| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,875,521 | 0 | T | C | 22.1% | 146.3 / 20.4 | 88 | A28A (GCT→GCC) | yidX | putative lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (33/34); new base C (18/1); total (52/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.53e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GTGCGTGTAATGTAGTACAAACTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTT‑TATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTAACCGGCACAATATTCAGGTTGCCGATGACGCAAGATTTGTTTTAAATGCGGGGAAAAAGAAATTTACCGGCACAATATCGCTTTACT > NC_000913/3875260‑3875795 | gggagtgtAATGTAGTTAAAACTTATATTGTTGTACTAAAATTTAGATCACAAAAAAAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTT‑TATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCAt < 3:468606/270‑1 (MQ=255) tgcgtgTAATGTAGTACAAACTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGGAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAAGCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGATGCCGGTT‑TATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTCTATCGTATGCTGTGGTTTGCCagaaaa > 2:521526/1‑272 (MQ=255) cgggtAATGGAATAAAAAGTTATATTTTTGTACTACAAATTAGAACACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAAGCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTT‑TATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCa < 4:130353/274‑1 (MQ=255) tgtAAGTTAGTAAAAACTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATAACAAAAAGAAAAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTT‑TATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCa < 3:98992/275‑1 (MQ=255) tAATGAAGTAAAAACTTAAATTTTTGTAAAACAATTTACAAAACAAAAAAAACAAAGCAGAAAAAAATTACATGCGTATGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAAGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTT‑TATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAggg < 4:387486/278‑1 (MQ=255) taCAAACTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTT‑TATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCCCTGTTCTCCCTTACCCACAAGGGTCGtt > 1:334996/1‑275 (MQ=255) aaaaaaTTATATTGTAGTACTACAATTTAGAGAACAAAAAGAAAAAAGCATAAAAAAATGACAAGCGGCGGGCAAAAAACTGAAAAGGGAGAACAGTCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTAGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTT‑TATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAgg < 4:231551/276‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |