| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,154,916 | 0 | G | A | 70.2% | 141.5 / 60.1 | 96 | intergenic (‑69/‑85) | argE/argC | acetylornithine deacetylase/N‑acetyl‑gamma‑glutamylphosphate reductase, NAD(P)‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (17/11); new base A (45/21); total (63/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.91e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GATACTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGGTGTGGCAATCAGAGCGCGGTAAATCTCGATAAATGGCGGTAATTTGTTTTTCATTGTTGACACACCTCTGGTCATGATAGTATCAATATTCATGCAGTATTTATGAATAAAAAT‑ACAC‑TAACGTTGAGCGTAATAAAACCCACCAGCCGTAAGGTGAATGTTTTACGTTTAACCTGGCAACCAGACATAAGAAGGTGAATAGCCCCGATGTTGAATACGCTGATTGTGGGTGCCAGCGGCTACGCTGGCGCAGAGCTAGTGACCTATGTAAATCGCCATCCGCATATGAACATAACCGCTTTGACTGTTTCAGCGCAAAGCAATGATGCGGGAAAGTTAATCTCCGATTTGCATCCGCAGCTAAAAGGCATCGTTGATCTGCCGTTGCAGCCGATG > NC_000913/4154644‑4155189 | gATACTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGGTGTGGCAATCAGAGCGCGGTAAATCTCGATAAATGGCGGTAATTTGTTTTTCATTGTTGACACACCTCTGGTCATGATAGTATCAATATTCATGCAGTATTTATGAATAAAAAT‑ACAC‑TAACAtt < 3:366552/275‑1 (MQ=255) aTACTTGCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCCCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGGTGTGGCAATCAGAGCGCGGTAAATCCCGATAAATGGCGGTAATTTGTTTTTCATTGTTGACACACCTCTGGTCATGATAGTATCAATATTCATGCAGTATTTTTGAATCAAAAT‑‑CACATAACGtta > 4:337628/1‑274 (MQ=255) ttGCCCGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAAAGAGCTGCACGTCCACATTGAAGCCCAAATCTTGAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTATGAACGAGTGCCTCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGGTGTAGCAATCAGAGCGCGATAAATCTCGATAAATGGCGGTAATTTGTTTTTCATTGTTGACACACCTCTGGTCATGATAGTATCAATATTCATGCAGTATTTATGAATAAAAAT‑ACAC‑TAACGTTGAg < 3:231492/273‑1 (MQ=255) gCCAGCATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATATGCATTGCTTTGATCGAGTGCCCCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGGTGTGGCAATCAGAGCGCGGTAAATCTCGATAAATGGCGGTAATTTGTTTTTCATTGTTGACACACATCTGGTCATGATAGTATCAATATTAATGCAGTATTTATGATTAAAAAT‑ACAC‑TAAAGTTGAGCGta > 2:695413/1‑275 (MQ=255) cATATTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGGTGTGGCAATCAGAGCGCGGTAAATCTCGATAAATGGCGGTAATTTGTTTTTCATTGTTGACACACCTCTGGTCATGATAGTATCAATATTCATGCAGTATTTATGAATAAAAAT‑ACAC‑TAACATTGAGCGTAATaaaa > 2:514031/1‑276 (MQ=255) tatTGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGGTGTGGCAATCAGAGCGCGGTAAATCTCGATAAATGGCGGTAATTTGTTTTCCATTGTTGACACACCTCTGGTCATGATAGTATTAATATTCATGCAGTATTTATGAATAAAAAT‑ACAC‑TAACGTTGAGCGTAATAAAAc > 1:799862/1‑275 (MQ=255) ttGAATTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGGTGTGGCAATCAGAGCGCGGTAAATCTCGATAAATGGCGGTAATTTGTTTTTCATTGTTGACACACCTCTGGTCATGATAGTATCAATATTCATGCAGTATTTATGAATAAAAAT‑ACAC‑TAACAtt < 3:320264/259‑1 (MQ=255) aaTTTGTTGCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGGTGTGGCAATCAGAGCGCGGTAAATCTCGATAAATGGCGGTAATTTGTTTTTCATTGTTGACACACCTCTGGTCATGATAGTATCAATATTCATGCAGTATTTATGAATAAAAAT‑ACAC‑TAACATTGAGCGTAATAAAACccacca < 2:432834/276‑1 (MQ=255) gttgCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGGTGTGGCAATCAGAGCGCGGTAAATCTCGATAATTGGCGGTAATTTGTTTTCCATTGTTGACACACCTCTGGTCATGATAGTATCAATATTCATGCAGTATTTATGAATAAAAAT‑ACAC‑TACCGTTGAGCGTAATAAAACCAACCAGCCg > 1:542754/1‑275 (MQ=255) gttgCGAGTTCCTGGAACAGGCTGCACTTCCACATTGAAGCCCAAATCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGGTGTGGCAATCAGAGCGCGGTAAATCTCGATAAATGGCGGTAATTTGTTTTTCATTGTTGACACACCTCTGGTCATGATAGTATCAATATTCATTCAGTATTTATGAATAAAAAT‑ACAC‑TAACATTGAGCGTAATAAAaccaaccatcgc > 3:127889/1‑271 (MQ=255) 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aTCTTTAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGGTGTGGCAATCAGAGCGCGGTAAATCTCGTTAAATGGCGGTAATTTGTTTTCCATTGTTGACACACCTCTGGTCATGATAGTATCAATATTCATGCAGTATTTATGAATAAAAAT‑ACAC‑TAACATTGAGCGTAATAAAACCCACCAGCCTTAAGGTGAATGTTTTACGTTTAACCTGGCAACCAGACATaagaag > 3:610274/1‑275 (MQ=255) ttAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGGTGTGGCAATCAGAGCGCGGTAAATCTCGATAAATGGCGGTAATTTGTTTTTCATTGTTGACACACCTCTGGTCATGATAGTATCAATATTCATGCAGTATTTATGAATAAAAAT‑ACAC‑TAACATTGAGCGTAATAAAACCCACCAGCCGTAAGGTGAATGTTTTACGTTTAACCTGGCAACCAGACATAAGAAGGTGaa < 2:541501/276‑1 (MQ=255) tAAACCAGTCCGCCAGCAGAGTGATTAAATCTGCATTGCTTTGATCGAGTGCCTCTTCCGTGGCGCTTATTGAAGGTGTGGCAATCAGAGCGCGGTAAATCTCGATAAATGGCGGTAATTTGTTTTTCATTGTTGACACACCTCTGGTCATGATAGTATCAATATTCTTGCAGTATTTATGAATAAAAAT‑ATAC‑TAACGTTGAGCGTAATAAAACCCACCAGCCGTAAGGTGAATGTTTTACGTTTAACCTGGCAACCAGACATAAGAAGGTGaa > 1:369214/1‑275 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |