATCATTCGCTTAATAGGGAATTCTCGTAAACACAACTAATACAGAAGACTGAAAGGTCGTCAGCCTACGATAATCT‑CCCCATAAAATGTGACATGAATCAGGAAGTTTTAACCTCACGTGCTGCGAAATCATCGGTGTAAATAGGGCTATATTCCTCGTCTTTTCTGGCTAATTTTATGAATAGATATTTATTGGCTGCAGCAAATAAAGCACAATTTTGGGTAATTAC > 4:467568/1‑276 atTGCAATAATAAGTCCATGATCTTATTGCGACTGTTCTACTTTTCATCATTCGCTGAATAGGGAATTCTCGTAAACACAACTAATACAGAAGACTGAAAGGTCGTCAGCCTACGATAATCT‑CCCCATAAAATGTGACATGAATCAGGAAGTTTTAACCTCACGTGCTGCGAAATCATCGGTGTAAATAGGGCTATATGCCGCGTCTTTTCTGGCTAATTTTATGAAAAGATATTTATTGGCGGCACAAAATAAAGAACAATTTTGGGTAATGACTCC < 2:185171/276‑1 aattCAATACTAATGCCATGCTCTTATTGCGACTGTTCTACTTTTCATCATTCGCTGAATAGGGAATTCTCGTAAACACAACGAATACAGAAGACTGAAAGGTCGTCAGCCTACGATAATCT‑CCCCATAAAATGTGACATGAATCAGGAAGTTTTAACCTCACGTGCTGCGAAATCATCGGTGTAAANAGGGCTATATGCCGCGTCTTTTCTGGCTAATTTTATGAAAAGATATTTATTGGCGGCACAAAATAAAGAACAATTTTGGGTAATGACTCC < 4:303477/274‑1 ttaaatcctattgCCATGTTCTTATTGCGACTGTTTTACTTTTCATCAGTCGCTTAATAGGGAATTCTCGTAAACACAACTAATACAGAAGACTGAAAGGTCGTCAGCCTACGATAATCT‑CCCCATAAAATGTGACATGAATCAGGAAGTTTTAACCTCACGTGCTGCGAAATCATCGGTGTAAATAGGGCTATATGCCGCGTCTTTTCTGGCTAATTTTATGAAAAGATATTTATTGGCGGCACAAAATAAAGAACAATTTTGGGTAATGACTCCAA < 4:30010/265‑1 TAAGTCCATGCTCTTATTGCGACTGTTCTACTTTTCATCATTCGCTTAATAGGGAATTCTCGTAAACACAACTAATACAGAAGACTGAAAGGTCGTCAGCCTACGATAATCT‑CCCCATAAAATGTGACATGAATCAGGAAGTTTTAACCTCACGTGCTGCGAAATCATCGGTGTAAATAGGGCTATATGCCGCGTCTTTTCTGGCTAATTTTATGAAAAGATATTTATTGGCGGCACAAAATAAAGAACAATTTTGGGTAATGACTCCAACTT < 1:625542/273‑1 aaTCCATTGTCTTATTGCACATGTGCTACGTTTCAGCATTCGCTTAATAGGGAATTCTATTAATCAAAACTCATACAGAAGACTGAAACGTCGTTAGCCTACGATAATAT‑CCCCATAAAATGTGACATGAATCAGGAAGTTTTAACCTCACGTGCTGCGAAATAATCGGTGTAAATAGGGCTATATGCCGCGTCTTTTCTGGCTAATTTTATGAAAAGATATTTATTGGCGGCACAAAATAAAGAACAATTTTGGGTAATGACTCCAACTTACTGATA < 4:541031/276‑1 AGTCCATGCTCTTATTGCGACTGTTCTACTTTTCATCATTCGCTTAATAGGGAATTCTCGTAAACACAACTAATACAGAAGACTGAAAGGTCGTCAGCCTACGATAATCT‑CCCCATAAAATGTGACATGAATCAGGAAGTTTTAACCTCACGTGCTGCGAAATCATCGGTGTAAATAGGGCTATATGCCGCGTCTTTTCTGGCTAATTTTATGAAAAGATATTTATTGGCGGCACAAAATAAAGAACACTTTTGGGTAATGACTCCAACTTACTGATA > 2:92207/1‑278 AGTCCATGCTCTTATTGCGACTGTTCTACTTTTCATCATTCGCTTAATAGGGAATTCTCGTAAACACAACTAATACAGAAGACTGAAAGGTCGTCAGCCTACGATAATCT‑CCCCATAAAATGTGACATGAATCAGGAAGTTTTAACCTCACGTGCTGCGAAATCATCGGTGTAAATAGGGCTATATGCCGCGTCTTTTCTGGCTAATTTTATGAAAAGATATTTATTGGCGGCACAAAATAAAGAACAATTTTGGGTAATGACTCCAACTTACTGATA > 2:536214/1‑278 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CTGTTCTACTTTTCATCATTCGCTTAATAGGGAATTCTCGTAAACACAACTAATACAGAAGACTGAAAGGTCGTCAGCCTACGATAATCT‑CCCCATAAAATGTGACATGAATCAGGAAGTTTTAACCTCACGTGCTGCGAAATCATCGGTGTAAATAGGGCTATATGCCGCGTCTTTTCTGGTTAATTTTATGAAAAGATATTTATTGGCGGCACAAAATAAAGAACAATTTTGGGTAATGACTCCAACTTACTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAA < 2:322381/277‑1 TTCTACTTTTCATCATTCGCTTAATAGGGAATTCTCGTAAACACAACTAATACAGAAGACTGAAAGGTCGTCAGCCTACGATAATCT‑CCCCATAAAATGTGACATGAATCAGGAAGTTTTAACCTCACGTGCTGCGAAATCATCGGTGTAAATAGGGCTATATGCCGCGTCTTTTCTGGCTAATTTTATGAAAAGATATTTATTGGCGGCACAAAATAAAGAACAATTTTGGGTAATGACTCCAACTTACTGATAGTGTTTTA > 1:403614/1‑263 TCTACTTTTCATCATTAGCTTAATAGGGAAGTCTCGTAAACACAACTAATACAGAAGACTGAAAGGTCGTCAGCCTACGATAATCTCCCCCATAAAATGTGACATGAATCAGGAAGTTTTAACCTCACGTGCTGCTAAATCATCGGTGTAAATAGGGCTATATGCCGCGTCTTTTCTGGCTAATTTTATGAAAAGATATTTATTGGCGGCACAAAATAAAGAACAATTTTGGGTAATGACTCCAACTTACTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCC < 2:239566/278‑1 TTTTCATCATTCGCTTAATAGGGAATTCTCGTAAACACAACTAATACAGAAGACTGAAAGGTCGTCAGCCTACGATAATCT‑CCCCATAAAATGTGACATGAATCAGGAAGTTTTAACCTCACGTGCTGCGAAATCATCGGTGTAAATAGGGCTATATGCCGCGTCTTTTCTGGCTAATTTTATGAAAAGATATTTATTGGCGGCACAAAATAAAGAACAATTTTGGGTAATGACTCCAACTTACTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGA < 3:376085/275‑1 CATCATTCGCTTAATAGGGAATTCTCGTAAACACAACTAATACAGAAGACTGAAAGGTCGTCAGCCTACGATAATCT‑CCCCATAAAATGTGACATGAATCAGGAAGTTTTAACCTCACGTGCTGCGAAATCATCGGTGTAAATAGGGCTATATGCCGCGTCTTTTCTGGCTAATTTTATGAAAAGATATTTATTGGCGGCACAAAATAAAGAACAATTTTGGGTAATGACTCCAACTTACTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGA > 1:284867/1‑274 CATCATTCGCTTAATAGGGAATTCTCGTAAACACAACTAATACAGAAGACTGAAAGGTCGTCAGCCTACGATAATCT‑CCCCATAAAATGTGACATGAATCAGGAAGTTTTAACCTCACGTGCTGCGAAATCATCGGTGTAAATAGGGCTATATGCCGCGTCTTTTCTGGCTAATTTTATGAAAAGATATTTATTGGCGGCACAAAATAAAGAACAATTTTGGGTAA > 2:259135/1‑226 ATCATTCGCTTAATAGGGAATTCTCGTAAACACAACTAATACAGAAGACTGAAAGGTCGTCAGCCTACGATAATCT‑CCCCATAAAATGTGACATGAATCAGGAAGTTTTAACCTCACGTGCTGCGAAATCATCGGTGTAAATAGGGCTATATGCCGCGTCTTTTCTGGCTAATTTTATGAAAAGATATTTATTGGCGGCACAAAATAAAGAACAATTTTGGGTAAT < 4:259135/226‑1 ATTCGCTTAATAAGGAATTCTCGTAAACACAACTAATACAGAAGACTGAAAGGTCGTCAGCCTACGATAATCT‑CCCCATAAAATGGTACATGAATCAGGAAGTTTTAACCTCACGTGCTGCGAAATCATCGGTGTAAATAGGGCTATATGCCGCGTCTTTTCTGGCTAATTTTATGAAAAGATATTTATTGGCGGCACAAAATAAAGAACAATTTTGGGTAATGACTCCAACTTACTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACCTTG < 1:710759/275‑1 TTCGCTTAATAGGGAATTCTCGTAAACACAACTAATACAGAAGACTGAAAGGTCGTCAGCCTACGATAATCT‑CCCCATAAAATGTGACATGAATCAGGAAGTTTTAACCTCACGTGCTGCGAAATCATCGGTGTAAATAGGGCTATATGCCGCGTCTTTTCTGGCTAATTTTATGAAAAGATATTTATTGGCGGCACAAAATAAAGAACAATTTTGGGTAAGGACTCCAACTTACTGCTAGTGTTTTTTGTTCAGTTAATGCCCGATGACCTTGT > 1:263941/1‑275 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GAAGACTGAAAGGTCGTCAGCCTACGATAATCT‑CCCCATAAAATGTGACATGAATCAGGAAGTTTTAACCTCACGTGCTGCGAAATCATCGGTGTAAATAGGGCTATATGCCGCGTCTTTTCTGGCTAATTTTATGAAAAGATATTTATTGGCGGCACAAAATAAAGAACAATTTTGGGTAATGACTCCAACTTACTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACCTTGTCATGCAACTCC > 2:381347/1‑247 GAAGACTGAAAGGTCGTCAGCCTACGATAATCT‑CCCCATAAAATGTGACATGAATCAGGAAGTTTTAACCTCACGTGCTGCGAAATCATCGGTGTAAATAGGGCTATATGCCGCGTCTTTTCTGGCTAATTTTATGAAAAGATATTTATTGGCGGCACAAAATAAAGAACAATTTTGGGTAATGACTCCAACTTACAGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCTATGACCTTATCATGCCACTCCACCCATTTTGAGAAAACCAGTAACTTCC > 3:309402/1‑275 AAGACTGAAAGGTCGTCAGCCTACGATAATCT‑CCCCATAAAATGTGACATGAATCAGGAAGTTTTAACCTAACGTGCTGCGAAATCATCGGTGTAAATAGGGCTATATGCCGCGTCTTTTCTGGCTAATTTTATGAAAAGATATTTATTGGCGGCACAAAATAAAGAACAATTTTGGGTAATGACTCCAACTTACTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACCTTGTCATGCAACTCCA < 4:381347/247‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |