| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3973794 = | 82 (1.260) | 4 (0.060) | 4/252 | NT | 4.9% | coding (187/882 nt) | rffH | glucose‑1‑phosphate thymidylyltransferase |
| ? | NC_000913 | 3973807 = | 75 (1.190) | coding (200/882 nt) | rffH | glucose‑1‑phosphate thymidylyltransferase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ACGCGCGGCGTATCGAAGCAACTGTTGCCGATTTACGATAAGCCAATGATTTACTATCCGCTGTCGGTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCC‑TGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCCCGGACGGTCTGGCGCAGGCCTTTATCATCGGTGAAACCTTCCTTAATGGTGAACCTTCTTGTCTGGTGCTGGGCGATAACATCTTCTTCGGTCAGGGCTT > NC_000913/3973659‑3973954 | aCGCGCGGCGTATCGAAGCAACTGTTGCCGATTTACGATAAGCCAATGATTTACTATCCGCTGTCGGTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGGAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCC‑TGCTGGGCGa < 4:286611/149‑1 (MQ=255) cgcgcgGCGTATCGAAGCAACTGTTGCCGATTTACGATAAGCCAATGATTTACTATCCGCTGTCGGTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCC‑TGCTGGGCGAt < 2:34164/149‑1 (MQ=255) gcgcgGCGTATCGAAGCAACTGTTGCCGATTTACGATAAGCCAATGATTTACTATCCGCTGTCGGTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCC‑TGCTGGGCGATg > 4:206016/1‑149 (MQ=255) gcgcgGCGTATCGAAGCAACTGTTGCCGATTTACGATAAGCCAATGATTTACTATCCGCTGTCGGTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCC‑TGCTGGGCGATg < 3:213961/149‑1 (MQ=255) gcggcgTATCGAAGCAACTGTTGCCGATTTACGATAAGCCAATGATTTACTATCCGCTGTCGGTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCC‑TGCTGGGCGATGGt > 1:28641/1‑149 (MQ=255) cggcgTATCGAAGCAACTGTTGCCGATTTACGATAAGCCAATGATTTACTATCCGCTGTCGGTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCC‑TGCTGGGCGATGGTa < 3:436365/149‑1 (MQ=255) atgttatcgcccagcaccagacaagaaggttcaccattaaggaaggtttcaccgatgataaaggcctgcgccagaccgtccgggctgggctgttcggcatattccagctggataccgaactcactaccatCGCC‑TGCTGGGCGATGGTa > 4:556255‑M1/131‑149 (MQ=255) gcgTATAGAAGCAACTGTTGCCGATTTACGATAAGCCAATGATTTACTATCCGCTGTCGGTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCC‑TGCTGGGCGACGGTAGt > 4:140278/1‑149 (MQ=255) gAAGCAACTGTTGCCGATTTAGGACAAGCTCATGACTTACTATCCGCTGTCGGTGCTGATGCTGGCCGATATCCCCGAACTTCTCGTCACCACTACGCCGGAAGATAAAGGTGATTTCCGGCTTC‑TGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCg > 4:362765/1‑149 (MQ=255) gAAGCAACTGTTGCCGATTTACGATAAGCCAATGATTTACTATCCGCTGTCGGTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCC‑TGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCg > 2:95744/1‑149 (MQ=255) aaGCAACTGTTGCCGATTTACGATAAGCCAATGATTTACTATCCGCTGTCGGTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCC‑TGCTGGGCGATGGTa > 4:529674/1‑139 (MQ=255) aaGCAACTGTTGCCGATTTACGATAAGCCAATGATTTACTATCCGCTGTCGGTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCC‑TGCTGGGCGATGGTa < 3:529674/139‑1 (MQ=255) aGCAACTGTTGCCGATTTACGATAAGCCAATGATTTACTATCCGCTGTCGGTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCC‑TGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGt < 2:585847/149‑1 (MQ=255) gCAACTGTTGCCGATTTACGATAAGCCAATGATTTACTATCCGCTGTCGGTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCC‑TGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTa > 2:311639/1‑149 (MQ=255) aaCTGTTGCCGATTTACGATAAGCCAATGATTTACTATCCGCTGTCGGTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCC‑TGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATc < 4:160953/149‑1 (MQ=255) gTTGCCGATTTACGATAAGCCAATGATTTACTATCCGCTGTCGGTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCC‑TGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGc < 1:42420/149‑1 (MQ=255) ttGCCGATTTACGATAAGCCAATGATTTACTATCCGCTGTCGGTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCC‑TGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCCGCt < 4:306073/149‑1 (MQ=255) ttGCCGATTTACGATAAGCCAATGATTTACTATCCGCTGTCGGTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCC‑TGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCt < 4:405174/149‑1 (MQ=255) 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aaGCCAATGATTTACTATCCGCTGTCGGTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCC‑TGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAAca < 2:84458/149‑1 (MQ=255) aaGCCAATGATTTACTATCCGCTGTCGGTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCC‑TGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAAca < 1:264006/149‑1 (MQ=255) ccAATGATTTACTATCCGCTGTCGGTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCC‑TGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAAcagcc < 1:577275/149‑1 (MQ=255) ccAATGATTTACTATCCGCTGTCGGTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCC‑TGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAAcagcc > 4:301213/1‑149 (MQ=255) aaTGATTTACTATCCGCTGTCGGTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCC‑TGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAAcagccca > 3:435661/1‑149 (MQ=255) aaTGATTTACTATCCGCTGTCGGTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCC‑TGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAAcagccca < 3:215296/149‑1 (MQ=255) aaTGATTTACTATCCCCTGTCGGTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCC‑TGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAAcagccca > 4:433087/1‑149 (MQ=255) aTGATTTACTATCCGCTGTCGGTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCC‑TGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAata > 4:355304/1‑134 (MQ=255) aTGATTTACTATCCGCTGTCGGTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCC‑TGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAata < 3:355304/134‑1 (MQ=255) tATCCGCTGTCGGTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCC‑TGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCCCGGACgg > 4:577297/1‑149 (MQ=255) 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aaGGTTATTTCCAGCGCC‑TGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCTAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCCCGGACGGTCTGGCGCAGGCCTTTATCATCGGTGAAACCTTCCTTAATGGTGAACCTTCTTGTCTGGTGCTGGGc > 4:449402/1‑149 (MQ=255) aaGGTTATTTCCAGCGCC‑TGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCCCGGACGGTCTGGCGCAGGCCTTTATCATCGGTGAAACCTTCCTTAATGGTGAACCTTCTTGTCTGGTGCTGGGc > 1:178452/1‑149 (MQ=255) gTTATTTCCAGCGCC‑TGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCCCGGACGGTCTGGCGCAGGCCTTTATCATCGGTGAAACCTTCCTTAATGGTGAACCTTCTTGTCTGGTGCTGGGCGAt < 2:65270/149‑1 (MQ=255) tcactaccatCGCCCAGCAGG‑CGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCCCGGACGGTc < 1:464424‑M1/70‑1 (MQ=255) tcactaccatcgcccagcaggcgATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCCCGGACGGTc < 2:464424‑M2/57‑1 (MQ=255) aTTTCCAGCGCC‑TGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCCCGGACGGTCTGGCGCAGGCCTTTATCATCGGTGAAACCTTCCTTAATGGTGAACCTTCTTGTCTGGTGCTGGGCGATAAc > 2:124445/1‑149 (MQ=255) ttCCAGCGCC‑TGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCCCGGACGGTCTGGCGCAGGCCTTTATCATCGGTGAAACCTTCCTTAATGGTGAACCTTCTTGTCTGGTGCTGGGCGATAACAt < 1:280096/149‑1 (MQ=255) taccatcgcccagcaggcgATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCCCGGACGGTCTGGCGCAGGCCTTTATCATCGGTGAAACCTTCCTTAATGGTGAACCTTCTTGTCTGGTGCTGGGCGATAACAt > 4:556255‑M2/20‑149 (MQ=255) tCCAGCGCC‑TGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCCCGGACGGTCTGGCGCAGGCCTTTATCATCGGTGAAACCTTCCTTAATGGTGAACCTTCTTGTCTGGTGCTGGGCGATAACAtc < 3:431055/149‑1 (MQ=255) aGCGCC‑TGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCCCGGACGGTCTGGCGCAGGCCTTTATCATCGGTGAAACCTTCCTTAATGGTGAACCTTCTTGTCTGGTGCTGGGCGATAACAtcttc < 2:178452/149‑1 (MQ=255) GCC‑TGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCCCGGACGGTCTGGCGCAGGCCTTTATCATCGGTGAAACCTTCCTTAATGGTGAACCTTCTTGTCTGGTGCTGGGCGATAACATCttcttc < 4:188956‑M1/149‑1 (MQ=255) CC‑TGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCCCGGACGGTCTGGCGCAGGCCTTTATCATCGGTGAAACCTTCCTTAATGGTGAACCTTCTTGTCTGGTGCTGGGCGATAACATCTTCTTCg < 1:317672‑M1/149‑1 (MQ=255) CC‑TGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCCCGGACGGTCTGGCGCAGGCCTTTATCATCGGTGAAACCTTCCTTAATGGTGAACCTTCTTGTCTGGTGCTGGGCGATAACATCTTCTTCg < 2:83464‑M1/149‑1 (MQ=255) cccagcaggcgATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCCCGGACGGTCTGGCGCAGGCCTTTATCATCGGTGAAACCTTCCTTAATGGTGAACCTTCTTGTCTGGTGCTGGGCGATAACATCTTCTTCg < 3:556255‑M2/138‑1 (MQ=255) gggCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCCCGGACGGTCTGGCGCAGGCCTTTATCATCGGTGAAACCTTCCTTAATGGTGAACCTTCTTGTCTGGTGCTGGGCGATAACATCTTCTTCGGTCAgg < 1:84072/149‑1 (MQ=255) gATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCCCGGACGGTCTGGCGCAGGCCTTTATCATCGGTGAAACCTTCCTTAATGGTGAACCTTCTTGTCTGGTGCTGGGCGAt > 3:542872‑M2/2‑126 (MQ=255) gATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCCCGGACGGTCTGGCGCAGGCCTTTATCATCGGTGAAACCTTCCTTAATGGTGAACCTTCTTGTCTGGTGCTGGGCGAt < 4:542872‑M2/125‑1 (MQ=255) gATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCCCGGACGGTCTGGCGCAGGCCTTTATCATCGGTGAAACCTTCCTTAATGGTGAACCTTCTTGTCTGGTGCTGGGCGATAACATCTTCTTCGGTCAGGGCtt > 4:231038‑M2/2‑149 (MQ=255) | ACGCGCGGCGTATCGAAGCAACTGTTGCCGATTTACGATAAGCCAATGATTTACTATCCGCTGTCGGTGCTGATGCTGGCCGGTATCCGCGAAATTCTCATCATCACTACGCCGGAAGATAAAGGTTATTTCCAGCGCC‑TGCTGGGCGATGGTAGTGAGTTCGGTATCCAGCTGGAATATGCCGAACAGCCCAGCCCGGACGGTCTGGCGCAGGCCTTTATCATCGGTGAAACCTTCCTTAATGGTGAACCTTCTTGTCTGGTGCTGGGCGATAACATCTTCTTCGGTCAGGGCTT > NC_000913/3973659‑3973954 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |