| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,982,501 | 0 | T | C | 5.1% | 382.8 / 6.6 | 119 | intergenic (‑114/+53) | otsB/araH | trehalose‑6‑phosphate phosphatase, biosynthetic/L‑arabinose ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (60/52); new base C (3/3); total (64/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.69e-01 | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
GATAGTTCAGGGGTTTCGGTTAACGGTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGCCGCGAACCACGTACTGCGCGAAAGGAGAAAT > NC_000913/1982353‑1982649 | gATAGTTCAGGGGTTTCGGTTAACGGTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGtt < 2:814150/149‑1 (MQ=255) tAGTTCAGGGGTTTCGGTTAACGGTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTAt < 4:69351/149‑1 (MQ=255) gTTCAGGGGTTTCGGTTAACGGTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATgg < 4:133406/149‑1 (MQ=255) 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3:194863/104‑1 (MQ=255) aCAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGaa > 4:194863/1‑104 (MQ=255) aGCCAACCGCCATAACGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGCCGCGAACCACGTACTGCGCGa > 4:39493/1‑149 (MQ=255) ccAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTGGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGCCGCGAACCACGTACTGCGCGaaa < 3:629653/149‑1 (MQ=255) ccAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGCCGCGAACCACGTACTGCGCGaaa < 1:555552/149‑1 (MQ=255) ccAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGCCGCGAACCACGTACTGCGCGaaa < 2:287767/149‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ccGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGa < 3:73313/98‑1 (MQ=255) ttATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGCCGCGAACCACGTACTGCGCGAAAGGAGaaa < 3:447529/149‑1 (MQ=255) tATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGCCGCGAACCACGTACTGCGCGAAAGGAGAAat < 3:644345/149‑1 (MQ=255) | GATAGTTCAGGGGTTTCGGTTAACGGTTCTGTCACCCGGTTCTCCTCCTTCTCTTTTCTTATTGTGTTGCGCAGAACGCGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGTCGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGGATTAAGCCGCGAACCACGTACTGCGCGAAAGGAGAAAT > NC_000913/1982353‑1982649 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |